[mephi-hpc] Thermo_PW
Павел Кулямин
dryes20115 at gmail.com
Fri Oct 11 16:40:50 MSK 2024
Добрый день!
Большое вам спасибо! Буду пробовать или искать альтернативное решение.
С уважением, Кулямин П.А.
Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
Группа А21-433
Кафедра № 67 "Физика конденсированных сред"
Научный руководитель: Маслов М.М.
Тел:8-905-582-00-63
пт, 11 окт. 2024 г., 16:35 <anikeev at ut.mephi.ru>:
> anikeev at ut.mephi.ru писал 2024-10-10 16:36:
> > Павел Кулямин писал 2024-10-10 01:16:
> >> Добрый день!
> >
> > Здравствуйте!
> >
> >> Столкнулся с некоторыми сложностями
> >> при установке дополнительного модуля
> >> ThermoPW для QuantumEspresso на кластере tensor.
> >>
> >> Используемый мною порядок действий:
> >>
> >> 1) С официального сайта, скачал
> >> последнюю стабильную версию QE 7.3.1 -
> >>
> https://www.quantum-espresso.org/rdm-download/488/v7-3-1/7e1905f3d25a9ccef4ae109cb8f6dcce/qe-7.3.1-ReleasePack.tar.gz
> >>
> >> 2) C github дополнительного модуля ThermoPW
> >> скачал последнюю версию
> >> дополнительного модуля которая
> >> совместима с версией QE выше 7.2 -
> >> https://github.com/dalcorso/thermo_pw/releases/tag/2.0.0
> >
> > Здесь ошибка. thermo_pw 2.0.0 совместим с QE-7.3 cтрого, даже минорные
> > версии менять нельзя. Эту информацию можно найти в документе
> > thermo_pw_help.md:
> >
> > https://github.com/dalcorso/thermo_pw/blob/master/thermo_pw_help.md
> >
> > Эта проблема обсуждалась в листе рассылки QE:
> >
> >
> https://www.mail-archive.com/search?l=users@lists.quantum-espresso.org&q=subject:%22Re%5C%3A+%5C%5BQE%5C-users%5C%5D+error%22&o=newest&f=1
> >
> > Будьте, однако, осторожны. Документ thermo_pw_help.md сам содержит
> > ошибки. Например, для сборки с использованием Autotools там пропущен
> > этап ./configure. В целом, проект thermo_pw производит не лучшее
> > впечатление по качеству кода и документации.
> >
> > Итого, вот релизы, которые должны быть совместимы:
> >
> > https://github.com/dalcorso/thermo_pw/archive/refs/tags/2.0.0.tar.gz
> > https://gitlab.com/QEF/q-e/-/archive/qe-7.3/q-e-qe-7.3.tar.gz
> >
> >> 3) В личной папке разархивировал
> >> архивы с помощью команды - TAR - XZF ' ИМЯ
> >> ФАЙЛА'
> >>
> >> 4) Как написано в Readme.md - в папку с
> >> qe(папка из архива 1) перенес папку thermo_pw
> >> (из архива 2)
> >>
> >> 5) Перешел в перенесенную папку и
> >> выполнил следующую команду - MAKE JOIN_QE
> >>
> >> 6) Перешел в корневую папку qe и
> >> пробовал произвести установку
> >> следующими способами:
> >>
> >> 6.1) Последовательное выполнение
> >> следующих команд:
> >> SOURCE /OPT/FFTW-3.3.10/DOUBLE/CUSTOMVARS.SH
> >> SOURCE /OPT/OPENBLAS-0.3.23/CUSTOMVARS.SH
> >> ./CONFIGURE
> >> MAKE THERMO_PW
> >> Получил следующую ошибку:
> >> Error: Symbol ‘using_wg_d’ referenced at (1) not found in module
> >> ‘wvfct_gpum’
> >> make[2]: *** [../../make.inc:16: electrons_tpw.o] Error 1
> >> make[2]: Leaving directory
> >> '/mnt/pool/6/pakuliamin/qe-7.3.1/thermo_pw/qe'
> >> make[1]: *** [Makefile:18: thermo_qe] Error 1
> >> make[1]: Leaving directory '/mnt/pool/6/pakuliamin/qe-7.3.1/thermo_pw'
> >> make: *** [Makefile:88: thermo_pw] Error 1
> >
> > Для сборки QE со специальными версиями FFTW и OpenBLAS недостаточно
> > корректно экспортировать переменные окружения. При вызове ./configure
> > без аргументов, система сборки отдаст предпочтение нестандартной и
> > устаревшей версии Intel PSXE 2018, использование которой не
> > рекомендуется и для использования которой при запуске нужны будут
> > переменные окружения из
> > /opt/intel/parallel_studio_xe_2018/psxevars.sh.
