[mephi-hpc] Прерывание задачи на 8 узлах

[anikeev]

On Mon, 2019-07-08 at 17:59 +0300, anikeev wrote:
> On Wed, 2019-07-03 at 16:33 +0300, Анастасия Шошина wrote:
> > Добрый день.
> 
> Здравствуйте!
> 
> > Простите за беспокойство
> > 
> > Хотела бы узнать, почему процесс завершается автоматически при
> > запуске задачи на Черенкове. Как этого можно избежать?
> 
> Задача 222204 - старая (более недели), для неё не сохранилось log-
> файлов Torque, поэтому точный ответ я Вам дать не могу.
> 
> Есть только один вид автоматического контроля пользовательских задач,
> использующий SIGTERM - это контроль коэффициента использования
> ресурсов. Задача автоматически останавливается из под аккаунта
> администратора в том случае, если она использует менее 10% от
> затребованного числа ядер и работает более часа. Только что
> запущенные
> задачи (менее часа) имеют иммунитет для чтения входных файлов.
> 
> Примеры случаев, когда может сработать защита:
> 
> 1) Допустим, задача при запуске в 1 поток расходует 10 часов. Задача,
> запущенная на 2 потока расходует 5 часов на расчет и 1 час на
> синхронизации данных. Всего - 6 часов. КПД = 83%. Задача, запущенная
> на
> 10 потоков расходует 1 час на расчет и 1 час на синхронизации данных.
> Всего - 2 часа. КПД = 50%. Если у задачи КПД упал ниже 10% - она
> будет
> принудительно остановлена. В данном случае нужно выбирать другой
> алгоритм для параллелизма и оптимизировать передачу данных.
> 
> 2) Допустим, задача при запуске в 1 поток расходует 10 часов. Задача,
> запущенная на 2 потока расходует 4 часа на параллельный участок
> алгоритма и 2 часа на последовательный участок алгоритма. Всего - 6
> часов. КПД = 83%. Задача, запущенная на 8 потоков расходует 1 час на
> параллельный участок алгоритма и 2 часа на последовательный участок
> алгоритма. Всего - 3 часа. КПД = 42%. Если у задачи КПД упал ниже 10%
> -
> она будет принудительно остановлена. В данном случае нужно переписать
> последовательный участок алгоритма на параллельный. На малом числе
> ядер
>  он занимал пренебрежимо малое время, но на большом числе ядер это не
> так.
> 
> 3) В опции mpirun или алгоритм программы закралась ошибка и она
> использует не все запрошенные ядра.
> 
> 4) Задача читает входные файлы последовательно (используя 1 поток)
> более часа.
> 
> Попробуйте построить кривую времени выполнения от числа потоков.
> Проверьте по логам программы, все ли ядра она использует. Последите
> за
> выводом программы в зависимости от времени - на каком участке
> алгоритма
> она останавливается? Для отладки модно использовать параметр
> компилятора -O0 -ggdb3, отладчик gdb, профилировщик perf.

моДно -> моЖно. Опечатка.

> > Спасибо за ответ.
> 
> Прошу прощения за задержку с ответом. Я болел.
> 
> > С уважением,
> > Шошина А.В.
> > _______________________________________________
> > hpc mailing list
> > hpc at lists.mephi.ru
> > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998