[mephi-hpc] Проблема при попытке установки ПО
Павел Кулямин
dryes20115 at gmail.com
Tue Jul 16 00:04:02 MSK 2024
Добрый день!
Большое вам спасибо! Разобрался!
С уважением, Кулямин П.А.
Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
Группа А21-433
Кафедра № 67 "Физика конденсированных сред"
Научный руководитель: Маслов М.М.
Тел:8-905-582-00-63
пн, 15 июл. 2024 г., 15:31 <anikeev at ut.mephi.ru>:
> Павел Кулямин писал 2024-07-10 15:37:
>
> Здравствуйте!
>
> 1)
>
> >> [tensor:19431] *** An error occurred in MPI_Win_allocate_shared
>
> Похоже, у DFTB+ частично сломана система сборки cmake - она всегда
> линкует приложение с библиотекой MPICH, даже если требуется OpenMPI.
> Простой способ исправить - работать с MPICH. Правильный способ - завести
> тикет в багтрекере разработчика DFTB+.
>
> Сборка с MPICH:
>
> rm -rf build
> mkdir build
> cd build/
> FC=mpifort.mpich CC=mpicc.mpich cmake -DWITH_OMP=N -DWITH_MPI=Y
> -DSCALAPACK_LIBRARY=scalapack-mpich
> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/4/anikeev/dftbplus ../
> make
> make install
>
> Ваш тест запускается:
>
> anikeev at cherenkov.cherenkov /mnt/pool/4/anikeev/testDFTB $
> ../dftbplus/bin/dftb+ | tail
>
>
> --------------------------------------------------------------------------------
> DFTB+ running times cpu [s] wall
> clock [s]
>
> --------------------------------------------------------------------------------
> SCC + 0.07 ( 75.6%) 0.05
> ( 71.2%)
> Post-SCC processing + 0.02 ( 21.2%) 0.02
> ( 24.7%)
>
> --------------------------------------------------------------------------------
> Missing + 0.00 ( 3.2%) 0.00
> ( 4.1%)
> Total = 0.09 (100.0%) 0.07
> (100.0%)
>
> --------------------------------------------------------------------------------
>
> anikeev at cherenkov.cherenkov /mnt/pool/4/anikeev/testDFTB $ mpirun.mpich
> ../dftbplus/bin/dftb+ | tail
>
>
> --------------------------------------------------------------------------------
> DFTB+ running times cpu [s] wall
> clock [s]
>
> --------------------------------------------------------------------------------
> SCC + 0.19 ( 86.8%) 0.17
> ( 86.7%)
> Post-SCC processing + 0.03 ( 11.6%) 0.02
> ( 11.3%)
>
> --------------------------------------------------------------------------------
> Missing + 0.00 ( 1.6%) 0.00
> ( 2.1%)
> Total = 0.22 (100.0%) 0.19
> (100.0%)
>
> --------------------------------------------------------------------------------
>
> N.B. Не стоит прикладывать файлы к письму при обращении в поддержку по
> кластерам, достаточно просто отсваить их на кластерной файловой системе
> и указать в пиьсме путь.
>
> 2)
>
> >> WARNING!
> >> -> Insufficient atoms for this number of MPI processors
> >> ERROR!
> >> -> Processor grid (1 x 2) too big (> 1 x 1)
>
> Параллельная версия DFTB+ не автоматическая, настройки параллельного
> выполнения нужно делать во входном файле [1].
>
> Кроме того, Ваша задача мала. Сокрее всего, у неё будет плохая кривая
> масштабирования. Не забудьте замерить кривую мастабирования перед
> прикладными параллельными рассчетами, как указано в руководстве
> пользователя [2]. Напоминаю, что эффективность параллельного выполнения
> должны быть не ниже 50% от эффективности последовательной версии.
>
> [1]
> https://mailman.zfn.uni-bremen.de/pipermail/dftb-plus-user/2022/003873.html
> [2] https://ut.mephi.ru/pdf/projects/hpc/userguide.pdf
>
> P.S. Прошу прощения за задержку с ответом, был в отпуске.
>
>
> > + NRNU MEPhI HPC discussion list <hpc at lists.mephi.ru>
> >
> > С уважением, Кулямин П.А.
> >
> > Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
> >
> > Кафедра № 67 "Физика конденсированных
> > сред"
> >
> > Научный руководитель: Маслов М.М.
