[mephi-hpc] Переустановка ПО

[anikeev]

On Mon, 2019-09-02 at 15:59 +0300, sms013 at campus.mephi.ru wrote:

Добрый день!

> Но согласно мануалу по gromacs, если бы gromacs был установлен с 
> поддержкой mpi он бы запускался командой gmx_mpi. А у нас пишет
> gmx_mpi: 
> command not found. Запускается только команда gmx, которая не 
> поддерживает mpi. И второе. Если бы gromacs был установлен с
> поддержкой 
> mpi то вывод команды gmx -version (вернее gmx_mpi -version) был бы
> вот 
> таким как на скриншоте во вложении

В разных дистрибутивах названия исполняемых файлов могу отличаться.
Лучше всего проверять имена файлов через пакетный менеджер.

anikeev at master.unicluster ~ $ equery files gromacs | less
...
/usr/bin/mdrun_mpi
...
anikeev at master.unicluster ~ $ ldd /usr/bin/mdrun_mpi
...
        libmpi.so.1 => /usr/bin/../lib64/libmpi.so.1
(0x00007f58ae6bd000)

anikeev at master.basov ~ $ ldd /usr/bin/mdrun_mpi
...
        libmpi.so.1 => /usr/bin/../lib64/libmpi.so.1
(0x00007fcf80f9d000)

anikeev at master.cherenkov ~ $ dpkg -L gromacs-mpich
...
/usr/bin/mdrun_mpi.mpich
/usr/bin/mdrun_mpi_d.mpich
...
anikeev at master.cherenkov ~ $ ldd /usr/bin/mdrun_mpi.mpich
        libmpich.so.12 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.so.12
(0x00007f12fb15c000)
...
anikeev at master.cherenkov ~ $ dpkg -L gromacs-openmpi
...
/usr/bin/mdrun_mpi.openmpi
/usr/bin/mdrun_mpi_d.openmpi
...
anikeev at master.cherenkov ~ $ ldd /usr/bin/mdrun_mpi.openmpi
        libmpi.so.40 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi.so.40
(0x00007f8b2f547000)

> С уважением,
> Шестопалова Милена
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998