[mephi-hpc] Проблема при попытке установки ПО

[anikeev at ut.mephi.ru]

Павел Кулямин писал 2024-05-25 00:07:
> Добрый день!

Здравствуйте!

> При попытке установить ПО dftb+ на
> кластере tensor возникает следующая
> ошибка:
> 
> 1)  git clone https://github.com/dftbplus/dftbplus.git
> 2) Изменил в файле :
> 
> Следующие строчки:
> 
> option(WITH_OMP "Whether OpenMP thread parallisation should be
> enabled" FALSE)
> 
> option(WITH_MPI "Whether DFTB+ should support MPI-parallelism" TRUE)
> 
> 3) FC=gfortran CC=gcc cmake
> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/6/pakuliamin/dft-bplus/dftbplus -B
> _build .
> 
> Получил следующую ошибку:
> 
> CMake Error at
> /usr/lib/cmake/scalapack-2.2.1.mpich/scalapack-targets.cmake:93
> (message):
>   The imported target "scalapack" references the file
> 
>      "/usr/lib/libscalapack-mpich.so.2.2.1"
> 
>   but this file does not exist.  Possible reasons include:
> 
>   * The file was deleted, renamed, or moved to another location.
> 
>   * An install or uninstall procedure did not complete successfully.
> 
>   * The installation package was faulty and contained
> 
>      "/usr/lib/cmake/scalapack-2.2.1.mpich/scalapack-targets.cmake"
> 
>   but not all the files it references.
> 
> Call Stack (most recent call first):
>   /usr/lib/cmake/scalapack-2.2.1.mpich/scalapack-config.cmake:2
> (include)
>   cmake/Modules/FindCustomScalapack.cmake:88 (find_package)
>   CMakeLists.txt:203 (find_package)
> 
> Подскажите как решить данную
> проблему? Возможно я в чем то ошибаюсь?

1) Для практических расчетов следует стараться использовать стабильные 
релизы. Последний стабильный релиз - 24.1

wget https://github.com/dftbplus/dftbplus/archive/refs/tags/24.1.tar.gz

2) Не стоит сразу править конфигурационные файлы cmake или autotools 
вручную - сначала стоит попробовать воспользоваться штатными 
инструментами настройки (через параметры командной строки). Править 
файлы стоит либо по указанию руководства пользователя приложения, либо 
при попытке исправить заведомо нерабочую систему сборки.

3) Как написано в руководстве пользователя [1], по-умолчанию в кластерах 
используется реализация OpenMPI библиотеки MPI. Приложение dftbplus 
по-умолчанию пытается использовать реализацию MPICH библиотеки MPI. 
Поменять умолчание dftbplus можно так:

FC=gfortran CC=gcc cmake -DWITH_OMP=N -DWITH_MPI=Y 
-DSCALAPACK_LIBRARY=scalapack-openmpi 
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/5/anikeev/dftbplus -B _build ../

Если Вы хотите использовать MPICH, нужно подменить вызовы mpicc на 
mpicc.mpich, mpirun на mpirun.mpich и т.д. (подробнее в руководстве 
пользователя [1]).

4) Обратите внимание, что для приложения заявлена поддержка GPU. Расчеты 
на GPU могут оказаться более эффективными.

[1] https://ut.mephi.ru/pdf/projects/hpc/userguide.pdf

> С уважением, Кулямин П.А.
> 
> Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
> 
> Кафедра № 67 "Физика конденсированных
> сред"
> 
> Научный руководитель: Маслов М.М.
> 
> Тел:8-905-582-00-63
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc

--
С уважением,
ведущий инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
к.ф.-м.н.,
Аникеев Артем.
e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998