[mephi-hpc] Проблемы при компиляции QE на кластере basis

[anikeev at ut.mephi.ru]

Павел Кулямин писал 2023-11-17 22:14:
> Понял! Большое спасибо!
> 
> С уважением, Кулямин П.А.
> 
> Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
> 
> Группа А21-433
> 
> Кафедра № 67 "Физика конденсированных
> сред"
> 
> Научный руководитель: Маслов М.М.
> 
> Тел:8-905-582-00-63
> 
> чт, 16 нояб. 2023 г., 18:22 <anikeev at ut.mephi.ru>:
> 
>> Павел Кулямин писал 2023-11-15 22:58:
>>> Добрый день!
>> 
>> Здравствуйте!

Здравствуйте!

>>> При попытке установки Quantum Espresso на
>>> кластере basis возникает следующая
>>> ошибка:
>> 
>>> git clone https://gitlab.com/QEF/q-e.git
>>> cd q-e
>>> git checkout qe-7.2
>>> mkdir build
>>> cd build/
>>> source /opt/nvidia/hpc_sdk/nvvars.sh
>>> source /opt/nvidia/hpc_sdk/nv_mpi_vars.sh
>>> source /opt/fftw-3.3.10/double/customvars.sh
>>> cmake -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DCMAKE_Fortran_COMPILER=mpif90
>>> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/3/pakuliamin/qe_basis/q-e
>>> -DQE_ENABLE_CUDA=ON -DQE_ENABLE_MPI_GPU_AWARE=ON
>>> -DNVFORTRAN_CUDA_CC=80 -DNVFORTRAN_CUDA_VERSION=12.2
>>> -DQE_FFTW_VENDOR=FFTW3 -DFFTW3_ROOT=/opt/fftw-3.3.9/double/ ../
>>> make
>>> 
>>> Подскажите, с чем может быть связана
>>> такая ошибка? Возможно вы сможете,
>>> что-нибудь посоветовать?
>> 
>> Есть пару замечаний:
>> 
>> 1. В прикладных расчетах лучше
>> использовать стабильные релизы:
>> 
>> wget https://gitlab.com/QEF/q-e/-/archive/qe-7.2/q-e-qe-7.2.tar.gz
>> 
>> 2. У Вас опечатка в переменной FFTW3_ROOT:
>> 
>> cmake -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DCMAKE_Fortran_COMPILER=mpif90
>> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/3/pakuliamin/qe_basis/q-e
>> -DQE_ENABLE_CUDA=ON -DQE_ENABLE_MPI_GPU_AWARE=ON
>> -DNVFORTRAN_CUDA_CC=80
>> -DNVFORTRAN_CUDA_VERSION=12.2 -DQE_FFTW_VENDOR=FFTW3
>> -DFFTW3_ROOT=/opt/fftw-3.3.10/double/ ../
>> 
>> Но проблема не в этом. Ошибку вижу,
>> могу воспроизвести, она находится на
>> форуме EPW:
>> 
>> https://forum.epw-code.org/viewtopic.php?t=1871
>> 
>> Это внутренняя ошибка компилятора.
>> Попробую разобраться, в чем дело.

Похоже, проблема в скриптах сборки для cmake. Через старый ./configure 
работает:

cd /mnt/pool/5/anikeev/
tar -xvzf q-e-qe-7.2.tar.gz
cd q-e-qe-7.2/
source /opt/nvidia/hpc_sdk/nvvars.sh
source /opt/nvidia/hpc_sdk/nv_mpi_vars.sh
./configure --with-cuda=/opt/nvidia/hpc_sdk/Linux_x86_64/23.7/cuda/12.2/ 
--with-cuda-runtime=12.2 --with-cuda-cc=80 --with-cuda-mpi=yes 
--prefix=/mnt/pool/5/anikeev/qe
make all
make install

Обратите внимание, что по-умолчанию используется FFT из Intel OneAPI. 
Если Вас он устраивает, то в скрипте запуска задачи нужно будет 
подгрузить соответствующие переменные до переменных NVIDIA:

source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
source /opt/nvidia/hpc_sdk/nvvars.sh
source /opt/nvidia/hpc_sdk/nv_mpi_vars.sh

Если Вы хотите использовать именно библиотеку FFTW3, то попробуйте 
настроить старую систему сборки через ./configure

Прошу прощения за долгий ответ, большой поток задач.

>>> С уважением, Кулямин П.А.
>>> 
>>> Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
>>> 
>>> Кафедра № 67 "Физика
>> конденсированных
>>> сред"
>>> 
>>> Научный руководитель: Маслов М.М.
>>> 
>>> Тел:8-905-582-00-63
>>> _______________________________________________
>>> hpc mailing list
>>> hpc at lists.mephi.ru
>>> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
>> 
>> --
>> С уважением,
>> инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ
>> МИФИ,
>> к.ф.-м.н.,
>> Аникеев Артем.
>> e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
>> тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998

--
С уважением,
инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
к.ф.-м.н.,
Аникеев Артем.
e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998