[mephi-hpc] LAMMPS на Basis

[anikeev]

Уважаемые пользователи!

Вашему вниманию предлагаются примеры использования пакета молекулярной
динамики LAMMPS на кластере Basis с использованием GPU-ускорителей.

1) С использованием NVIDIA HPC SDK.

source /opt/nvidia/hpc_sdk/nvvars.sh
source /opt/nvidia/hpc_sdk/nv_mpi_vars.sh
cd /mnt/pool/5/<ИМЯ_ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ>/
tar -xvzf lammps.tar.gz
mkdir lammps-27May2021/build
cd lammps-27May2021/build
cmake -D PKG_KOKKOS=yes -D Kokkos_ARCH_ZEN2=yes -D
Kokkos_ARCH_AMPERE80=yes -D Kokkos_ENABLE_CUDA=yes -D
Kokkos_ENABLE_OPENMP=yes -D
CMAKE_CXX_COMPILER=/mnt/pool/5/<ИМЯ_ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ>/lammps-
27May2021/lib/kokkos/bin/nvcc_wrapper -
DCUDAToolkit_ROOT=/opt/nvidia/hpc_sdk/Linux_x86_64/21.5/cuda/ ../cmake/
cmake --build .

Скрипт запуска:

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --time=1:00:00

source /opt/nvidia/hpc_sdk/nvvars.sh
source /opt/nvidia/hpc_sdk/nv_mpi_vars.sh
mpirun --mca self,smcuda /mnt/pool/5/<ИМЯ_ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ>/lammps-
27May2021/build/lmp -k on g 1 -sf kk -in in.lj

2) Со штатными версиями OpenMPI и CUDA из состава дистрибутива Debian.

cd /mnt/pool/5/<ИМЯ_ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ>/
tar -xvzf lammps.tar.gz
mkdir lammps-27May2021/build
cd lammps-27May2021/build
cmake -D PKG_KOKKOS=yes -D Kokkos_ARCH_ZEN2=yes -D
Kokkos_ARCH_AMPERE80=yes -D Kokkos_ENABLE_CUDA=yes -D Kokkos_
ENABLE_OPENMP=yes -D
CMAKE_CXX_COMPILER=/mnt/pool/5/<ИМЯ_ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ>/lammps-
27May2021/lib/kokkos/bin/nvcc_wrapper ../cmake/
cmake --build .

Скрипт запуска:

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --time=1:00:00

mpirun /mnt/pool/5/<ИМЯ_ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ>/lammps-27May2021/build/lmp -k on
g 1 -sf kk -in in.lj

Сборка для GPU-узла кластер Tensor аналогична, кроме указания
архитектур:

Kokkos_ARCH_ZEN2=yes нужно заменить на Kokkos_ARCH_SKX=yes
Kokkos_ARCH_AMPERE80=yes нужно заменить на Kokkos_ARCH_VOLTA70=yes

При запуске c использованием штатного OpenMPI настоятельно
рекомендуется использовать не более одной видеокарты на задачу.

--
С уважением,
инженер отдела UNIX-технологий НИЯУ МИФИ,
к.ф.-м.н.,
Аникеев Артем.
e-mail: anikeev at ut.mephi.ru
тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998