[mephi-hpc] Проблема при попытке установки ПО

Wed Jul 10 15:37:46 MSK 2024

+ NRNU MEPhI HPC discussion list <hpc at lists.mephi.ru>

С уважением, Кулямин П.А.
Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
Кафедра № 67 "Физика конденсированных сред"
Научный руководитель: Маслов М.М.
Тел:8-905-582-00-63

сб, 6 июл. 2024 г. в 02:56, Павел Кулямин <dryes20115 at gmail.com>:

> Добрый день!
>
> Я установил dftb+ согласно вашим рекомендациям, а именно:
>
> wget https://github.com/dftbplus/dftbplus/archive/refs/tags/24.1.tar.gz
> tar -xzf 24.1.tar.gz
> cd dftbplus-24.1
> mkdir build
> cd build
> FC=gfortran CC=gcc cmake -DWITH_OMP=N -DWITH_MPI=Y
> -DSCALAPACK_LIBRARY=scalapack-openmpi
> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/6/pakuliamin/dftbplus-24.1_mpirun -B_build
> ../
> cmake --build _build -- -j
>  cmake --install _build
> cd /mnt/pool/6/pakuliamin/dftbplus-24.1_mpirun/bin
>
> Далее в эту папку я положил файл dftb_in.hsd (во вложении) и папку slakos
> с псевдопотенциалами,  также во вложении.
>
> Далее запустил тестовый расчет командой:
> ./dftb+
>
> Получил следующую ошибку (полный вывод во вложении):
>
> --------------------------------------------------------------------------------
>
> ***  Geometry step: 0
>
> [tensor:19431] *** An error occurred in MPI_Win_allocate_shared
> [tensor:19431] *** reported by process [26673153,0]
> [tensor:19431] *** on communicator MPI COMMUNICATOR 3 SPLIT_TYPE FROM 0
> [tensor:19431] *** MPI_ERR_INTERN: internal error
> [tensor:19431] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator
> will now abort,
> [tensor:19431] ***    and potentially your MPI job)
>
> В случае запуска с использованием openmpi:
>
> mpirun -np 1 dftb+
>
> Результат аналогичный.
>
> mpirun -np 2 dftb+
>
> Полный результат во вложении:
>
> WARNING!
> -> Insufficient atoms for this number of MPI processors
> ERROR!
> -> Processor grid (1 x 2) too big (> 1 x 1)
> --------------------------------------------------------------------------
> MPI_ABORT was invoked on rank 1 in communicator MPI_COMM_WORLD
> with errorcode 1.
>
> NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
> You may or may not see output from other processes, depending on
> exactly when Open MPI kills them.
> --------------------------------------------------------------------------
> [tensor:19791] 1 more process has sent help message help-mpi-api.txt /
> mpi-abort
> [tensor:19791] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see
> all help / error messages
>
> Подскажите пожалуйста, в чем я мог ошибиться?
>
> Если я правильно понимаю, то проблема в том что процесс обращается не в то
> место в памяти.
>
> Приложенный скрипт удавалось запустить при запуске на локальной машине.
>
> С уважением, Кулямин П.А.
> Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
> Кафедра № 67 "Физика конденсированных сред"
> Научный руководитель: Маслов М.М.
> Тел:8-905-582-00-63
>
>
> пн, 27 мая 2024 г. в 15:59, <anikeev at ut.mephi.ru>:
>
>> Павел Кулямин писал 2024-05-25 00:07:
>> > Добрый день!
>>
>> Здравствуйте!
>>
>> > При попытке установить ПО dftb+ на
>> > кластере tensor возникает следующая
>> > ошибка:
>> >
>> > 1)  git clone https://github.com/dftbplus/dftbplus.git
>> > 2) Изменил в файле :
>> >
>> > Следующие строчки:
>> >
>> > option(WITH_OMP "Whether OpenMP thread parallisation should be
>> > enabled" FALSE)
>> >
>> > option(WITH_MPI "Whether DFTB+ should support MPI-parallelism" TRUE)
>> >
>> > 3) FC=gfortran CC=gcc cmake
>> > -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/6/pakuliamin/dft-bplus/dftbplus -B
>> > _build .
>> >
>> > Получил следующую ошибку:
>> >
>> > CMake Error at
>> > /usr/lib/cmake/scalapack-2.2.1.mpich/scalapack-targets.cmake:93
>> > (message):
>> >   The imported target "scalapack" references the file
>> >
>> >      "/usr/lib/libscalapack-mpich.so.2.2.1"
>> >
>> >   but this file does not exist.  Possible reasons include:
>> >
>> >   * The file was deleted, renamed, or moved to another location.
>> >
>> >   * An install or uninstall procedure did not complete successfully.
>> >
>> >   * The installation package was faulty and contained
>> >
>> >      "/usr/lib/cmake/scalapack-2.2.1.mpich/scalapack-targets.cmake"
>> >
>> >   but not all the files it references.
>> >
>> > Call Stack (most recent call first):
>> >   /usr/lib/cmake/scalapack-2.2.1.mpich/scalapack-config.cmake:2
>> > (include)
>> >   cmake/Modules/FindCustomScalapack.cmake:88 (find_package)
>> >   CMakeLists.txt:203 (find_package)
>> >
>> > Подскажите как решить данную
>> > проблему? Возможно я в чем то ошибаюсь?
>>
>> 1) Для практических расчетов следует стараться использовать стабильные
>> релизы. Последний стабильный релиз - 24.1
>>
>> wget https://github.com/dftbplus/dftbplus/archive/refs/tags/24.1.tar.gz
>>
>> 2) Не стоит сразу править конфигурационные файлы cmake или autotools
>> вручную - сначала стоит попробовать воспользоваться штатными
>> инструментами настройки (через параметры командной строки). Править
>> файлы стоит либо по указанию руководства пользователя приложения, либо
>> при попытке исправить заведомо нерабочую систему сборки.
>>
>> 3) Как написано в руководстве пользователя [1], по-умолчанию в кластерах
>> используется реализация OpenMPI библиотеки MPI. Приложение dftbplus
>> по-умолчанию пытается использовать реализацию MPICH библиотеки MPI.
>> Поменять умолчание dftbplus можно так:
>>
>> FC=gfortran CC=gcc cmake -DWITH_OMP=N -DWITH_MPI=Y
>> -DSCALAPACK_LIBRARY=scalapack-openmpi
>> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/5/anikeev/dftbplus -B _build ../
>>
>> Если Вы хотите использовать MPICH, нужно подменить вызовы mpicc на
>> mpicc.mpich, mpirun на mpirun.mpich и т.д. (подробнее в руководстве
>> пользователя [1]).
>>
>> 4) Обратите внимание, что для приложения заявлена поддержка GPU. Расчеты
>> на GPU могут оказаться более эффективными.
>>
>> [1] https://ut.mephi.ru/pdf/projects/hpc/userguide.pdf
>>
>> > С уважением, Кулямин П.А.
>> >
>> > Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
>> >
>> > Кафедра № 67 "Физика конденсированных
>> > сред"
>> >
>> > Научный руководитель: Маслов М.М.
>> >
>> > Тел:8-905-582-00-63
>> > _______________________________________________
>> > hpc mailing list
>> > hpc at lists.mephi.ru
>> > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
>>
>> --
>> С уважением,
>> ведущий инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
>> к.ф.-м.н.,
>> Аникеев Артем.
>> e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
>> тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
>>
>>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20240710/85101cc8/attachment.htm>