<div dir="ltr">Спасибо!<div>фк</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Le mar. 12 févr. 2019 à 13:11, anikeev <<a href="mailto:anikeev@ut.mephi.ru">anikeev@ut.mephi.ru</a>> a écrit :<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">On Tue, 2019-02-12 at 12:01 +0300, Phil Korneev wrote:<br>
> <br>
> Добрый день,<br>
<br>
Здравствуйте!<br>
 <br>
> на Черенкове я пытаюсь скомпилировать программу Smilei (<a href="http://www.ma" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ma</a><br>
> <a href="http://isondelasimulation.fr/smilei/releases.html#current-release-4-1" rel="noreferrer" target="_blank">isondelasimulation.fr/smilei/releases.html#current-release-4-1</a>),<br>
> использующую hdf5. Обычно makefile сам определяет где что лежит, но в<br>
> этом случае не нашёл:<br>
> <br>
> In file included from src/Checkpoint/Checkpoint.cpp:7:0:<br>
> src/Checkpoint/Checkpoint.h:13:18: fatal error: hdf5.h: No such file<br>
> or directory<br>
> compilation terminated.<br>
> makefile:176: recipe for target 'build/src/Checkpoint/Checkpoint.o'<br>
> failed<br>
> make: *** [build/src/Checkpoint/Checkpoint.o] Error 1<br>
> <br>
> <br>
>  Когда я попытался прописать путь руками /usr/include/hdf5/serial,<br>
> появилась другая ошибка, связанная тоже с hdf5:<br>
> <br>
>  src/Collisions/Collisions.cpp:383:56: error: ‘H5Pset_dxpl_mpio’ was<br>
> not declared in this scope<br>
>          H5Pset_dxpl_mpio(transfer, H5FD_MPIO_COLLECTIVE);<br>
>                                                         ^<br>
> makefile:176: recipe for target 'build/src/Collisions/Collisions.o'<br>
> failed<br>
> make: *** [build/src/Collisions/Collisions.o] Error 1<br>
<br>
В Debian имеется две версии hdf5 - последовательная (без поддержки MPI)<br>
и параллельная (MPI):<br>
<br>
master.cherenkov anikeev # dpkg -l | grep hdf5<br>
...<br>
libhdf5-8:amd64<br>
libhdf5-dev<br>
...<br>
libhdf5-openmpi-8:amd64<br>
libhdf5-openmpi-dev<br>
...<br>
<br>
Очень похоже на то, что Вы используете пути для последовательной версии<br>
в программном коде, ожидающем параллельную.<br>
<br>
Путь до параллельной версии:<br>
<br>
master.cherenkov anikeev # dpkg-query -L libhdf5-openmpi-dev<br>
...<br>
/usr/include/hdf5/openmpi<br>
...<br>
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/openmpi/<br>
...<br>
<br>
<br>
> Подскажите, если возможно, что не так с hdf5 на Черенкове или я что-<br>
> то не понимаю?<br>
> Спасибо!<br>
> с уважением,<br>
> фк<br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> hpc mailing list<br>
> <a href="mailto:hpc@lists.mephi.ru" target="_blank">hpc@lists.mephi.ru</a><br>
> <a href="https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc</a><br>
-- <br>
С уважением,<br>
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,<br>
Аникеев Артём.<br>
Тел.: 8<br>
(495) 788-56-99, доб. 8998<br>
_______________________________________________<br>
hpc mailing list<br>
<a href="mailto:hpc@lists.mephi.ru" target="_blank">hpc@lists.mephi.ru</a><br>
<a href="https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc</a><br>
</blockquote></div>