<p dir="ltr">Добрый день! </p>
<p dir="ltr">Большое вам спасибо! Буду пробовать или искать альтернативное решение. </p>
<div data-smartmail="gmail_signature">С уважением, Кулямин П.А.<br><br>Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ<br><br>Группа А21-433<br><br>Кафедра № 67 "Физика конденсированных сред"<br><br>Научный руководитель: Маслов М.М.<br><br>Тел:8-905-582-00-63<br><br> </div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">пт, 11 окт. 2024 г., 16:35 <<a href="mailto:anikeev@ut.mephi.ru">anikeev@ut.mephi.ru</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><a href="mailto:anikeev@ut.mephi.ru" target="_blank" rel="noreferrer">anikeev@ut.mephi.ru</a> писал 2024-10-10 16:36:<br>
> Павел Кулямин писал 2024-10-10 01:16:<br>
>> Добрый день!<br>
> <br>
> Здравствуйте!<br>
> <br>
>> Столкнулся с некоторыми сложностями<br>
>> при установке дополнительного модуля<br>
>> ThermoPW для QuantumEspresso на кластере tensor.<br>
>> <br>
>> Используемый мною порядок действий:<br>
>> <br>
>> 1) С официального сайта, скачал<br>
>> последнюю стабильную версию QE 7.3.1 -<br>
>> <a href="https://www.quantum-espresso.org/rdm-download/488/v7-3-1/7e1905f3d25a9ccef4ae109cb8f6dcce/qe-7.3.1-ReleasePack.tar.gz" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://www.quantum-espresso.org/rdm-download/488/v7-3-1/7e1905f3d25a9ccef4ae109cb8f6dcce/qe-7.3.1-ReleasePack.tar.gz</a><br>
>> <br>
>> 2) C github дополнительного модуля ThermoPW<br>
>> скачал последнюю версию<br>
>> дополнительного модуля которая<br>
>> совместима с версией QE выше 7.2 -<br>
>> <a href="https://github.com/dalcorso/thermo_pw/releases/tag/2.0.0" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://github.com/dalcorso/thermo_pw/releases/tag/2.0.0</a><br>
> <br>
> Здесь ошибка. thermo_pw 2.0.0 совместим с QE-7.3 cтрого, даже минорные<br>
> версии менять нельзя. Эту информацию можно найти в документе<br>
> thermo_pw_help.md:<br>
> <br>
> <a href="https://github.com/dalcorso/thermo_pw/blob/master/thermo_pw_help.md" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://github.com/dalcorso/thermo_pw/blob/master/thermo_pw_help.md</a><br>
> <br>
> Эта проблема обсуждалась в листе рассылки QE:<br>
> <br>
> <a href="https://www.mail-archive.com/search?l=users@lists.quantum-espresso.org&q=subject:%22Re%5C%3A+%5C%5BQE%5C-users%5C%5D+error%22&o=newest&f=1" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://www.mail-archive.com/search?l=users@lists.quantum-espresso.org&q=subject:%22Re%5C%3A+%5C%5BQE%5C-users%5C%5D+error%22&o=newest&f=1</a><br>
> <br>
> Будьте, однако, осторожны. Документ thermo_pw_help.md сам содержит<br>
> ошибки. Например, для сборки с использованием Autotools там пропущен<br>
> этап ./configure. В целом, проект thermo_pw производит не лучшее<br>
> впечатление по качеству кода и документации.<br>
> <br>
> Итого, вот релизы, которые должны быть совместимы:<br>
> <br>
> <a href="https://github.com/dalcorso/thermo_pw/archive/refs/tags/2.0.0.tar.gz" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://github.com/dalcorso/thermo_pw/archive/refs/tags/2.0.0.tar.gz</a><br>
