[mephi-hpc] hdf5.h

[anikeev]

On Sun, 2020-02-02 at 17:07 +0300, Philipp Korneev wrote:
> Добрый день,

Здравствуйте!

> при попытке скомпилировать программу SMILEI (
> https://smileipic.github.io/Smilei/index.html) на Черенкове
> появляется ошибка

> src/Tools/H5.h:16:2: error: #error "HDF5 was not built with --enable-
> parallel option"
>  #error "HDF5 was not built with --enable-parallel option" 

В Debian последовательная и различные реализации параллельной версии
библиотеки HDF5 отличаются по названию:

anikeev at master.cherenkov ~ $ dpkg -l | grep hdf5
...
ii  libhdf5-103:amd64 
ii  libhdf5-dev
...
ii  libhdf5-mpich-103:amd64
ii  libhdf5-mpich-dev
...
ii  libhdf5-openmpi-103:amd64
ii  libhdf5-openmpi-dev
...

> Можно ли её исправить?

Если Вы хотите использовать параллельную версию, используйте
соответствующие постфиксы в названии библиотеки. Реализацию MPI можно
выбрать любую, но нужно придерживаться одной реализации MPI при
компиляции и запуске программы. Если у Вас нет предпочтений, я бы
рекомендовал OpenMPI.

Если Вам понадобятся полные пути до файлов, их можно узнать так:

anikeev at master.cherenkov ~ $ dpkg-query -L libhdf5-openmpi-103:amd64
...
anikeev at master.cherenkov ~ $ dpkg-query -L libhdf5-openmpi-dev
...

> Спасибо!
> фк
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998