[mephi-hpc] hdf5.h

[Philipp Korneev]

Добрый день, при указании явно библиотеки (HDF5_ROOT_DIR =
"/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/openmpi/") удалось скомпилировать
программу. Я не очень понял, каким образом можно выполнить условие " нужно
придерживаться одной реализации MPI при компиляции и запуске программы."
При запуске я работаю с планировщиком, должен ли я ему указывать версию
MPI? Каким образом? я попробовал  --mpi=openmpi, но это не изменило
результат.
Возможно, с этим связана следующая ошибка. При запуске через
srun  -n $NPROC ./smilei $FNAME.py
или
srun --mpi=openmpi -n $NPROC ./smilei $FNAME.py
происходит ошибка. Среди прочих сообщений такое:

The application appears to have been direct launched using "srun",
but OMPI was not built with SLURM's PMI support and therefore cannot
execute. There are several options for building PMI support under
SLURM, depending upon the SLURM version you are using:

  version 16.05 or later: you can use SLURM's PMIx support. This
  requires that you configure and build SLURM --with-pmix.

  Versions earlier than 16.05: you must use either SLURM's PMI-1 or
  PMI-2 support. SLURM builds PMI-1 by default, or you can manually
  install PMI-2. You must then build Open MPI using --with-pmi pointing
  to the SLURM PMI library location.

Please configure as appropriate and try again.

Подскажите пожалуйста что я делаю не так.
Спасибо!
фк

Le lun. 3 févr. 2020 à 12:06, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru> a écrit :

> On Sun, 2020-02-02 at 17:07 +0300, Philipp Korneev wrote:
> > Добрый день,
>
> Здравствуйте!
>
> > при попытке скомпилировать программу SMILEI (
> > https://smileipic.github.io/Smilei/index.html) на Черенкове
> > появляется ошибка
>
> > src/Tools/H5.h:16:2: error: #error "HDF5 was not built with --enable-
> > parallel option"
> >  #error "HDF5 was not built with --enable-parallel option"
>
> В Debian последовательная и различные реализации параллельной версии
> библиотеки HDF5 отличаются по названию:
>
> anikeev at master.cherenkov ~ $ dpkg -l | grep hdf5
> ...
> ii  libhdf5-103:amd64
> ii  libhdf5-dev
> ...
> ii  libhdf5-mpich-103:amd64
> ii  libhdf5-mpich-dev
> ...
> ii  libhdf5-openmpi-103:amd64
> ii  libhdf5-openmpi-dev
> ...
>
> > Можно ли её исправить?
>
> Если Вы хотите использовать параллельную версию, используйте
> соответствующие постфиксы в названии библиотеки. Реализацию MPI можно
> выбрать любую, но нужно придерживаться одной реализации MPI при
> компиляции и запуске программы. Если у Вас нет предпочтений, я бы
> рекомендовал OpenMPI.
>
> Если Вам понадобятся полные пути до файлов, их можно узнать так:
>
> anikeev at master.cherenkov ~ $ dpkg-query -L libhdf5-openmpi-103:amd64
> ...
> anikeev at master.cherenkov ~ $ dpkg-query -L libhdf5-openmpi-dev
> ...
>
> > Спасибо!
> > фк
> > _______________________________________________
> > hpc mailing list
> > hpc at lists.mephi.ru
> > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> --
> С уважением,
> инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
> Аникеев Артём.
> Тел.: 8
> (495) 788-56-99, доб. 8998
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20200206/57b5f086/attachment.html>