[mephi-hpc] Thermo_PW
anikeev at ut.mephi.ru
anikeev at ut.mephi.ru
Thu Oct 10 16:36:18 MSK 2024
Павел Кулямин писал 2024-10-10 01:16:
> Добрый день!
Здравствуйте!
> Столкнулся с некоторыми сложностями
> при установке дополнительного модуля
> ThermoPW для QuantumEspresso на кластере tensor.
>
> Используемый мною порядок действий:
>
> 1) С официального сайта, скачал
> последнюю стабильную версию QE 7.3.1 -
> https://www.quantum-espresso.org/rdm-download/488/v7-3-1/7e1905f3d25a9ccef4ae109cb8f6dcce/qe-7.3.1-ReleasePack.tar.gz
>
> 2) C github дополнительного модуля ThermoPW
> скачал последнюю версию
> дополнительного модуля которая
> совместима с версией QE выше 7.2 -
> https://github.com/dalcorso/thermo_pw/releases/tag/2.0.0
Здесь ошибка. thermo_pw 2.0.0 совместим с QE-7.3 cтрого, даже минорные
версии менять нельзя. Эту информацию можно найти в документе
thermo_pw_help.md:
https://github.com/dalcorso/thermo_pw/blob/master/thermo_pw_help.md
Эта проблема обсуждалась в листе рассылки QE:
https://www.mail-archive.com/search?l=users@lists.quantum-espresso.org&q=subject:%22Re%5C%3A+%5C%5BQE%5C-users%5C%5D+error%22&o=newest&f=1
Будьте, однако, осторожны. Документ thermo_pw_help.md сам содержит
ошибки. Например, для сборки с использованием Autotools там пропущен
этап ./configure. В целом, проект thermo_pw производит не лучшее
впечатление по качеству кода и документации.
Итого, вот релизы, которые должны быть совместимы:
https://github.com/dalcorso/thermo_pw/archive/refs/tags/2.0.0.tar.gz
https://gitlab.com/QEF/q-e/-/archive/qe-7.3/q-e-qe-7.3.tar.gz
> 3) В личной папке разархивировал
> архивы с помощью команды - TAR - XZF ' ИМЯ
> ФАЙЛА'
>
> 4) Как написано в Readme.md - в папку с
> qe(папка из архива 1) перенес папку thermo_pw
> (из архива 2)
>
> 5) Перешел в перенесенную папку и
> выполнил следующую команду - MAKE JOIN_QE
>
> 6) Перешел в корневую папку qe и
> пробовал произвести установку
> следующими способами:
>
> 6.1) Последовательное выполнение
> следующих команд:
> SOURCE /OPT/FFTW-3.3.10/DOUBLE/CUSTOMVARS.SH
> SOURCE /OPT/OPENBLAS-0.3.23/CUSTOMVARS.SH
> ./CONFIGURE
> MAKE THERMO_PW
> Получил следующую ошибку:
> Error: Symbol ‘using_wg_d’ referenced at (1) not found in module
> ‘wvfct_gpum’
> make[2]: *** [../../make.inc:16: electrons_tpw.o] Error 1
> make[2]: Leaving directory
> '/mnt/pool/6/pakuliamin/qe-7.3.1/thermo_pw/qe'
> make[1]: *** [Makefile:18: thermo_qe] Error 1
> make[1]: Leaving directory '/mnt/pool/6/pakuliamin/qe-7.3.1/thermo_pw'
> make: *** [Makefile:88: thermo_pw] Error 1
Для сборки QE со специальными версиями FFTW и OpenBLAS недостаточно
корректно экспортировать переменные окружения. При вызове ./configure
без аргументов, система сборки отдаст предпочтение нестандартной и
устаревшей версии Intel PSXE 2018, использование которой не
рекомендуется и для использования которой при запуске нужны будут
переменные окружения из /opt/intel/parallel_studio_xe_2018/psxevars.sh.
