[mephi-hpc] Gamess на tensor

Tue Jan 27 18:34:08 MSK 2026

anikeev at ut.mephi.ru писал 2026-01-26 17:47:
> Павел Кулямин писал 2026-01-26 13:48:
>> Имелась ввиду -  GAMESS (US).
> 
> К сожалению, запуск GAMESS-US - это нетривиальный и плохо
> документированный процесс. Для корректной работы приложения требуется
> большое число правильно настроенных переменных окружения. В
> дистрибутиве GAMESS-US прилагается пример скрипта запуска rungms,
> который предлагается переписать под свою установку. Обратите внимание,
> что в скрипте заявлен shebang /bin/csh, но сам скрипт написан на
> диалекте tcsh. На мой взгляд, shebang следует заменить на /bin/tcsh.
> 
> Для начала стоит изменить переменные TARGET, SCR, USERSCR, GMSPATH.
> Затем, придется переписывать сам скрипт, поскольку он рассчитан на
> работу со старым менеджером ресурсов PBS и со старой версией MPICH.
> 
> Пакет slurm-wlm-torque для совместимости SLURM и PBS установлен на
> всех кластерах Центра.
> 
> Напишите, если Вам нужна помощь по исправлению этого скрипта.

Пример сборки и запуска последовательной версии GAMESS-US:

anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess$ wget 
https://github.com/OpenMathLib/OpenBLAS/archive/refs/tags/v0.3.31.tar.gz
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess$ tar -xvzf 
v0.3.31.tar.gz
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess$ cd OpenBLAS-0.3.31/
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/OpenBLAS-0.3.31$ 
make DYNAMIC_ARCH=1 INTERFACE64=1
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/OpenBLAS-0.3.31$ 
make PREFIX=/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/openblas install
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/OpenBLAS-0.3.31$ cd 
../
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess$ tar -xvzf 
gamess-current.tar.gz
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess$ cd gamess/
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/gamess$ ./config
After the new window is open, please hit <ENTER> to go on. ENTER
please enter your target machine name: linux64
GAMESS directory? [/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/gamess] ENTER
GAMESS build directory? [/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/gamess] 
ENTER
Version? [00] ENTER
HPC system target for 64-bit Linux system: ENTER
Please enter your choice of FORTRAN: gfortran
Please enter only the first decimal place, such as 8.2 or 11.2: 12.2
Hit <ENTER> to continue to the math library setup. ENTER
Enter your math library choice from one of the options below: openblas
enter this full pathname: 
/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/openblas/lib/
communication library ('serial','sockets' or 'mpi' or 'mixed')? serial
...
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/gamess$ make
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/gamess$ cp rungms 
rungms_mine
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/gamess$ mkdir -p 
/mnt/pool/6/anikeev/gamess/restart
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/gamess$ diff 
rungms_mine rungms
1c1
< #!/bin/tcsh -f
---
> #!/bin/csh -f
98,101c98,101
< set TARGET=serial
< set SCR=/mnt/pool/6/anikeev/gamess/restart
< set USERSCR=/mnt/pool/6/anikeev/gamess/restart
< set GMSPATH=/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/gamess
---
> set TARGET=sockets
> set SCR=~/gamess/restart
> set USERSCR=~/gamess/restart
> set GMSPATH=~/gamess
anikeev at basov:/mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/gamess$ cd 
tests/standard
anikeev at unicluster://mnt/pool/4/anikeev/pakuliamin/gamess/gamess/tests/standard$ 
../../rungms_mine exam01.inp 00

Примеры стартовых скриптов для параллельной версии есть в файлах 
gamess/tools/gms и gamess/tools/ll-gms, но в них разработчиками 
захардкожены настройки для кластера разработчика.

Сложность параллельного запуска GAMESS-US частично объясняется тем, что 
схема параллелизма была завершена к 1991 году, за 3 года до появления 
стандарта MPI. Основные алгоритмы были завершены в 1981-му, а начальный 
релиз датируется 1977-м.

>> С уважением, Кулямин П.А.
>> 
>> Аспирант 4 курса НИЯУ МИФИ
>> 
>> Кафедра № 67 "Физика конденсированных
>> сред"
>> 
>> Научный руководитель: Маслов М.М.
>> 
>> Тел:8-905-582-00-63
>> 
>> пн, 26 янв. 2026 г. в 12:57, <anikeev at ut.mephi.ru>:
>> 
>>> anikeev at ut.mephi.ru писал 2026-01-26 12:17:
>>>> Павел Кулямин писал 2026-01-26 10:53:
>>>>> Добрый день!
>>>> 
>>>> Здравствуйте!
>>>> 
>>>>> Подскажите есть ли установленный
>>> Gamess
>>>>> на кластере? Если нет то можете
>>>>> подсказать как мне следует его
>>>>> установить? Я пробовал действовать
>>> по
>>>>> инструкции однако после успешной
>>>>> сборки openblas + openmpi не удается
>>>>> запустить. Не могу понять в чем
>>> дело.
>>>>> Openblas lp64 ставил отдельно.
>>>> 
>>>> Подскажет, про какой из GAMESS идет
>>> речь?
>>> Прошу прощения, опечатка:
>>> Подскажите...
>>> 
>>>> GAMESS-UK?
>>>> GAMESS-US?
>>>> GAMESS-PC?
>>>> 
>>>>> С уважением, Кулямин П.А.
>>>>> 
>>>>> Аспирант 4 курса НИЯУ МИФИ
>>>>> 
>>>>> Кафедра № 67 "Физика
>>> конденсированных
>>>>> сред"
>>>>> 
>>>>> Научный руководитель: Маслов М.М.
>>>>> 
>>>>> Тел:8-905-582-00-63
>>>>> _______________________________________________
>>>>> hpc mailing list
>>>>> hpc at lists.mephi.ru
>>>>> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
>>>> 
>>>> --
>>>> С уважением,
>>>> ведущий инженер отдела
>>> UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
>>>> к.ф.-м.н.,
>>>> Аникеев Артем.
>>>> e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
>>>> тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
>>> 
>>> --
>>> С уважением,
>>> ведущий инженер отдела UNIX-технологий
>>> НИЯУ МИФИ,
>>> к.ф.-м.н.,
>>> Аникеев Артем.
>>> e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
>>> тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
> 
> --
> С уважением,
> ведущий инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
> к.ф.-м.н.,
> Аникеев Артем.
> e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
> тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
> 
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc

--
С уважением,
ведущий инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
к.ф.-м.н.,
Аникеев Артем.
e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998