[mephi-hpc] openmp gfortran

[Philipp Korneev]

Спасибо, Артём, использую Ваш скрипт, но получаю теперь только
Hello from process:            0

Директория
/mnt/pool/5/phkorneev/ANRO/hello/

Вероятно, я что-то неправильно компилирую, потому что с C++ всё работает
(/mnt/pool/5/phkorneev/ANRO/hello_c).
Не могли бы Вы посмотреть?

Спасибо!
с уважением,
фк


Le ven. 18 nov. 2022 à 14:02, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru> a écrit :

> mpOn Fri, 2022-11-18 at 13:02 +0300, Philipp Korneev wrote:
> > Артём, спасибо за ответ,
> > мой скрипт task_hello выглядит так:
> > > #!/bin/bash
> > > #SBATCH --job-name=OMP_hello
> > > #SBATCH --output=slurm.out
> > > #SBATCH --error=slurm.err
> > > #SBATCH --nodes=1
> > > #SBATCH --ntasks-per-node=4
> > >  export OMP_NUM_THREADS=4
> > >  srun --mpi=pmi2 ./hello
> > >
> >
> > Скажите пожалуйста, в каком месте и каким образом можно по-другому
> > выполнить export OMP_NUM_THREADS=4 внутри скрипта task_hello?
> > Спасибо
> > С уважением,
> > фк
>
> В Вашем оригинальном письме не был указан путь до файла. В таком файле
> действительно расставляются переменные внутри. Для него не нужно
> выполнять export пред sbatch на управляющем узле.
>
> В этом скрипте другая проблема, котора тоже есть в руководстве. Утилита
> srun (mpirun, mpiexec) и переменные tasks... (--ntasks-per-node, etc.)
> нужны для MPI, не для OpenMP. Скрипт для задачи, использующей только
> OpenMP, должен быть таким:
>
> #!/bin/bash
> #SBATCH --job-name=OMP_hello
> #SBATCH --output=slurm.out
> #SBATCH --error=slurm.err
> #SBATCH --nodes=1
> #SBATCH --ntasks-per-node=1
> #SBATCH --cpus-per-task=4
> export OMP_NUM_THREADS=4
> ./hello
>
> Т.е. в оригинальном скрипте Вы запустили 4 экземпляра  ./a.out, но
> зарезервировали для каждого из них только по одному потоку.
>
> P.S. Если у Вас еще есть вопросы, укажите, пожалуйста, в какой
> диретории Вы работаете. Трудно давать советы по файлам, не видя их
> содержание.
>
> P.P.S Чтобы не случайно не задать разные значения в --cpus-per-task и
> OMP_NUM_THREAD можно использовать прием, предложенный в руководстве
> пользователя:
>
> ...
> #SBATCH --cpus-per-task=4
> export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
>
> Дедупликация всегда желательна - и для экономии врмемени, и для
> избежания ошибок.
>
> > Le ven. 18 nov. 2022 à 12:05, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru> a écrit :
> > > On Fri, 2022-11-18 at 11:55 +0300, Philipp Korneev wrote:
> > > > Добрый день, Артём, подскажите пожалуйста, что я делаю
> > > неправильно
> > > > (на cherenkov). Файлы внизу.
> > >
> > > Здравствуйте!
> > >
> > > > Хочу скомпилировать и запустить с OpenMP программу на фортране.
> > > > Делаю:
> > > > 1. $ export OMP_NUM_THREADS=4
> > > > 2. $ gfortran hello.f -o hello -fopenmp
> > > > 3. $ sbatch task_hello
> > > >
> > > > получаю
> > > >  Hello from process:            0
> > > >  Hello from process:            0
> > > >  Hello from process:            0
> > > >  Hello from process:            0
> > > >
> > > > хотя ожидал 0,1,2,3.
> > >
> > > Экземпляр интерпретатора командной строки bash, в котором Вы
> > > работаете
> > > на головном узле, и экземпляр bash, который Вы запускаете
> > > (#!/bin/bash)
> > > внутри скрипта task_hello на вычислительно узле - это разные
> > > процессы,
> > > у них разные переменные окруженися. Вам нужно выполнять export
> > > OMP_NUM_THREADS=4 внутри скрипта task_hello. Эта особенность
> > > описана в
> > > руководстве пользователя.
> > >
> > > > Спасибо большое!
> > > > с уважением,
> > > > фк
> > > > ___________________________________
> > > > Файл task_hello:
> > > > > #!/bin/bash
> > > > > #SBATCH --job-name=OMP_hello
> > > > > #SBATCH --output=slurm.out
> > > > > #SBATCH --error=slurm.err
> > > > > #SBATCH --nodes=1
> > > > > #SBATCH --ntasks-per-node=4
> > > > >
> > > > >
> > > > > export OMP_NUM_THREADS=4
> > > > > srun --mpi=pmi2 ./hello
> > > > >
> > > >
> > > >
> > > > Файл hello.f:
> > > > >       PROGRAM Parallel_Hello_World
> > > > >       USE OMP_LIB
> > > > >       !$OMP PARALLEL
> > > > >       PRINT *, 'Hello from process: ', OMP_GET_THREAD_NUM()
> > > > >       !$OMP END PARALLEL
> > > > >       END
> > > > >
> > > >
> > > >
> > > > _______________________________________________
> > > > hpc mailing list
> > > > hpc at lists.mephi.ru
> > > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > >
> > > _______________________________________________
> > > hpc mailing list
> > > hpc at lists.mephi.ru
> > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
>
> --
> С уважением,
> ведущий инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
> к.ф.-м.н. Аникеев Артем.
> email: aaanikeyev at mephi.ru, anikeev at ut.mephi.ru
>
> Best regards,
> MEPhI UNIX-technology department lead engineer,
> Artem Anikeev, Ph.D.
> e-mail: aaanikeyev at mephi.ru, anikeev at ut.mephi.ru
>
>
>
>
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20221118/af0f8418/attachment-0001.htm>