[mephi-hpc] Quantum espresso parallel
Васильев Олег Станиславович
OSVasilyev at mephi.ru
Wed Aug 31 16:32:55 MSK 2016
Здравствуйте!
Проблемы с параллельным запуском задач Quantum Espresso, в частности программы pw.x . Установил пакет на osvasilyev at master.unicluster. Тестовые задачи на одном процессоре идут, но параллельно еще ни разу не отработало без ошибки, обычно это "segmentation fault". В FAQ Espresso пишут, что дело может быть в
- too much RAM memory or stack requested (see next item).
- if you are using highly optimized mathematical libraries, verify that they are designed for your hardware.
- If you are using aggressive optimization in compilation, verify that you are using the appropriate options for your machine
- The executable was not properly compiled, or was compiled on a different and incompatible environment.
- buggy compiler or libraries: this is the default explanation if you have problems with the provided tests and examples.
памяти я вряд ли много запрашиваю, а вот с библиотеками еще при конфигурировании возникали сложности, как с поиском и определением установленных, так и с использованием внутренних (QE).
Вот пример неработающей задачи:
#!/bin/sh
#
#PBS -l nodes=4:ppn=8,walltime=48:00:00
. ~/espresso-5.4.0/13
mpirun pw.x -np 8 <test.in >test.out
walltime, очередь, число узлов и ядер пробовал разные. Проблем в инпуте нет, т.к. на локальной машине (не параллельно) это работает.
Помогите пожалуйста разобраться, в чем причина и что я делаю не так.
С Уважением,
Олег С. Васильев
каф. №78 НИЯУ МИФИ
More information about the hpc
mailing list