> >
> > Тел:8-905-582-00-63
> >
> > сб, 6 июл. 2024 г. в 02:56, Павел Кулямин
> > <dryes20115 at gmail.com>:
> >
> >> Добрый день!
> >>
> >> Я установил dftb+ согласно вашим
> >> рекомендациям, а именно:
> >>
> >> wget
> >> https://github.com/dftbplus/dftbplus/archive/refs/tags/24.1.tar.gz
> >>
> >> tar -xzf 24.1.tar.gz
> >> cd dftbplus-24.1
> >> mkdir build
> >> cd build
> >> FC=gfortran CC=gcc cmake -DWITH_OMP=N -DWITH_MPI=Y
> >> -DSCALAPACK_LIBRARY=scalapack-openmpi
> >> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/6/pakuliamin/dftbplus-24.1_mpirun
> >> -B_build ../
> >> cmake --build _build -- -j
> >>
> >> cmake --install _build
> >> cd /mnt/pool/6/pakuliamin/dftbplus-24.1_mpirun/bin
> >>
> >> Далее в эту папку я положил файл
> >> dftb_in.hsd (во вложении) и папку slakos с
> >> псевдопотенциалами, также во
> >> вложении.
> >>
> >> Далее запустил тестовый расчет
> >> командой:
> >> ./dftb+
> >>
> >> Получил следующую ошибку (полный
> >> вывод во вложении):
> >>
> >
> --------------------------------------------------------------------------------
> >>
> >> *** Geometry step: 0
> >>
> >> [tensor:19431] *** An error occurred in MPI_Win_allocate_shared
> >> [tensor:19431] *** reported by process [26673153,0]
> >> [tensor:19431] *** on communicator MPI COMMUNICATOR 3 SPLIT_TYPE
> >> FROM 0
> >> [tensor:19431] *** MPI_ERR_INTERN: internal error
> >> [tensor:19431] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this
> >> communicator will now abort,
> >> [tensor:19431] *** and potentially your MPI job)
> >>
> >> В случае запуска с использованием
> >> openmpi:
> >>
> >> mpirun -np 1 dftb+
> >>
> >> Результат аналогичный.
> >>
> >> mpirun -np 2 dftb+
> >>
> >> Полный результат во вложении:
> >>
> >> WARNING!
> >> -> Insufficient atoms for this number of MPI processors
> >> ERROR!
> >> -> Processor grid (1 x 2) too big (> 1 x 1)
> >>
> >
> --------------------------------------------------------------------------
> >> MPI_ABORT was invoked on rank 1 in communicator MPI_COMM_WORLD
> >> with errorcode 1.
> >>
> >> NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
> >> You may or may not see output from other processes, depending on
> >> exactly when Open MPI kills them.
> >>
> >
> --------------------------------------------------------------------------
> >> [tensor:19791] 1 more process has sent help message help-mpi-api.txt
> >> / mpi-abort
> >> [tensor:19791] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to
> >> see all help / error messages
> >>
> >> Подскажите пожалуйста, в чем я мог
> >> ошибиться?
> >>
> >> Если я правильно понимаю, то проблема
> >> в том что процесс обращается не в то
> >> место в памяти.
> >>
> >> Приложенный скрипт удавалось
> >> запустить при запуске на локальной
> >> машине.
> >>
> >> С уважением, Кулямин П.А.
> >>
> >> Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
> >>
> >> Кафедра № 67 "Физика конденсированных
> >> сред"
> >>
> >> Научный руководитель: Маслов М.М.
> >>
> >> Тел:8-905-582-00-63
> >>
> >> пн, 27 мая 2024 г. в 15:59, <anikeev at ut.mephi.ru>:
> >>
> >>> Павел Кулямин писал 2024-05-25 00:07:
> >>>> Добрый день!
> >>>
> >>> Здравствуйте!
> >>>
> >>>> При попытке установить ПО dftb+ на
> >>>> кластере tensor возникает следующая
> >>>> ошибка:
> >>>>
> >>>> 1) git clone https://github.com/dftbplus/dftbplus.git
> >>>> 2) Изменил в файле :
> >>>>
> >>>> Следующие строчки:
> >>>>
> >>>> option(WITH_OMP "Whether OpenMP thread parallisation should be
> >>>> enabled" FALSE)
> >>>>
> >>>> option(WITH_MPI "Whether DFTB+ should support MPI-parallelism"
> >>> TRUE)
> >>>>
> >>>> 3) FC=gfortran CC=gcc cmake
> >>>> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/6/pakuliamin/dft-bplus/dftbplus
> >>> -B
> >>>> _build .
