[mephi-hpc] Установка программ

[anikeev]

On Tue, 2018-11-13 at 11:28 +0300, anikeev wrote:
> On Mon, 2018-11-12 at 18:20 +0300, Мария Шутикова wrote:
> > Здравствуйте!
> 
> Добрый день!

Здравствуйте!

> > Для моей научно-исследовательской деятельности стала необходима
> > программа квантово-механических расчетов
> > SIESTA. https://launchpad.net/siesta 
> > Не могли бы Вы установить ее, если это возможно?
> 
> Данная программа отсутствует в репозиториях Debian и Gentoo. Её нужно
> собирать из исходного кода. Попробуйте пока собрать её
> самостоятельно.
> Я постараюсь посмотреть её при возможности.

Я подготовил версию Siesta. Для экономии оперативной памяти, она
собрана с поддержкой OpenMP и без поддержки MPI (для использования
любого числа ядер одной вычислительной ноды).

Программа расположена в директории:

/mnt/pool/4/anikeev/siesta-4.1-b4/

Тестовая задача расположена в директории:

/mnt/pool/4/anikeev/h2o

Для использования Вам нужно скопировать программу в свою директорию и
исправить пути в скрипте запуска.

Обратите внимание, что для использования OpenMP не нужно пользоваться
командой mpirun, но нужно задавать переменную окружения
OMP_NUM_THREADS. Пример стартового скрипта:

anikeev at master.cherenkov /mnt/pool/4/anikeev/h2o $ cat start.sh 
#!/bin/sh

#PBS -N ExampleJob
#PBS -l nodes=1:ppn=32,walltime=4320:00:00

#print the time and date
date

#run simulation
cd /mnt/pool/4/anikeev/h2o
OMP_NUM_THREADS=32 /mnt/pool/4/anikeev/siesta-4.1-b4/Obj/siesta <
h2o.fdf > h2o.out

#print the time and date again
date

> > _______________________________________________
> > hpc mailing list
> > hpc at lists.mephi.ru
> > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998