> >
> > К сожалению, система сборки Autotools находится не в лучшем состоянии
> > уже у апстримной версии QE. При сборке с SDK NVIDIA рекомендуется
> > использовать Autotools, при сборке с SDK GNU или Intel лучше
> > использовать cmake.
> >
> > Для сборки QE с GNU SDK и Autotools требуется ручная правка make.inc
> > после выполнения ./configure.
> >
> > https://www.quantum-espresso.org/Doc/user_guide/node11.html
>
> Пример концигурации QE при помощи Autotools с использованием gcc,
> gfortran, openmpi, openblas, scalapack из состава дистрибутива Debian и
> оптимизированного FFTW3 из /opt/fftw-3.3.10/double/
>
> 1) Экспортируйте переменные окружения:
>
> anikeev at tensor:~$ source /opt/fftw-3.3.10/double/customvars.sh
>
> 2) Выполните в корневой директории QE команду ./configure
>
> 3) Откорректируйте следующие строки файла make.inc
>
> DFLAGS = -D__FFTW -D__MPI -D__SCALAPACK
> IFLAGS = -I. -I$(TOPDIR)/include
> -I/opt/fftw-3.3.10/double/include
> BLAS_LIBS = -lopenblas
> SCALAPACK_LIBS = -lscalapack-openmpi
> FFT_LIBS = -lfftw3
>
> Полную версию файла можно посмотреть здесь:
>
> /mnt/pool/4/anikeev/thermopw/q-e-qe-7.3/make.inc
>
> 4) Соберите QE с помощью make all
>
> 5) Проверьте корректность линковки с библиотеками:
>
> anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/thermopw/q-e-qe-7.3$ ldd
> bin/thermo_pw.x
> linux-vdso.so.1 (0x00007ffeca4bf000)
> libscalapack-openmpi.so.2.2 =>
> /lib/x86_64-linux-gnu/libscalapack-openmpi.so.2.2 (0x00007fcbf0e00000)
> libopenblas.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas.so.0
> (0x00007fcbeeb18000)
> libmpi_mpifh.so.40 => /lib/x86_64-linux-gnu/libmpi_mpifh.so.40
> (0x00007fcbf1419000)
> libgfortran.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.5
> (0x00007fcbee800000)
> libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6
> (0x00007fcbee721000)
> libmvec.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libmvec.so.1
> (0x00007fcbee628000)
> libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
> (0x00007fcbf13f7000)
> libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6
> (0x00007fcbee447000)
> liblapack.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/liblapack.so.3
> (0x00007fcbedc00000)
> libblas.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libblas.so.3
> (0x00007fcbee3e4000)
> libmpi.so.40 => /lib/x86_64-linux-gnu/libmpi.so.40
> (0x00007fcbedac1000)
> /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fcbf3eec000)
> libopen-pal.so.40 => /lib/x86_64-linux-gnu/libopen-pal.so.40
> (0x00007fcbee32d000)
> libquadmath.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0
> (0x00007fcbeead1000)
> libopen-rte.so.40 => /lib/x86_64-linux-gnu/libopen-rte.so.40
> (0x00007fcbeda05000)
> libhwloc.so.15 => /lib/x86_64-linux-gnu/libhwloc.so.15
> (0x00007fcbed9a8000)
> libevent_core-2.1.so.7 =>
> /lib/x86_64-linux-gnu/libevent_core-2.1.so.7 (0x00007fcbf13bd000)
> libevent_pthreads-2.1.so.7 =>
> /lib/x86_64-linux-gnu/libevent_pthreads-2.1.so.7 (0x00007fcbf13b8000)
> libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1
> (0x00007fcbee30e000)
> libudev.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libudev.so.1
> (0x00007fcbed97a000)
>
> 5) Не забудьте повторно экспортировать переменные окружения в скрипте
> запука задачи:
>
> anikeev at tensor:~$ source /opt/fftw-3.3.10/double/customvars.sh
>
> >> _6.2) Последовательное выполнение
> >> следующих команд:_
> >> _ MKDIR BUILD_
> >> _ CD BUILD_
> >> _ _CMAKE -DCMAKE_C_COMPILER=MPICC
> >> -DCMAKE_FORTRAN_COMPILER=MPIF90 -
> >> DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/MNT/POOL/6/PAKULIAMIN/QE-7.3.1/
> >> -DBLA_VENDOR=OPENBLAS -DQE_FFTW_VENDOR=FFTW3 ../
