[mephi-hpc] Переустановка ПО

[sms013 at campus.mephi.ru]

Здравствуйте. Файлы приложения установлены 
/home/mshestopalova/gromacs-2019.3. Как установить на кластер? При 
запуске gromacs рассчёты запускаются только на одном компьютере.
> 
> Добрый день!
> 
>> Здравствуйте. Gromacs с оптимизированными параметрами собран в папке
>> ~/pool/3/gromacs-2019.3/build (пользователь mshestopalova). Просьба
>> удалить установленную на кластере cherenkov версию gromacs и
>> установить
>> данную оптимизированную командой sudo make install.
> 
> Я не могу установить данную сборку общесистемно, поскольку опции её
> сборки могут отличаться от опций, требуемых другими пользователями.
> 
> Файлы приложения можно оставить в каталогах сборки или установить в Ваш
> каталог, определив при конфигурации perfix (cmake
> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX, configure --prefix).
> 
> Для использования индивидуальных сборок программного обеспечения по
> умолчанию можно пользоваться переменной окружения PATH. Для
> индивидуальных сборок библиотек есть переменные
> LIBRARY_PATH, LD_LIBRARY_PATH, LD_PRELOAD. Эти переменные можно
> переопределить в окружении пользователя при помощи индивидуального
> файла .bashrc.
> 
> Более подробная информация есть здесь:
> 
> https://ru.wikipedia.org/wiki/PATH_(%D0%BF%D0%B5%D1%80%D0%B5%D0%BC%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D0%B0%D1%8F)
> https://wiki.archlinux.org/index.php/Environment_variables_(%D0%A0%D1%83%D1%81%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9)
> https://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc/Environment-Variables.html
> 
> 
>> С уважением,
>> Шестопалова Милена
> 
> --
> С уважением,
> инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
> Аникеев Артём.
> Тел.: 8
> (495) 788-56-99, доб. 8998
> 
>> > On Wed, 2019-09-11 at 13:41 +0300, sms013 at campus.mephi.ru wrote:
>> >
>> > Добрый день!
>> >
>> > > Здравствуйте. При запуске gromacs на кластере Черенков используя
>> > > /usr/bin/mdrun_mpi.openmpi выводится сообщение (на скриншоте),
>> > > которое
>> > > указывает на то, что gromacs был скомпилирован используя не
>> > > оптимальный
>> > > набор инструкций, что ведет к огромной потере производительности
>> > > (более
>> > > чем в 16 раз). Нельзя ли  переустановить gromacs используя опции
>> > > cmake
>> > > -DGMX_SIMD=AVX2_256 и -GMX_USE_RDTSCP=ON
>> >
>> > Вы правы. Системно на кластере устанавливаются пакеты из
>> > дистрибутива
>> > debian в оригинальном виде. Ресурсоёмкие алгоритмы должны
>> > собираться из
>> > исходного кода под конкретную микроархитекутру процессора с опциями
>> > для
>> > конкретной задачи. Сборка из исходного кода и оптимизация под
>> > задачу -
>> > это работа пользователя. Работа системных администраторов
>> > заключается в
>> > поддержании вычислительной инфраструктуры и ответах на вопросы
>> > пользователей при возникновении вопросов по сборке и оптимизации.
>> >
>> > Пример конфликтов опций пользователей для различных расчетов: при
>> > сборке под точность double SIMD AVX2 FMA дает 16 FLOP на такт. При
>> > сборке с точностью single получается 32 FLOP на такт. Если собрать
>> > с
>> > double, у половины пользователей будет только 50%
>> > производительности.
>> > Если собрать с single, у другой половины будут некорректные
>> > результаты.
>> > Поддерживать специализированный дистрибутив под задачи каждого из
>> > почти
>> > 400 пользователей и обеспечивать визуализацию для разрешения
>> > конфликтов
>> > по библиотекам невозможно.
>> >
>> > Обращайтесь при возникновении вопросов по сборке и оптимизации.
>> >
>> > --
>> > С уважением,
>> > инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
>> > Аникеев Артём.
>> > Тел.: 8
>> > (495) 788-56-99, доб. 8998
>> >
>> 
>> _______________________________________________

> **********************************