<div dir="ltr">Добрый день, при указании явно библиотеки (HDF5_ROOT_DIR = "/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/openmpi/") удалось скомпилировать программу. Я не очень понял, каким образом можно выполнить условие "

нужно придерживаться одной реализации MPI при компиляции и запуске программы." При запуске я работаю с планировщиком, должен ли я ему указывать версию MPI? Каким образом? я попробовал 

--mpi=openmpi, но это не изменило результат.<div>Возможно, с этим связана следующая ошибка. При запуске через</div><div>

srun  -n $NPROC ./smilei $FNAME.py

</div><div>или</div><div><div>srun --mpi=openmpi -n $NPROC ./smilei $FNAME.py<br></div><div></div></div><div>происходит ошибка. Среди прочих сообщений такое:</div><div><br></div><div>The application appears to have been direct launched using "srun",<br>but OMPI was not built with SLURM's PMI support and therefore cannot<br>execute. There are several options for building PMI support under<br>SLURM, depending upon the SLURM version you are using:<br><br>  version 16.05 or later: you can use SLURM's PMIx support. This<br>  requires that you configure and build SLURM --with-pmix.<br><br>  Versions earlier than 16.05: you must use either SLURM's PMI-1 or<br>  PMI-2 support. SLURM builds PMI-1 by default, or you can manually<br>  install PMI-2. You must then build Open MPI using --with-pmi pointing<br>  to the SLURM PMI library location.<br><br>Please configure as appropriate and try again.<br></div><div><br></div><div>Подскажите пожалуйста что я делаю не так.</div><div>Спасибо!</div><div>фк</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Le lun. 3 févr. 2020 à 12:06, anikeev <<a href="mailto:anikeev@ut.mephi.ru">anikeev@ut.mephi.ru</a>> a écrit :<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">On Sun, 2020-02-02 at 17:07 +0300, Philipp Korneev wrote:<br>
> Добрый день,<br>
<br>
Здравствуйте!<br>
<br>
> при попытке скомпилировать программу SMILEI (<br>
> <a href="https://smileipic.github.io/Smilei/index.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://smileipic.github.io/Smilei/index.html</a>) на Черенкове<br>
> появляется ошибка<br>
<br>
> src/Tools/H5.h:16:2: error: #error "HDF5 was not built with --enable-<br>
> parallel option"<br>
>  #error "HDF5 was not built with --enable-parallel option" <br>
<br>
В Debian последовательная и различные реализации параллельной версии<br>
библиотеки HDF5 отличаются по названию:<br>
<br>
anikeev@master.cherenkov ~ $ dpkg -l | grep hdf5<br>
...<br>
ii  libhdf5-103:amd64 <br>
ii  libhdf5-dev<br>
...<br>
ii  libhdf5-mpich-103:amd64<br>
ii  libhdf5-mpich-dev<br>
...<br>
ii  libhdf5-openmpi-103:amd64<br>
ii  libhdf5-openmpi-dev<br>
...<br>
<br>
> Можно ли её исправить?<br>
<br>
Если Вы хотите использовать параллельную версию, используйте<br>
соответствующие постфиксы в названии библиотеки. Реализацию MPI можно<br>
выбрать любую, но нужно придерживаться одной реализации MPI при<br>
компиляции и запуске программы. Если у Вас нет предпочтений, я бы<br>
рекомендовал OpenMPI.<br>
<br>
Если Вам понадобятся полные пути до файлов, их можно узнать так:<br>
<br>
anikeev@master.cherenkov ~ $ dpkg-query -L libhdf5-openmpi-103:amd64<br>
...<br>
anikeev@master.cherenkov ~ $ dpkg-query -L libhdf5-openmpi-dev<br>
...<br>
<br>
> Спасибо!<br>
> фк<br>
> _______________________________________________<br>
> hpc mailing list<br>
> <a href="mailto:hpc@lists.mephi.ru" target="_blank">hpc@lists.mephi.ru</a><br>
> <a href="https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc</a><br>
-- <br>
С уважением,<br>
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,<br>
Аникеев Артём.<br>
Тел.: 8<br>
(495) 788-56-99, доб. 8998<br>
_______________________________________________<br>
hpc mailing list<br>
<a href="mailto:hpc@lists.mephi.ru" target="_blank">hpc@lists.mephi.ru</a><br>
<a href="https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc</a><br>
</blockquote></div>