> <a href="https://gitlab.com/QEF/q-e/-/archive/qe-7.3/q-e-qe-7.3.tar.gz" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://gitlab.com/QEF/q-e/-/archive/qe-7.3/q-e-qe-7.3.tar.gz</a><br>
> <br>
>> 3) В личной папке разархивировал<br>
>> архивы с помощью команды - TAR - XZF ' ИМЯ<br>
>> ФАЙЛА'<br>
>> <br>
>> 4) Как написано в Readme.md - в папку с<br>
>> qe(папка из архива 1) перенес папку thermo_pw<br>
>> (из архива 2)<br>
>> <br>
>> 5) Перешел в перенесенную папку и<br>
>> выполнил следующую команду - MAKE JOIN_QE<br>
>> <br>
>> 6) Перешел в корневую папку qe и<br>
>> пробовал произвести установку<br>
>> следующими способами:<br>
>> <br>
>> 6.1) Последовательное выполнение<br>
>> следующих команд:<br>
>> SOURCE /OPT/FFTW-3.3.10/DOUBLE/CUSTOMVARS.SH<br>
>> SOURCE /OPT/OPENBLAS-0.3.23/CUSTOMVARS.SH<br>
>> ./CONFIGURE<br>
>> MAKE THERMO_PW<br>
>> Получил следующую ошибку:<br>
>> Error: Symbol ‘using_wg_d’ referenced at (1) not found in module<br>
>> ‘wvfct_gpum’<br>
>> make[2]: *** [../../make.inc:16: electrons_tpw.o] Error 1<br>
>> make[2]: Leaving directory<br>
>> '/mnt/pool/6/pakuliamin/qe-7.3.1/thermo_pw/qe'<br>
>> make[1]: *** [Makefile:18: thermo_qe] Error 1<br>
>> make[1]: Leaving directory '/mnt/pool/6/pakuliamin/qe-7.3.1/thermo_pw'<br>
>> make: *** [Makefile:88: thermo_pw] Error 1<br>
> <br>
> Для сборки QE со специальными версиями FFTW и OpenBLAS недостаточно<br>
> корректно экспортировать переменные окружения. При вызове ./configure<br>
> без аргументов, система сборки отдаст предпочтение нестандартной и<br>
> устаревшей версии Intel PSXE 2018, использование которой не<br>
> рекомендуется и для использования которой при запуске нужны будут<br>
> переменные окружения из<br>
> /opt/intel/parallel_studio_xe_2018/psxevars.sh.<br>
> <br>
> К сожалению, система сборки Autotools находится не в лучшем состоянии<br>
> уже у апстримной версии QE. При сборке с SDK NVIDIA рекомендуется<br>
> использовать Autotools, при сборке с SDK GNU или Intel лучше<br>
> использовать cmake.<br>
> <br>
> Для сборки QE с GNU SDK и Autotools требуется ручная правка make.inc<br>
> после выполнения ./configure.<br>
> <br>
> <a href="https://www.quantum-espresso.org/Doc/user_guide/node11.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://www.quantum-espresso.org/Doc/user_guide/node11.html</a><br>
<br>
Пример концигурации QE при помощи Autotools с использованием gcc, <br>
gfortran, openmpi, openblas, scalapack из состава дистрибутива Debian и <br>
оптимизированного FFTW3 из /opt/fftw-3.3.10/double/<br>
<br>
1) Экспортируйте переменные окружения:<br>
<br>
anikeev@tensor:~$ source /opt/fftw-3.3.10/double/customvars.sh<br>
<br>
2) Выполните в корневой директории QE команду ./configure<br>
<br>
3) Откорректируйте следующие строки файла make.inc<br>
<br>
DFLAGS = -D__FFTW -D__MPI -D__SCALAPACK<br>
IFLAGS = -I. -I$(TOPDIR)/include <br>
-I/opt/fftw-3.3.10/double/include<br>
BLAS_LIBS = -lopenblas<br>
SCALAPACK_LIBS = -lscalapack-openmpi<br>
FFT_LIBS = -lfftw3<br>
<br>
Полную версию файла можно посмотреть здесь:<br>
<br>
/mnt/pool/4/anikeev/thermopw/q-e-qe-7.3/make.inc<br>
<br>
4) Соберите QE с помощью make all<br>
<br>
5) Проверьте корректность линковки с библиотеками:<br>
<br>
anikeev@tensor:/mnt/pool/4/anikeev/thermopw/q-e-qe-7.3$ ldd <br>
bin/thermo_pw.x<br>
