[mephi-hpc] Фэйлится билд ROOT CERN

anikeev anikeev at ut.mephi.ru
Tue Apr 2 15:57:53 MSK 2019 

On Tue, 2019-04-02 at 08:19 +0300, Владислав Метель wrote:
> Доброе утро, пересобрал проект и поправил пути (Вы правы, в них была
> ошибка), сейчас билд, make и запуск завершается без ошибок, однако
> изображения являющееся результатом работы программы не создаются.

Здравствуйте!

> Если потребуется запуск приложения для отладки: для запуска можно
> использовать ./Start_script.sh Test short в директории проекта.

К сожалению, Ваше приложение не обрабатывает коды возврата системных
функций и не выводит никакую отладочную информацию. В таком случае
приложение можно отлаживать по системным вызовам при помощи утилиты
strace или непосредственно отладчиком с использованием gdb (для этого
нужно пересобрать приложение с флагами компилятора -O0 -ggdb3).

Я запустил Ваше приложение со starce:

metelv at master.unicluster /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction $
strace -o log_by_anikeev
./Products/by_CMake/Takagi_Taupin_Solver/Takagi_Taupin_Solver
./Products/by_CMake/Takagi_Taupin_Solver/InputFile

Вывод системных вызовов в файле:
/mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/log_by_anikeev

Там много ошибок. В первую очередь я бы обратил внимание на ошибки вида
:

lstat("/mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ASImage", 0x7fff4ad34e70)
= -1 ENOENT (No such file or directory)
access("/mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/./ASImage", R_OK) = -1
ENOENT (No such file or directory)
access("/mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/lib/ASImage",
R_OK) = -1 ENOENT (No such file or directory)
...

И вот такое завершение:

access("Ver7_Test_2d_image.png", F_OK)  = -1 ENOENT (No such file or
directory)
open("./Products/by_CMake/Takagi_Taupin_Solver/InputFile_output",
O_WRONLY|O_CREAT|O_TRUNC, 0666) = 5

Похоже, приложение не смогло найти какие-то библиотеки, связанные с
графикой. Ещё одна странность: к файлу InputFile_output указан полный
путь, а к Ver7_Test_2d_image.png - относительный, которой вызывает
какую-то ошибку.

