[mephi-hpc] Установка QE basis

[Павел Кулямин]

Хорошо! Понял!
Большое спасибо за рекомендации!

С уважением, Кулямин П.А.
Аспирант 2 курса НИЯУ МИФИ
Кафедра № 67 "Физика конденсированных сред"
Научный руководитель: Маслов М.М.
Тел:8-905-582-00-63


ср, 10 мая 2023 г. в 20:59, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru>:

> On Wed, 2023-05-10 at 19:15 +0300, Павел Кулямин wrote:
> > Большое спасибо за разъяснения! Пересобрал согласно вашим
> > рекомендациям.
> >
> > Хочу еще спросить про компиляцию qe на кластере tensor для работы с
> > очередями avx512.
> >
> > На кластере tensor я скомпилировал qe следующим образом:
> >
> > git clone https://gitlab.com/QEF/q-e.git
> > cd q-e/
> > git checkout qe-7.2
> >
> > mkdir build
> > cd build/
> > source /opt/fftw-3.3.9/double/customvars.sh
> > source /opt/openblas-0.3.17/customvars.sh
> >
> > cmake -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DCMAKE_Fortran_COMPILER=mpif90 -
> > DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/3/pakuliamin/qe_tensor_cpu/q-e -
> > DBLA_VENDOR=OpenBLAS -DQE_FFTW_VENDOR=FFTW3 ../
> >
> > make -j 16
> > make install
> >
> > Такой вариант скомпилированного qe подходит для использования в
> > avx512 очередях на кластере tensor?
>
> Да. Вы всегда можете проверить сборку самостоятельно:
>
> anikeev at tensor:~$ source /opt/openblas-0.3.17/customvars.sh
> anikeev at tensor:~$ source /opt/fftw-3.3.9/double/customvars.sh
> anikeev at tensor:~$ ldd /mnt/pool/3/pakuliamin/qe_tensor_cpu/q-e/bin/pw.x
>         linux-vdso.so.1 (0x00007ffdcebdc000)
>         libfftw3.so.3 => /opt/fftw-3.3.9/double/lib/libfftw3.so.3
> (0x00007feab6b99000)
>         libopenblas.so.0 => /opt/openblas-0.3.17/lib/libopenblas.so.0
> (0x00007feab5e8f000)
> ...
>
> Не забывайте выплнять source внутри старторвых скриптов для sbatch.
> Не забывайте управлять переменной окружения OMP_NUM_THREADS.
>
> P.S. Если версию для GPU придется запускать на несколько карт, не
> забывайте опцию mpirun --mca btl self,smcuda. Но лучше постараться
> уложиться в одну видеократу - так эффективнее.
>
> > С уважением, Кулямин П.А.
> > Аспирант 2 курса НИЯУ МИФИ
> > Кафедра № 67 "Физика конденсированных сред"
> > Научный руководитель: Маслов М.М.
> > Тел:8-905-582-00-63
> >
> >
> > ср, 10 мая 2023 г. в 18:00, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru>:
> > > On Wed, 2023-05-10 at 11:41 +0300, Павел Кулямин wrote:
> > > > К сожалению так тоже не сработало:
> > >
> > > Здравствуйте!
> > >
> > > Для начала, я настоятельно не рекомендую использовать ночные сборки
> > > в
> > > научных работах. Последний официальный релиз QE это 7.2:
> > >
> > > anikeev at basis:/mnt/pool/6/anikeev/qe$ git clone
> > > https://gitlab.com/QEF/q-e.git
> > > anikeev at basis:/mnt/pool/6/anikeev/qe$ cd q-e/
> > > anikeev at basis:/mnt/pool/6/anikeev/qe/q-e$ git checkout qe-7.2
> > >
> > > При работе с cmake рабочую директорию (build) нужно удалять
> > > полностью
> > > после каждой сборки. Аналога make clean для cmake нет.
> > >
> > > anikeev at basis:/mnt/pool/6/anikeev/qe/q-e$ mkdir build
> > > anikeev at basis:/mnt/pool/6/anikeev/qe/q-e$ cd build/
> > > anikeev at basis:/mnt/pool/6/anikeev/qe/q-e/build$ source
> > > /opt/nvidia/hpc_sdk/nvvars.sh
> > > anikeev at basis:/mnt/pool/6/anikeev/qe/q-e/build$ source
> > > /opt/nvidia/hpc_sdk/nv_mpi_vars.sh
> > > anikeev at basis:/mnt/pool/6/anikeev/qe/q-e/build$ which mpif90
> > > /opt/nvidia/hpc_sdk/Linux_x86_64/21.3/comm_libs/mpi/bin/mpif90
> > > anikeev at basis:/mnt/pool/6/anikeev/qe/q-e/build$ which mpicc
> > > /opt/nvidia/hpc_sdk/Linux_x86_64/21.3/comm_libs/mpi/bin/mpicc
> > > anikeev at basis:/mnt/pool/6/anikeev/qe$ source /opt/fftw-
> > > 3.3.9/double/customvars.sh
> > >
> > > FFTW ROOT - это директория, которая содержит субдиректории ./lib и
> > > ./include.
> > >
> > > anikeev at basis:/mnt/pool/6/anikeev/qe/q-e/build$ cmake -
> > > DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DCMAKE_Fortran_COMPILER=mpif90 -
> > > DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/6/anikeev/qe -DQE_ENABLE_CUDA=ON -
> > > DQE_ENABLE_MPI_GPU_AWARE=ON -DNVFORTRAN_CUDA_CC=80 -
> > > DNVFORTRAN_CUDA_VERSION=11.2 -DQE_FFTW_VENDOR=FFTW3 -
> > > DFFTW3_ROOT=/opt/fftw-3.3.9/double/ ../
> > >
> > > Если Вы выберете версию FFTW с поддержкой OMP, не забывайте
> > > управлять
> > > переменной окружения OMP_NUM_THREADS (export OMP_NUM_THREADS=1) при
> > > запуске задач.
> > >
> > > _______________________________________________
> > > hpc mailing list
> > > hpc at lists.mephi.ru
> > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
>
> --
> С уважением,
> инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
> к.ф.-м.н.,
> Аникеев Артем,
> e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
> тел. 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
>
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20230510/b17e6022/attachment.htm>