linux-vdso.so.1 (0x00007ffeca4bf000)<br>
libscalapack-openmpi.so.2.2 => <br>
/lib/x86_64-linux-gnu/libscalapack-openmpi.so.2.2 (0x00007fcbf0e00000)<br>
libopenblas.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas.so.0 <br>
(0x00007fcbeeb18000)<br>
libmpi_mpifh.so.40 => /lib/x86_64-linux-gnu/libmpi_mpifh.so.40 <br>
(0x00007fcbf1419000)<br>
libgfortran.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.5 <br>
(0x00007fcbee800000)<br>
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 <br>
(0x00007fcbee721000)<br>
libmvec.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libmvec.so.1 <br>
(0x00007fcbee628000)<br>
libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 <br>
(0x00007fcbf13f7000)<br>
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 <br>
(0x00007fcbee447000)<br>
liblapack.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/liblapack.so.3 <br>
(0x00007fcbedc00000)<br>
libblas.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libblas.so.3 <br>
(0x00007fcbee3e4000)<br>
libmpi.so.40 => /lib/x86_64-linux-gnu/libmpi.so.40 <br>
(0x00007fcbedac1000)<br>
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fcbf3eec000)<br>
libopen-pal.so.40 => /lib/x86_64-linux-gnu/libopen-pal.so.40 <br>
(0x00007fcbee32d000)<br>
libquadmath.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 <br>
(0x00007fcbeead1000)<br>
libopen-rte.so.40 => /lib/x86_64-linux-gnu/libopen-rte.so.40 <br>
(0x00007fcbeda05000)<br>
libhwloc.so.15 => /lib/x86_64-linux-gnu/libhwloc.so.15 <br>
(0x00007fcbed9a8000)<br>
libevent_core-2.1.so.7 => <br>
/lib/x86_64-linux-gnu/libevent_core-2.1.so.7 (0x00007fcbf13bd000)<br>
libevent_pthreads-2.1.so.7 => <br>
/lib/x86_64-linux-gnu/libevent_pthreads-2.1.so.7 (0x00007fcbf13b8000)<br>
libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 <br>
(0x00007fcbee30e000)<br>
libudev.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libudev.so.1 <br>
(0x00007fcbed97a000)<br>
<br>
5) Не забудьте повторно экспортировать переменные окружения в скрипте <br>
запука задачи:<br>
<br>
anikeev@tensor:~$ source /opt/fftw-3.3.10/double/customvars.sh<br>
<br>
>> _6.2) Последовательное выполнение<br>
>> следующих команд:_<br>
>> _ MKDIR BUILD_<br>
>> _ CD BUILD_<br>
>> _ _CMAKE -DCMAKE_C_COMPILER=MPICC<br>
>> -DCMAKE_FORTRAN_COMPILER=MPIF90 -<br>
>> DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/MNT/POOL/6/PAKULIAMIN/QE-7.3.1/<br>
>> -DBLA_VENDOR=OPENBLAS -DQE_FFTW_VENDOR=FFTW3 ../<br>
>> Получил следующую ошибку:<br>
>> -- Configuring done<br>
>> CMake Error at cmake/qeHelpers.cmake:185 (add_library):<br>
>> Cannot find source file:<br>
>> <br>
>> lib/freecad.f90<br>
>> Call Stack (most recent call first):<br>
>> thermo_pw/CMakeLists.txt:43 (qe_add_library)<br>
>> <br>
>> CMake Error at cmake/qeHelpers.cmake:185 (add_library):<br>
>> Cannot find source file:<br>
>> <br>
>> qe/ch_psi_all_tpw.f90<br>
>> Call Stack (most recent call first):<br>
>> thermo_pw/CMakeLists.txt:350 (qe_add_library)<br>
>> <br>
>> CMake Error at cmake/qeHelpers.cmake:185 (add_library):<br>
>> No SOURCES given to target: qe_tpw_lib<br>
>> Call Stack (most recent call first):<br>
>> thermo_pw/CMakeLists.txt:43 (qe_add_library)<br>
>> <br>
