[mephi-hpc] hdf5

[anikeev]

On Tue, 2019-02-12 at 12:01 +0300, Phil Korneev wrote:
> 
> Добрый день,

Здравствуйте!
 
> на Черенкове я пытаюсь скомпилировать программу Smilei (http://www.ma
> isondelasimulation.fr/smilei/releases.html#current-release-4-1),
> использующую hdf5. Обычно makefile сам определяет где что лежит, но в
> этом случае не нашёл:
> 
> In file included from src/Checkpoint/Checkpoint.cpp:7:0:
> src/Checkpoint/Checkpoint.h:13:18: fatal error: hdf5.h: No such file
> or directory
> compilation terminated.
> makefile:176: recipe for target 'build/src/Checkpoint/Checkpoint.o'
> failed
> make: *** [build/src/Checkpoint/Checkpoint.o] Error 1
> 
> 
>  Когда я попытался прописать путь руками /usr/include/hdf5/serial,
> появилась другая ошибка, связанная тоже с hdf5:
> 
>  src/Collisions/Collisions.cpp:383:56: error: ‘H5Pset_dxpl_mpio’ was
> not declared in this scope
>          H5Pset_dxpl_mpio(transfer, H5FD_MPIO_COLLECTIVE);
>                                                         ^
> makefile:176: recipe for target 'build/src/Collisions/Collisions.o'
> failed
> make: *** [build/src/Collisions/Collisions.o] Error 1

В Debian имеется две версии hdf5 - последовательная (без поддержки MPI)
и параллельная (MPI):

master.cherenkov anikeev # dpkg -l | grep hdf5
...
libhdf5-8:amd64
libhdf5-dev
...
libhdf5-openmpi-8:amd64
libhdf5-openmpi-dev
...

Очень похоже на то, что Вы используете пути для последовательной версии
в программном коде, ожидающем параллельную.

Путь до параллельной версии:

master.cherenkov anikeev # dpkg-query -L libhdf5-openmpi-dev
...
/usr/include/hdf5/openmpi
...
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/openmpi/
...


> Подскажите, если возможно, что не так с hdf5 на Черенкове или я что-
> то не понимаю?
> Спасибо!
> с уважением,
> фк
> 
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998