[mephi-hpc] Проблемы при компиляции QE на кластере basis

[Павел Кулямин]

Добрый день!

Большое вам спасибо!

Прошу прощения за долгий ответ - болел.

С уважением, Кулямин П.А.
Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
Кафедра № 67 "Физика конденсированных сред"
Научный руководитель: Маслов М.М.
Тел:8-905-582-00-63


пт, 24 нояб. 2023 г. в 16:14, <anikeev at ut.mephi.ru>:

> Павел Кулямин писал 2023-11-17 22:14:
> > Понял! Большое спасибо!
> >
> > С уважением, Кулямин П.А.
> >
> > Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
> >
> > Группа А21-433
> >
> > Кафедра № 67 "Физика конденсированных
> > сред"
> >
> > Научный руководитель: Маслов М.М.
> >
> > Тел:8-905-582-00-63
> >
> > чт, 16 нояб. 2023 г., 18:22 <anikeev at ut.mephi.ru>:
> >
> >> Павел Кулямин писал 2023-11-15 22:58:
> >>> Добрый день!
> >>
> >> Здравствуйте!
>
> Здравствуйте!
>
> >>> При попытке установки Quantum Espresso на
> >>> кластере basis возникает следующая
> >>> ошибка:
> >>
> >>> git clone https://gitlab.com/QEF/q-e.git
> >>> cd q-e
> >>> git checkout qe-7.2
> >>> mkdir build
> >>> cd build/
> >>> source /opt/nvidia/hpc_sdk/nvvars.sh
> >>> source /opt/nvidia/hpc_sdk/nv_mpi_vars.sh
> >>> source /opt/fftw-3.3.10/double/customvars.sh
> >>> cmake -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DCMAKE_Fortran_COMPILER=mpif90
> >>> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/3/pakuliamin/qe_basis/q-e
> >>> -DQE_ENABLE_CUDA=ON -DQE_ENABLE_MPI_GPU_AWARE=ON
> >>> -DNVFORTRAN_CUDA_CC=80 -DNVFORTRAN_CUDA_VERSION=12.2
> >>> -DQE_FFTW_VENDOR=FFTW3 -DFFTW3_ROOT=/opt/fftw-3.3.9/double/ ../
> >>> make
> >>>
> >>> Подскажите, с чем может быть связана
> >>> такая ошибка? Возможно вы сможете,
> >>> что-нибудь посоветовать?
> >>
> >> Есть пару замечаний:
> >>
> >> 1. В прикладных расчетах лучше
> >> использовать стабильные релизы:
> >>
> >> wget https://gitlab.com/QEF/q-e/-/archive/qe-7.2/q-e-qe-7.2.tar.gz
> >>
> >> 2. У Вас опечатка в переменной FFTW3_ROOT:
> >>
> >> cmake -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DCMAKE_Fortran_COMPILER=mpif90
> >> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/pool/3/pakuliamin/qe_basis/q-e
> >> -DQE_ENABLE_CUDA=ON -DQE_ENABLE_MPI_GPU_AWARE=ON
> >> -DNVFORTRAN_CUDA_CC=80
> >> -DNVFORTRAN_CUDA_VERSION=12.2 -DQE_FFTW_VENDOR=FFTW3
> >> -DFFTW3_ROOT=/opt/fftw-3.3.10/double/ ../
> >>
> >> Но проблема не в этом. Ошибку вижу,
> >> могу воспроизвести, она находится на
> >> форуме EPW:
> >>
> >> https://forum.epw-code.org/viewtopic.php?t=1871
> >>
> >> Это внутренняя ошибка компилятора.
> >> Попробую разобраться, в чем дело.
>
> Похоже, проблема в скриптах сборки для cmake. Через старый ./configure
> работает:
>
> cd /mnt/pool/5/anikeev/
> tar -xvzf q-e-qe-7.2.tar.gz
> cd q-e-qe-7.2/
> source /opt/nvidia/hpc_sdk/nvvars.sh
> source /opt/nvidia/hpc_sdk/nv_mpi_vars.sh
> ./configure --with-cuda=/opt/nvidia/hpc_sdk/Linux_x86_64/23.7/cuda/12.2/
> --with-cuda-runtime=12.2 --with-cuda-cc=80 --with-cuda-mpi=yes
> --prefix=/mnt/pool/5/anikeev/qe
> make all
> make install
>
> Обратите внимание, что по-умолчанию используется FFT из Intel OneAPI.
> Если Вас он устраивает, то в скрипте запуска задачи нужно будет
> подгрузить соответствующие переменные до переменных NVIDIA:
>
> source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
> source /opt/nvidia/hpc_sdk/nvvars.sh
> source /opt/nvidia/hpc_sdk/nv_mpi_vars.sh
>
> Если Вы хотите использовать именно библиотеку FFTW3, то попробуйте
> настроить старую систему сборки через ./configure
>
> Прошу прощения за долгий ответ, большой поток задач.
>
> >>> С уважением, Кулямин П.А.
> >>>
> >>> Аспирант 3 курса НИЯУ МИФИ
> >>>
> >>> Кафедра № 67 "Физика
> >> конденсированных
> >>> сред"
> >>>
> >>> Научный руководитель: Маслов М.М.
> >>>
> >>> Тел:8-905-582-00-63
> >>> _______________________________________________
> >>> hpc mailing list
> >>> hpc at lists.mephi.ru
> >>> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> >>
> >> --
> >> С уважением,
> >> инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ
> >> МИФИ,
> >> к.ф.-м.н.,
> >> Аникеев Артем.
> >> e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
> >> тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
>
> --
> С уважением,
> инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
> к.ф.-м.н.,
> Аникеев Артем.
> e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
> тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
>
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20231205/eae434d2/attachment.htm>