>> CMake Error at cmake/qeHelpers.cmake:185 (add_library):<br>
>> No SOURCES given to target: qe_tpw_qe<br>
>> Call Stack (most recent call first):<br>
>> thermo_pw/CMakeLists.txt:350 (qe_add_library)<br>
> <br>
> Файл freecad.f90 отсутствует в репозитории thermo_pw. Вероятно,<br>
> система сборки cmake для thermo_pw в данный момент находится в<br>
> нерабочем состоянии. По этому поводу можно обратиться к разработчикам<br>
> thermo_pw.<br>
> <br>
> Пример сборки апстримного QE-7.3.1 с последней версией Intel OneAPI<br>
> через cmake:<br>
> <br>
> anikeev@tensor:/mnt/pool/4/anikeev$ tar -xvzf q-e-qe-7.3.1.tar.gz<br>
> anikeev@tensor:/mnt/pool/4/anikeev$ cd q-e-qe-7.3.1/external/<br>
> anikeev@tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external$<br>
> ./initialize_external_repos.sh<br>
> anikeev@tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external$ cd mbd/<br>
> anikeev@tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external/mbd$ git pull<br>
> anikeev@tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external/mbd$ git<br>
> checkout 1c43285<br>
> anikeev@tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external/mbd$ cd ../../<br>
> anikeev@tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1$ mkdir build<br>
> anikeev@tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1$ cd build/<br>
> anikeev@tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/build$ cmake<br>
> -DCMAKE_C_COMPILER=mpiicx -DCMAKE_Fortran_COMPILER=mpiifx<br>
> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/4/anikeev/qe -DQE_ENABLE_MPI=ON<br>
> -DQE_ENABLE_OPENMP=OFF -DBLA_VENDOR=Intel10_64lp_seq<br>
> -DQE_FFTW_VENDOR=Intel_DFTI -DQE_ENABLE_SCALAPACK=ON<br>
> -DCMAKE_C_FLAGS:STRING=-xCORE-AVX512<br>
> -DCMAKE_Fortran_FLAGS:STRING=-xCORE-AVX512 ../<br>
> anikeev@tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/build$ make VERBOSE=1<br>
> <br>
>> Подскажите, в чем может быть моя<br>
>> ошибка и как мне следует действовать<br>
>> чтобы установить дополнительный<br>
>> модуль ThermoPW?<br>
>> <br>
>> С уважением, Кулямин П.А.<br>
>> <br>
>> Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ<br>
>> <br>
>> Кафедра № 67 "Физика конденсированных<br>
>> сред"<br>
>> <br>
>> Научный руководитель: Маслов М.М.<br>
>> <br>
>> Тел:8-905-582-00-63<br>
>> _______________________________________________<br>
>> hpc mailing list<br>
>> <a href="mailto:hpc@lists.mephi.ru" target="_blank" rel="noreferrer">hpc@lists.mephi.ru</a><br>
>> <a href="https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc</a><br>
> <br>
> --<br>
> С уважением,<br>
> ведущий инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,<br>
> к.ф.-м.н.,<br>
> Аникеев Артем.<br>
> e-mail: <a href="mailto:anikeev@ut.mephi.ru" target="_blank" rel="noreferrer">anikeev@ut.mephi.ru</a><br>
> тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998<br>
<br>
--<br>
С уважением,<br>
ведущий инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,<br>
к.ф.-м.н.,<br>
Аникеев Артем.<br>
e-mail: <a href="mailto:anikeev@ut.mephi.ru" target="_blank" rel="noreferrer">anikeev@ut.mephi.ru</a><br>
тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998<br>
<br>
</blockquote></div>