> Большое вам спасибо за помощь и ответы, я очень Вам благодарен!
> С уважением, Владислав Метель.
> 
> пн, 1 апр. 2019 г. в 19:32, Владислав Метель <metel.vlad at gmail.com>:
> > Вы пробовали сейчас перезапустить? 
> > Если да, то сейчас я пытался перебрать root с другими флагами,
> > поэтому он не нашёл файлы.
> > Сейчас приготовлю сборку к той версии, где ошибка воспроизводится.
> > 
> > С уважением, Владислав Метель.
> > 
> > 
> > 
> > пн, 1 апр. 2019 г. в 19:18, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru>:
> > > On Mon, 2019-04-01 at 17:03 +0300, Владислав Метель wrote:
> > > > Здравствуйте, добавил во внутренний скрипт запуска такую
> > > строку,
> > > > ошибка не меняется.
> > > > Файл запуска:
> > > > LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/8.2.0/
> > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_T
> > > aupi
> > > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver InputFile
> > > > 
> > > > Задача запускается через:
> > > > qsub -q ${JOB_TYPE} ${PROJECT_DIR}/Internal.sh
> > > 
> > > Здесь какая-то ошибка с путями:
> > > 
> > > Distribution_Calculator  Input_and_Output               Internal.
> > > sh.o11
> > > 8300  Results     Takagi_Taupin_Solver       gtest.framework
> > > metelv at master.unicluster /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction $
> > > cat
> > > Internal.sh.e118300 
> > > /var/spool/torque/mom_priv/jobs/118300.master.unicluster.campus.m
> > > ephi.r
> > > u.SC: line 2:
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_T
> > > aupin_
> > > Solver/Takagi_Taupin_Solver: No such file or directory
> > > 
> > > > Всё ещё не находит библиотеки.
> > > > 
> > > > С уважением, Владислав Метель.
> > > > 
> > > > пн, 1 апр. 2019 г. в 15:48, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru>:
> > > > > On Sun, 2019-03-31 at 10:33 +0300, Владислав Метель wrote:
> > > > > 
> > > > > Добрый день!
> > > > > 
> > > > > > Здравствуйте, большой спасибо, скомпилировал без pythia
> > > успешно,
> > > > > > теперь make и build завершается без ошибок, однако в
> > > процессе
> > > > > > выполнения появляется ошибка:
> > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_T
> > > au
> > > > > pi
> > > > > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-
> > > linux-
> > > > > > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found
> > > > > (required
> > > > > > by
> > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_T
> > > au
> > > > > pi
> > > > > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver)
> > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_T
> > > au
> > > > > pi
> > > > > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-
> > > linux-
> > > > > > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not
> > > found
> > > > > > (required by
> > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_T
> > > au
> > > > > pi
> > > > > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver)
> > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_T
> > > au
> > > > > pi
> > > > > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-
> > > linux-
> > > > > > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not
> > > found
> > > > > > (required by
> > > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/lib/libCore.so)
> > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_T
> > > au
> > > > > pi
> > > > > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-
> > > linux-
> > > > > > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found
> > > > > (required
> > > > > > by
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/lib/libCore.so)
> > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_T
> > > au
> > > > > pi
> > > > > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-
> > > linux-
> > > > > > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not
> > > found
> > > > > > (required by
> > > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/lib/libCore.so)
> > > > > > 
> > > > > > Вероятно я где-то не передаю путь к корректному gnu, хотя
> > > при
> > > > > сборки
> > > > > > cmake я указал -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-8.2.0
> > > > > -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-
> > > > > > 8.2.0 , возможно Вы знаете какой параметр требуется
> > > дополнительно
> > > > > > задать?
> > > > > 
> > > > > Попробуйте при запуске принудительно указать путь до
> > > стандартной
> > > > > библиотеки версии 8.2.0 вместо 4.8.2, используемой по
> > > умолчанию:
> > > > > 
> > > > > LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/8.2.0/
> > > root.exe
> > > > > 
> > > > > > С уважением, Владислав Метель.
> > > > > > 
> > > > > > пт, 29 мар. 2019 г. в 11:43, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru>:
> > > > > > > On Thu, 2019-03-28 at 18:10 +0300, anikeev wrote:
> > > > > > > > On Thu, 2019-03-28 at 07:53 +0300, Владислав Метель
> > > wrote:
> > > > > > > > Приветствую!
> > > > > > > 
> > > > > > > Добрый день!
> > > > > > > 
> > > > > > > Обе версии собрались.
> > > > > > > 
> > > > > > > > Собираю последний релиз ROOT с поддержкой Pythia 6.4.28
> > > > > здесь:
> > > > > > > > 
> > > > > > > > /mnt/pool/1/anikeev/root_release/build_no_pythia/
> > > > > > > 
> > > > > > > Это релиз 6.16 собранный так:
> > > > > > > 
> > > > > > > cmake ../root-6.16.00/ -Dx11=OFF -Dxft=OFF
> > > > > -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-
> > > > > > > 8.2.0 