> >> Получил следующую ошибку:
> >> -- Configuring done
> >> CMake Error at cmake/qeHelpers.cmake:185 (add_library):
> >> Cannot find source file:
> >>
> >> lib/freecad.f90
> >> Call Stack (most recent call first):
> >> thermo_pw/CMakeLists.txt:43 (qe_add_library)
> >>
> >> CMake Error at cmake/qeHelpers.cmake:185 (add_library):
> >> Cannot find source file:
> >>
> >> qe/ch_psi_all_tpw.f90
> >> Call Stack (most recent call first):
> >> thermo_pw/CMakeLists.txt:350 (qe_add_library)
> >>
> >> CMake Error at cmake/qeHelpers.cmake:185 (add_library):
> >> No SOURCES given to target: qe_tpw_lib
> >> Call Stack (most recent call first):
> >> thermo_pw/CMakeLists.txt:43 (qe_add_library)
> >>
> >> CMake Error at cmake/qeHelpers.cmake:185 (add_library):
> >> No SOURCES given to target: qe_tpw_qe
> >> Call Stack (most recent call first):
> >> thermo_pw/CMakeLists.txt:350 (qe_add_library)
> >
> > Файл freecad.f90 отсутствует в репозитории thermo_pw. Вероятно,
> > система сборки cmake для thermo_pw в данный момент находится в
> > нерабочем состоянии. По этому поводу можно обратиться к разработчикам
> > thermo_pw.
> >
> > Пример сборки апстримного QE-7.3.1 с последней версией Intel OneAPI
> > через cmake:
> >
> > anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev$ tar -xvzf q-e-qe-7.3.1.tar.gz
> > anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev$ cd q-e-qe-7.3.1/external/
> > anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external$
> > ./initialize_external_repos.sh
> > anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external$ cd mbd/
> > anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external/mbd$ git pull
> > anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external/mbd$ git
> > checkout 1c43285
> > anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external/mbd$ cd ../../
> > anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1$ mkdir build
> > anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1$ cd build/
> > anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/build$ cmake
> > -DCMAKE_C_COMPILER=mpiicx -DCMAKE_Fortran_COMPILER=mpiifx
> > -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/4/anikeev/qe -DQE_ENABLE_MPI=ON
> > -DQE_ENABLE_OPENMP=OFF -DBLA_VENDOR=Intel10_64lp_seq
> > -DQE_FFTW_VENDOR=Intel_DFTI -DQE_ENABLE_SCALAPACK=ON
> > -DCMAKE_C_FLAGS:STRING=-xCORE-AVX512
> > -DCMAKE_Fortran_FLAGS:STRING=-xCORE-AVX512 ../
> > anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/build$ make VERBOSE=1
> >
> >> Подскажите, в чем может быть моя
> >> ошибка и как мне следует действовать
> >> чтобы установить дополнительный
> >> модуль ThermoPW?
> >>
> >> С уважением, Кулямин П.А.
> >>
> >> Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
> >>
> >> Кафедра № 67 "Физика конденсированных
> >> сред"
> >>
> >> Научный руководитель: Маслов М.М.
> >>
> >> Тел:8-905-582-00-63
> >> _______________________________________________
> >> hpc mailing list
> >> hpc at lists.mephi.ru
> >> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> >
> > --
> > С уважением,
> > ведущий инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
> > к.ф.-м.н.,
> > Аникеев Артем.
> > e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
> > тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
>
> --
> С уважением,
> ведущий инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
> к.ф.-м.н.,
> Аникеев Артем.
> e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
> тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
>
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20241011/545c8424/attachment-0001.htm>
More information about the hpc
mailing list