К сожалению, система сборки Autotools находится не в лучшем состоянии
уже у апстримной версии QE. При сборке с SDK NVIDIA рекомендуется
использовать Autotools, при сборке с SDK GNU или Intel лучше
использовать cmake.
Для сборки QE с GNU SDK и Autotools требуется ручная правка make.inc
после выполнения ./configure.
https://www.quantum-espresso.org/Doc/user_guide/node11.html
> _6.2) Последовательное выполнение
> следующих команд:_
> _ MKDIR BUILD_
> _ CD BUILD_
> _ _CMAKE -DCMAKE_C_COMPILER=MPICC
> -DCMAKE_FORTRAN_COMPILER=MPIF90 -
> DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/MNT/POOL/6/PAKULIAMIN/QE-7.3.1/
> -DBLA_VENDOR=OPENBLAS -DQE_FFTW_VENDOR=FFTW3 ../
> Получил следующую ошибку:
> -- Configuring done
> CMake Error at cmake/qeHelpers.cmake:185 (add_library):
> Cannot find source file:
>
> lib/freecad.f90
> Call Stack (most recent call first):
> thermo_pw/CMakeLists.txt:43 (qe_add_library)
>
> CMake Error at cmake/qeHelpers.cmake:185 (add_library):
> Cannot find source file:
>
> qe/ch_psi_all_tpw.f90
> Call Stack (most recent call first):
> thermo_pw/CMakeLists.txt:350 (qe_add_library)
>
> CMake Error at cmake/qeHelpers.cmake:185 (add_library):
> No SOURCES given to target: qe_tpw_lib
> Call Stack (most recent call first):
> thermo_pw/CMakeLists.txt:43 (qe_add_library)
>
> CMake Error at cmake/qeHelpers.cmake:185 (add_library):
> No SOURCES given to target: qe_tpw_qe
> Call Stack (most recent call first):
> thermo_pw/CMakeLists.txt:350 (qe_add_library)
Файл freecad.f90 отсутствует в репозитории thermo_pw. Вероятно, система
сборки cmake для thermo_pw в данный момент находится в нерабочем
состоянии. По этому поводу можно обратиться к разработчикам thermo_pw.
Пример сборки апстримного QE-7.3.1 с последней версией Intel OneAPI
через cmake:
anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev$ tar -xvzf q-e-qe-7.3.1.tar.gz
anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev$ cd q-e-qe-7.3.1/external/
anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external$
./initialize_external_repos.sh
anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external$ cd mbd/
anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external/mbd$ git pull
anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external/mbd$ git
checkout 1c43285
anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/external/mbd$ cd ../../
anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1$ mkdir build
anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1$ cd build/
anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/build$ cmake
-DCMAKE_C_COMPILER=mpiicx -DCMAKE_Fortran_COMPILER=mpiifx
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/4/anikeev/qe -DQE_ENABLE_MPI=ON
-DQE_ENABLE_OPENMP=OFF -DBLA_VENDOR=Intel10_64lp_seq
-DQE_FFTW_VENDOR=Intel_DFTI -DQE_ENABLE_SCALAPACK=ON
-DCMAKE_C_FLAGS:STRING=-xCORE-AVX512
-DCMAKE_Fortran_FLAGS:STRING=-xCORE-AVX512 ../
anikeev at tensor:/mnt/pool/4/anikeev/q-e-qe-7.3.1/build$ make VERBOSE=1
> Подскажите, в чем может быть моя
> ошибка и как мне следует действовать
> чтобы установить дополнительный
> модуль ThermoPW?
>
> С уважением, Кулямин П.А.
>
> Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
>
> Кафедра № 67 "Физика конденсированных
> сред"
>
> Научный руководитель: Маслов М.М.
>
> Тел:8-905-582-00-63
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
--
С уважением,
ведущий инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
к.ф.-м.н.,
Аникеев Артем.
e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
More information about the hpc
mailing list