> >>>>
> >>>> Получил следующую ошибку:
> >>>>
> >>>> CMake Error at
> >>>> /usr/lib/cmake/scalapack-2.2.1.mpich/scalapack-targets.cmake:93
> >>>> (message):
> >>>> The imported target "scalapack" references the file
> >>>>
> >>>> "/usr/lib/libscalapack-mpich.so.2.2.1"
> >>>>
> >>>> but this file does not exist. Possible reasons include:
> >>>>
> >>>> * The file was deleted, renamed, or moved to another location.
> >>>>
> >>>> * An install or uninstall procedure did not complete
> >>> successfully.
> >>>>
> >>>> * The installation package was faulty and contained
> >>>>
> >>>>
> >>> "/usr/lib/cmake/scalapack-2.2.1.mpich/scalapack-targets.cmake"
> >>>>
> >>>> but not all the files it references.
> >>>>
> >>>> Call Stack (most recent call first):
> >>>> /usr/lib/cmake/scalapack-2.2.1.mpich/scalapack-config.cmake:2
> >>>> (include)
> >>>> cmake/Modules/FindCustomScalapack.cmake:88 (find_package)
> >>>> CMakeLists.txt:203 (find_package)
> >>>>
> >>>> Подскажите как решить данную
> >>>> проблему? Возможно я в чем то
> >>> ошибаюсь?
> >>>
> >>> 1) Для практических расчетов следует
> >>> стараться использовать стабильные
> >>> релизы. Последний стабильный релиз -
> >>> 24.1
> >>>
> >>> wget
> >>> https://github.com/dftbplus/dftbplus/archive/refs/tags/24.1.tar.gz
> >>>
> >>> 2) Не стоит сразу править
> >>> конфигурационные файлы cmake или autotools
> >>>
> >>> вручную - сначала стоит попробовать
> >>> воспользоваться штатными
> >>> инструментами настройки (через
> >>> параметры командной строки).
> >>> Править
> >>> файлы стоит либо по указанию
> >>> руководства пользователя
> >>> приложения, либо
> >>> при попытке исправить заведомо
> >>> нерабочую систему сборки.
> >>>
> >>> 3) Как написано в руководстве
> >>> пользователя [1], по-умолчанию в
> >>> кластерах
> >>> используется реализация OpenMPI
> >>> библиотеки MPI. Приложение dftbplus
> >>> по-умолчанию пытается использовать
> >>> реализацию MPICH библиотеки MPI.
> >>> Поменять умолчание dftbplus можно так:
> >>>
> >>> FC=gfortran CC=gcc cmake -DWITH_OMP=N -DWITH_MPI=Y
> >>> -DSCALAPACK_LIBRARY=scalapack-openmpi
> >>> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/5/anikeev/dftbplus -B _build ../
> >>>
> >>> Если Вы хотите использовать MPICH,
> >>> нужно подменить вызовы mpicc на
> >>> mpicc.mpich, mpirun на mpirun.mpich и т.д.
> >>> (подробнее в руководстве
> >>> пользователя [1]).
> >>>
> >>> 4) Обратите внимание, что для
> >>> приложения заявлена поддержка GPU.
> >>> Расчеты
> >>> на GPU могут оказаться более
> >>> эффективными.
> >>>
> >>> [1] https://ut.mephi.ru/pdf/projects/hpc/userguide.pdf
> >>>
> >>>> С уважением, Кулямин П.А.
> >>>>
> >>>> Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
> >>>>
> >>>> Кафедра № 67 "Физика
> >>> конденсированных
> >>>> сред"
> >>>>
> >>>> Научный руководитель: Маслов М.М.
> >>>>
> >>>> Тел:8-905-582-00-63
> >>>> _______________________________________________
> >>>> hpc mailing list
> >>>> hpc at lists.mephi.ru
> >>>> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> >>>
> >>> --
> >>> С уважением,
> >>> ведущий инженер отдела
> >>> UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
> >>> к.ф.-м.н.,
> >>> Аникеев Артем.
> >>> e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
> >>> тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
>
> --
> С уважением,
> ведущий инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
> к.ф.-м.н.,
> Аникеев Артем.
> e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
> тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
>
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20240716/190e969b/attachment-0001.htm>
More information about the hpc
mailing list