[mephi-hpc] Переустановка ПО

[sms013 at campus.mephi.ru]

Здравствуйте. Gromacs с оптимизированными параметрами собран в папке 
~/pool/3/gromacs-2019.3/build (пользователь mshestopalova). Просьба 
удалить установленную на кластере cherenkov версию gromacs и установить 
данную оптимизированную командой sudo make install.

С уважением,
Шестопалова Милена


> On Wed, 2019-09-11 at 13:41 +0300, sms013 at campus.mephi.ru wrote:
> 
> Добрый день!
> 
>> Здравствуйте. При запуске gromacs на кластере Черенков используя
>> /usr/bin/mdrun_mpi.openmpi выводится сообщение (на скриншоте),
>> которое
>> указывает на то, что gromacs был скомпилирован используя не
>> оптимальный
>> набор инструкций, что ведет к огромной потере производительности
>> (более
>> чем в 16 раз). Нельзя ли  переустановить gromacs используя опции
>> cmake
>> -DGMX_SIMD=AVX2_256 и -GMX_USE_RDTSCP=ON
> 
> Вы правы. Системно на кластере устанавливаются пакеты из дистрибутива
> debian в оригинальном виде. Ресурсоёмкие алгоритмы должны собираться из
> исходного кода под конкретную микроархитекутру процессора с опциями для
> конкретной задачи. Сборка из исходного кода и оптимизация под задачу -
> это работа пользователя. Работа системных администраторов заключается в
> поддержании вычислительной инфраструктуры и ответах на вопросы
> пользователей при возникновении вопросов по сборке и оптимизации.
> 
> Пример конфликтов опций пользователей для различных расчетов: при
> сборке под точность double SIMD AVX2 FMA дает 16 FLOP на такт. При
> сборке с точностью single получается 32 FLOP на такт. Если собрать с
> double, у половины пользователей будет только 50% производительности.
> Если собрать с single, у другой половины будут некорректные результаты.
> Поддерживать специализированный дистрибутив под задачи каждого из почти
> 400 пользователей и обеспечивать визуализацию для разрешения конфликтов
> по библиотекам невозможно.
> 
> Обращайтесь при возникновении вопросов по сборке и оптимизации.
> 
> --
> С уважением,
> инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
> Аникеев Артём.
> Тел.: 8
> (495) 788-56-99, доб. 8998
>