[mephi-hpc] LAMMPS Intel MPI Tensor

[Углов Владимир Васильевич]

Здравствуйте!

Попробуйте запустить sh скрипт с:
export I_MPI_PMI_LIBRARY=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpmi.so
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
srun --mpi=pmi2 Программа -in ВходнойСкрипт

Причина: mpirun с Intel MPI может некорректно распределять потоки между выделенными узлами, рекомендуется использовать srun со соответствующим флагом --mpi=pmi2, а также делать экспорт libmpi библиотеки.



С уважением, Игорь Сафронов, Владимир В Углов
_______________________________________
От: hpc <hpc-bounces at lists.mephi.ru> от имени hpc-request at lists.mephi.ru <hpc-request at lists.mephi.ru>
Отправлено: 13 сентября 2021 г. 12:00
Кому: hpc at lists.mephi.ru
Тема: hpc Digest, Vol 87, Issue 7

Send hpc mailing list submissions to
        hpc at lists.mephi.ru

To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit
        https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
or, via email, send a message with subject or body 'help' to
        hpc-request at lists.mephi.ru

You can reach the person managing the list at
        hpc-owner at lists.mephi.ru

When replying, please edit your Subject line so it is more specific
than "Re: Contents of hpc digest..."


Today's Topics:

   1. LAMMPS Intel MPI Tensor
      (Жариков Евгений Сергеевич)


----------------------------------------------------------------------

Message: 1
Date: Mon, 13 Sep 2021 08:40:25 +0000
From: Жариков Евгений Сергеевич
        <ESZharikov at mephi.ru>
To: "hpc at lists.ut.mephi.ru" <hpc at lists.ut.mephi.ru>
Subject: [mephi-hpc] LAMMPS Intel MPI Tensor
Message-ID: <CBDF8F0B-9D49-445B-9839-033755C71537 at mephi.ru>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Добрый день!

Возникла небольшая проблема с LAMMPS после недавнего обновления на кластере Tensor.

Потоки при выполнении расчетов LAMMPS, собранном с помощью Intel one API и Intel MPI, версия от 30Jul202, стали некорректно распределяться по ядрам, скорее всего выполнение идет только на одном ядре.

Пока проблема выявилась только на LAMMPS, пересборка LAMMPS не помогла.

LAMMPS, собранный при помощи GCC и OpenMPI, работает корректно.

В чем может быть проблема? Спасибо!


С уважением,
Евгений Жариков

-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20210913/10b50172/attachment-0001.html>

------------------------------

Subject: Digest Footer

_______________________________________________
hpc mailing list
hpc at lists.mephi.ru
https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc


------------------------------

End of hpc Digest, Vol 87, Issue 7
**********************************