[mephi-hpc] Переустановка ПО

[anikeev]

On Thu, 2019-09-12 at 15:00 +0300, sms013 at campus.mephi.ru wrote:

Добрый день!

> Здравствуйте. Gromacs с оптимизированными параметрами собран в папке 
> ~/pool/3/gromacs-2019.3/build (пользователь mshestopalova). Просьба 
> удалить установленную на кластере cherenkov версию gromacs и
> установить 
> данную оптимизированную командой sudo make install.

Я не могу установить данную сборку общесистемно, поскольку опции её
сборки могут отличаться от опций, требуемых другими пользователями.

Файлы приложения можно оставить в каталогах сборки или установить в Ваш
каталог, определив при конфигурации perfix (cmake
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX, configure --prefix).

Для использования индивидуальных сборок программного обеспечения по
умолчанию можно пользоваться переменной окружения PATH. Для
индивидуальных сборок библиотек есть переменные
LIBRARY_PATH, LD_LIBRARY_PATH, LD_PRELOAD. Эти переменные можно
переопределить в окружении пользователя при помощи индивидуального
файла .bashrc.

Более подробная информация есть здесь:

https://ru.wikipedia.org/wiki/PATH_(%D0%BF%D0%B5%D1%80%D0%B5%D0%BC%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D0%B0%D1%8F)
https://wiki.archlinux.org/index.php/Environment_variables_(%D0%A0%D1%83%D1%81%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9)
https://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc/Environment-Variables.html


> С уважением,
> Шестопалова Милена

-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998

> > On Wed, 2019-09-11 at 13:41 +0300, sms013 at campus.mephi.ru wrote:
> > 
> > Добрый день!
> > 
> > > Здравствуйте. При запуске gromacs на кластере Черенков используя
> > > /usr/bin/mdrun_mpi.openmpi выводится сообщение (на скриншоте),
> > > которое
> > > указывает на то, что gromacs был скомпилирован используя не
> > > оптимальный
> > > набор инструкций, что ведет к огромной потере производительности
> > > (более
> > > чем в 16 раз). Нельзя ли  переустановить gromacs используя опции
> > > cmake
> > > -DGMX_SIMD=AVX2_256 и -GMX_USE_RDTSCP=ON
> > 
> > Вы правы. Системно на кластере устанавливаются пакеты из
> > дистрибутива
> > debian в оригинальном виде. Ресурсоёмкие алгоритмы должны
> > собираться из
> > исходного кода под конкретную микроархитекутру процессора с опциями
> > для
> > конкретной задачи. Сборка из исходного кода и оптимизация под
> > задачу -
> > это работа пользователя. Работа системных администраторов
> > заключается в
> > поддержании вычислительной инфраструктуры и ответах на вопросы
> > пользователей при возникновении вопросов по сборке и оптимизации.
> > 
> > Пример конфликтов опций пользователей для различных расчетов: при
> > сборке под точность double SIMD AVX2 FMA дает 16 FLOP на такт. При
> > сборке с точностью single получается 32 FLOP на такт. Если собрать
> > с
> > double, у половины пользователей будет только 50%
> > производительности.
> > Если собрать с single, у другой половины будут некорректные
> > результаты.
> > Поддерживать специализированный дистрибутив под задачи каждого из
> > почти
> > 400 пользователей и обеспечивать визуализацию для разрешения
> > конфликтов
> > по библиотекам невозможно.
> > 
> > Обращайтесь при возникновении вопросов по сборке и оптимизации.
> > 
> > --
> > С уважением,
> > инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
> > Аникеев Артём.
> > Тел.: 8
> > (495) 788-56-99, доб. 8998
> > 
> 
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc