[mephi-hpc] hdf5

[Phil Korneev]

Спасибо!
фк

Le mar. 12 févr. 2019 à 13:11, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru> a écrit :

> On Tue, 2019-02-12 at 12:01 +0300, Phil Korneev wrote:
> >
> > Добрый день,
>
> Здравствуйте!
>
> > на Черенкове я пытаюсь скомпилировать программу Smilei (http://www.ma
> > isondelasimulation.fr/smilei/releases.html#current-release-4-1),
> > использующую hdf5. Обычно makefile сам определяет где что лежит, но в
> > этом случае не нашёл:
> >
> > In file included from src/Checkpoint/Checkpoint.cpp:7:0:
> > src/Checkpoint/Checkpoint.h:13:18: fatal error: hdf5.h: No such file
> > or directory
> > compilation terminated.
> > makefile:176: recipe for target 'build/src/Checkpoint/Checkpoint.o'
> > failed
> > make: *** [build/src/Checkpoint/Checkpoint.o] Error 1
> >
> >
> >  Когда я попытался прописать путь руками /usr/include/hdf5/serial,
> > появилась другая ошибка, связанная тоже с hdf5:
> >
> >  src/Collisions/Collisions.cpp:383:56: error: ‘H5Pset_dxpl_mpio’ was
> > not declared in this scope
> >          H5Pset_dxpl_mpio(transfer, H5FD_MPIO_COLLECTIVE);
> >                                                         ^
> > makefile:176: recipe for target 'build/src/Collisions/Collisions.o'
> > failed
> > make: *** [build/src/Collisions/Collisions.o] Error 1
>
> В Debian имеется две версии hdf5 - последовательная (без поддержки MPI)
> и параллельная (MPI):
>
> master.cherenkov anikeev # dpkg -l | grep hdf5
> ...
> libhdf5-8:amd64
> libhdf5-dev
> ...
> libhdf5-openmpi-8:amd64
> libhdf5-openmpi-dev
> ...
>
> Очень похоже на то, что Вы используете пути для последовательной версии
> в программном коде, ожидающем параллельную.
>
> Путь до параллельной версии:
>
> master.cherenkov anikeev # dpkg-query -L libhdf5-openmpi-dev
> ...
> /usr/include/hdf5/openmpi
> ...
> /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/openmpi/
> ...
>
>
> > Подскажите, если возможно, что не так с hdf5 на Черенкове или я что-
> > то не понимаю?
> > Спасибо!
> > с уважением,
> > фк
> >
> > _______________________________________________
> > hpc mailing list
> > hpc at lists.mephi.ru
> > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> --
> С уважением,
> инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
> Аникеев Артём.
> Тел.: 8
> (495) 788-56-99, доб. 8998
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20190212/d8705fb8/attachment-0001.html>