Здравствуйте. Не могли бы вы переустановить gromacs, используя openmpi. Gromacs который установлен сейчас не позволяет использовать больше 1 узла. Т.е. сейчас стоит версия для одного компьютера, а не для кластера. Для кластера нужно компилировать используя переменную cmake -DGMX_MPI=on С уважением, Шестопалова Милена