[mephi-hpc] Hybrid MPI (MPI+OpenMP) srun

[anikeev at ut.mephi.ru]

Уважаемые пользователи!

Обнаружены проблемы при использовании утилиты mpirun.openmpi для задач с 
гибридным параллелизмом (MPI+OpenMP). Для таких задач рекомендуется 
использовать утилиту запуска srun с опцией --mpi pmix.

Пример запуска гибридной параллельной задачи:

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --ntasks-per-socket=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
srun --mpi pmix ./a.out

В руководство пользователя [1] внесены соответствующие коррективы.

[1] https://ut.mephi.ru/pdf/projects/hpc/userguide.pdf

При необходимости передать дополнительный параметры запуска библиотеке 
OpenMPI, можно воспользоваться переменными окружения с префиксом 
OMPI_MCA_

--
С уважением,
инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
к.ф.-м.н.,
Аникеев Артем.
e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998