> > > > > > > -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-8.2.0 -Dpythia8=OFF
> > > > > > > 
> > > > > > > > и с поддержкой Pythia 8.2.40 здесь:
> > > > > > > > 
> > > > > > > > /mnt/pool/1/anikeev/root_release/build/
> > > > > > > 
> > > > > > > Это релиз с Pythia 8.2.40, собранной так:
> > > > > > > 
> > > > > > > ./configure --enable-shared --cxx=g++-8.2.0
> > > > > > > 
> > > > > > > Сам ROOT собран так:
> > > > > > > 
> > > > > > > cmake ../root-6.16.00/ -Dx11=OFF -Dxft=OFF
> > > > > -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-
> > > > > > > 8.2.0 
> > > > > > > -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-8.2.0
> > > > > > >
> > > > >
> > > -DPYTHIA8_INCLUDE_DIR:PATH=/mnt/pool/1/anikeev/root_release/pythi
> > > a8
> > > > > > > 240/
> > > > > > > include/
> > > > > > >
> > > > >
> > > -DPYTHIA8_LIBRARY:FILEPATH=/mnt/pool/1/anikeev/root_release/pythi
> > > a8
> > > > > > > 240/
> > > > > > > lib/libpythia8.so -DPYTHIA8_hepmcinterface_LIBRARY-
> > > > > > > ADVANCED:INTERNAL=0
> > > > > > > -DPYTHIA8_lhapdfdummy_LIBRARY-ADVANCED:INTERNAL=0
> > > > > > > 
> > > > > > > Вы можете скопировать и пользоваться или пересобрать
> > > > > > > самостоятельно.
> > > > > > > Версия c GitHub не собирается даже на референтной системе
> > > > > сборки
> > > > > > > (посмотрите результаы тестов CI).
> > > > > > > 
> > > > > > > > Сегодня не успеет собраться.
> > > > > > > > 
> > > > > > > > > Здравствуйте, обновил билд-скрипт в соответствии
> > > вашему
> > > > > ответу,
> > > > > > > > > теперь не собирается в другом месте:
> > > > > > > > > [ 97%] Linking CXX shared library
> > > ../../lib/libEGPythia8.so
> > > > > > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In
> > > function
> > > > > > > > > `TPythia8::TPythia8()':
> > > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/root/montecarlo/pythia8/sr
> > > c/
> > > > > > > > > TP
> > > > > > > > > ythia8.cxx:102: undefined reference to
> > > > > > > > >
> > > `Pythia8::Pythia::Pythia(std::__cxx11::basic_string<char,
> > > > > > > > > std::char_traits<char>, std::allocator<char> >,
> > > bool)'
> > > > > > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In
> > > function
> > > > > > > > > `TPythia8::TPythia8(char const*)':
> > > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/root/montecarlo/pythia8/sr
> > > c/
> > > > > > > > > TP
> > > > > > > > > ythia8.cxx:119: undefined reference to
> > > > > > > > >
> > > `Pythia8::Pythia::Pythia(std::__cxx11::basic_string<char,
> > > > > > > > > std::char_traits<char>, std::allocator<char> >,
> > > bool)'
> > > > > > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In
> > > function
> > > > > > > > > `TPythia8::ReadString(char const*) const':
> > > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/root/montecarlo/pythia8/sr
> > > c/
> > > > > > > > > TP
> > > > > > > > > ythia8.cxx:301: undefined reference to
> > > > > > > > >
> > > > > `Pythia8::Pythia::readString(std::__cxx11::basic_string<char,
> > > > > > > > > std::char_traits<char>, std::allocator<char> >,
> > > bool)'
> > > > > > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In
> > > function
> > > > > > > > > `TPythia8::ReadConfigFile(char const*) const':
> > > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/root/montecarlo/pythia8/sr
> > > c/
> > > > > > > > > TP
> > > > > > > > > ythia8.cxx:309: undefined reference to
> > > > > > > > >
> > > `Pythia8::Pythia::readFile(std::__cxx11::basic_string<char,
> > > > > > > > > std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, bool,
> > > int)'
> > > > > > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In
> > > function
> > > > > > > > > `Pythia8::Settings::listAll(std::ostream&)':
> > > > > > > > > 
> > > > > > > > > Обновленный билд-скрипт:
> > > > > > > > > mkdir ROOT_build
> > > > > > > > > cd ROOT_build/
> > > > > > > > > cmake ${PROJECT_DIR}/root -Dx11=OFF -Dxft=OFF
> > > > > > > > > -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-
> > > > > > > > > 8.2.0 -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-8.2.0
> > > > > > > > > cmake --build . -- -j1;;
> > > > > > > > > 
> > > > > > > > > С уважением, Владислав Метель.
> > > > > > > > > 
> > > > > > > > > ср, 27 мар. 2019 г. в 11:31, anikeev <anikeev at ut.meph
> > > i.ru>:
> > > > > > > > > > On Tue, 2019-03-26 at 17:56 +0300, Владислав Метель
> > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > К сожалению, при сборке на черенков выдается
> > > ошибка не
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > соответсвия
> > > > > > > > > > > верcии cmake (нужна была 3.4,  а установленна
> > > 3.0)
> > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > Буду очень благодарен, если обновите компиляторы,
> > > > > большое
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > спасибо!
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > Поставил gcc-8.2.0/g++-8.2.0 на unicluster и gcc-
> > > > > 8.3.0/g++-
> > > > > > > 8.3.0
> > > > > > > > > > на
> > > > > > > > > > basov. Обратите внимание, что они установлены не по
> > > > > умолчанию
> > > > > > > -
> > > > > > > > > > их
> > > > > > > > > > нужно однозначно указать для cmake.
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > Большое обновление для всех кластеров планируется
> > > после
> > > > > > > выхода
> > > > > > > > > > Debian
> > > > > > > > > > 10 (ожидается летом).
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > С уважением, Владислав Метель.
> > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > вт, 26 мар. 2019 г. в 17:26, anikeev <anikeev at ut.
> > > mephi.
> > > > > ru>:
> > > > > > > > > > > > On Tue, 2019-03-26 at 15:59 +0300, Владислав
> > > Метель
> > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > > > Собираю с помощью cmake на unicluster , все
> > > опции
> > > > > при
> > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > конфигурации
> > > > > > > > > > > > > оставляю дефолтными кроме dx11 и dxft
> > > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > > > Собираю вот такой последовательность команд:
> > > > > > > > > > > > > mkdir ROOT_build
> > > > > > > > > > > > > cd ROOT_build/
> > > > > > > > > > > > > cmake ${PROJECT_DIR}/root -Dx11=OFF -Dxft=OFF
> > > > > > > > > > > > > cmake --build . -- -j1;;
> > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > > Вам нужна более новая версия компилятора. На
> > > > > cherenkov
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > компиляторы
> > > > > > > > > > > > подходят. На unicluster и basov я сейчас ставлю
> > > новые
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > компиляторы.
> > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > > > С уважением, Владислав Метель.
> > > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > > > вт, 26 мар. 2019 г. в 15:15, anikeev <anikeev
> > > @ut.me
> > > > > phi.
> > > > > > > ru>:
> > > > > > > > > > > > > > On Tue, 2019-03-26 at 15:09 +0300,
> > > Владислав
> > > > > Метель
> > > > > > > > > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > Коллеги, добрый день.
> > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > > > > Здравствуйте!
> > > > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > > > > >  При сборке ROOT из исходников с
> > > гитхаба сборка
> > > > > > > фэйлит
> > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > на Building
> > > > > > > > > > > > > > > CXX object
> > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > math/vecops/CMakeFiles/ROOTVecOps.dir/G__ROOTVecOps.cxx.o
> > > > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > > > > Подскажите, на каком кластере происходит
> > > сборка?
> > > > > > > Какой
> > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > используется
> > > > > > > > > > > > > > компилятор? Какие используются опции
> > > configure?
> > > > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > > > > > Может быть кто-то сталкивался с подобной
> > > > > проблемой
> > > > > > > и
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > знает
> > > > > > > > > > > > как её
> > > > > > > > > > > > > > > решить?
> > > > > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > > > > > Часть текста ошибки:
> > > > > > > > > > > > > > > In file included from
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/math/vecops/G__
> > > > > > > > > > RO
> > > > > > > > > > > > > > OT
> > > > > > > > > > > > > > > VecOps.cxx:41:0:
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/include/ROOT/RV
> > > > > > > > > > ec
> > > > > > > > > > > > > > .h
> > > > > > > > > > > > > > > xx:1029:311: error: ambiguous template
> > > > > > > specialization
> > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > ‘fdim<>’
> > > > > > > > > > > > > > for
> > > > > > > > > > > > > > > ‘ROOT::VecOps::RVec<double>
> > > > > > > ROOT::VecOps::fdim(const
> > > > > > > > > > > > > > > ROOT::VecOps::RVec<double>&, const
> > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > ROOT::VecOps::RVec<double>&)’
> > > > > > > > > > > > > > >  TVEC_EXTERN_STD_FUNCTIONS(double)
> > > > > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > > > > > С уважением, Владислав Метель. 
> > > > > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > _______________________________________________
> > > > > > > > > > > > > > > hpc mailing list
> > > > > > > > > > > > > > > hpc at lists.mephi.ru
> > > > > > > > > > > > > > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > >
> > > _______________________________________________
> > > > > > > > > > > > > > hpc mailing list
> > > > > > > > > > > > > > hpc at lists.mephi.ru
> > > > > > > > > > > > > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > > > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > _______________________________________________
> > > > > > > > > > > > hpc mailing list
> > > > > > > > > > > > hpc at lists.mephi.ru
> > > > > > > > > > > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > > > > > > > > > > >  
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > _______________________________________________
> > > > > > > > > > hpc mailing list
> > > > > > > > > > hpc at lists.mephi.ru
> > > > > > > > > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > _______________________________________________
> > > > > > > hpc mailing list
> > > > > > > hpc at lists.mephi.ru
> > > > > > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > > > > > > 
> > > > > _______________________________________________
> > > > > hpc mailing list
> > > > > hpc at lists.mephi.ru
> > > > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > > > > 
> > > _______________________________________________
> > > hpc mailing list
> > > hpc at lists.mephi.ru
> > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > > 
-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998

More information about the hpc mailing list