[mephi-hpc] Установка программ

[anikeev]

On Thu, 2018-11-15 at 14:29 +0300, anikeev wrote:
> On Tue, 2018-11-13 at 11:28 +0300, anikeev wrote:
> > On Mon, 2018-11-12 at 18:20 +0300, Мария Шутикова wrote:
> > > Здравствуйте!
> > 
> > Добрый день!
> 
> Здравствуйте!
> 
> > > Для моей научно-исследовательской деятельности стала необходима
> > > программа квантово-механических расчетов
> > > SIESTA. https://launchpad.net/siesta 
> > > Не могли бы Вы установить ее, если это возможно?
> > 
> > Данная программа отсутствует в репозиториях Debian и Gentoo. Её
> > нужно
> > собирать из исходного кода. Попробуйте пока собрать её
> > самостоятельно.
> > Я постараюсь посмотреть её при возможности.
> 
> Я подготовил версию Siesta. Для экономии оперативной памяти, она
> собрана с поддержкой OpenMP и без поддержки MPI (для использования
> любого числа ядер одной вычислительной ноды).
> 
> Программа расположена в директории:
> 
> /mnt/pool/4/anikeev/siesta-4.1-b4/
> 
> Тестовая задача расположена в директории:
> 
> /mnt/pool/4/anikeev/h2o
> 
> Для использования Вам нужно скопировать программу в свою директорию и
> исправить пути в скрипте запуска.
> 
> Обратите внимание, что для использования OpenMP не нужно пользоваться
> командой mpirun, но нужно задавать переменную окружения
> OMP_NUM_THREADS. Пример стартового скрипта:
> 
> anikeev at master.cherenkov /mnt/pool/4/anikeev/h2o $ cat start.sh 
> #!/bin/sh
> 
> #PBS -N ExampleJob
> #PBS -l nodes=1:ppn=32,walltime=4320:00:00
> 
> #print the time and date
> date
> 
> #run simulation
> cd /mnt/pool/4/anikeev/h2o
> OMP_NUM_THREADS=32 /mnt/pool/4/anikeev/siesta-4.1-b4/Obj/siesta <
> h2o.fdf > h2o.out
> 
> #print the time and date again
> date

P.S. Если Вам всё равно не будет хватать оперативной памяти, попробуйте
запрашивать в скрипте PBS весь узел целиком, но запускать программу не
на всех вычислительных ядрах. Например, так:

#!/bin/sh

#PBS -l nodes=1:ppn=32,walltime=4320:00:00

#print the time and date
date

#run simulation
cd /mnt/pool/4/anikeev/h2o
OMP_NUM_THREADS=8 /mnt/pool/4/anikeev/siesta-4.1-b4/Obj/siesta <
h2o.fdf | tee h2o.out

#print the time and date again
date

Допустимое количество ядер на ноде предстоит определить
экспериментальным путём.

> > > _______________________________________________
> > > hpc mailing list
> > > hpc at lists.mephi.ru
> > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998