[mephi-hpc] Ошибка записи в /pool

[anikeev]

On Tue, 2017-10-31 at 16:24 +0300, Dmitry Zhuk wrote:
> Запись шла в /pool/1/zr_roll16_1_33
> Запустить программу c cherenkov можно из этой же папки так:
> 
> source /mnt/pool/1/dimazhuk/DAMASK/DAMASK_env.sh
> /mnt/pool/1/dimazhuk/DAMASK/bin/DAMASK_spectral --geom fourh.geom --
> load rolling3x.load

Я обнаружил на /mnt/pool/1 некорректно обработанную блокировку файла.
Обычно такое происходит при некорректном завершении работы приложения,
либо при наличии ошибки в логике работы с блокировками фалов.

Я сбросил блокировки rpcbind вручную, сейчас всё должно работать.
Проверить не могу - в Вашем примере где-то сломаны пути:

dimazhuk at master.cherenkov ~ $
/mnt/pool/1/dimazhuk/DAMASK/bin/DAMASK_spectral --geom fourh.geom --
load rolling3x.load
...
 + could not open file:                                   +
 + /home/dimazhuk/fourh.geom                              +
...
dimazhuk at master.cherenkov ~ $ ls -lah /home/dimazhuk/fourh.geom
ls: cannot access /home/dimazhuk/fourh.geom: No such file or directory

Что касается самого сообщения об ошибке, на /mnt/pool/1 используется
как раз NFSv3. Опцию 'noac' использовать невозможно, поскольку она
приведёт к значительному падению производительности.

Напишите, пожалуйста, в случае повторения ошибки. Снять блокировку
вручную может только системный администратор.

> 2017-10-31 16:04 GMT+03:00 anikeev <anikeev at ut.mephi.ru>:
> > On Tue, 2017-10-31 at 15:36 +0300, Dmitry Zhuk wrote:
> > > Добрый день!
> > 
> > Здравствуйте!
> > 
> > > Перестала работать программа при записи в pool.
> > 
> > Подскажите, на какой из /pool/{1..4} шла запись и откуда
> > запускалась
> > программа? Что это за программа? Как запустить аналогичную задачу,
> > не
> > повредив Ваши данные?
> > 
> > > При попытке записи выдает
> > >
> > > File locking failed in ADIOI_Set_lock(fd 19,cmd F_SETLKW/7,type
> > > F_WRLCK/1,whence 0) with return value FFFFFFFF and errno 5.
> > > - If the file system is NFS, you need to use NFS version 3,
> > ensure
> > > that the lockd daemon is running on all the machines, and mount
> > the
> > > directory with the 'noac' option (no attribute caching).
> > > - If the file system is LUSTRE, ensure that the directory is
> > mounted
> > > with the 'flock' option.
> > > ADIOI_Set_lock:: Input/output error
> > > ADIOI_Set_lock:offset 0, length 8
> > >
> > > В /home все записывается нормально.
> > > _______________________________________________
> > > hpc mailing list
> > > hpc at lists.mephi.ru
> > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > --
> > С уважением,
> > инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
> > Аникеев Артём.
> > Тел.: 8
> > (495) 788-56-99, доб. 8998
> > _______________________________________________
> > hpc mailing list
> > hpc at lists.mephi.ru
> > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > 
> 
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998