[mephi-hpc] Фэйлится билд ROOT CERN

Владислав Метель metel.vlad at gmail.com
Mon Apr 1 17:03:51 MSK 2019 

Здравствуйте, добавил во внутренний скрипт запуска такую строку, ошибка не
меняется.
Файл запуска:

LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/8.2.0/
/mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Taupin_Solver/Takagi_Taupin_Solver
InputFile


Задача запускается через:

qsub -q ${JOB_TYPE} ${PROJECT_DIR}/Internal.sh


Всё ещё не находит библиотеки.


С уважением, Владислав Метель.

пн, 1 апр. 2019 г. в 15:48, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru>:

> On Sun, 2019-03-31 at 10:33 +0300, Владислав Метель wrote:
>
> Добрый день!
>
> > Здравствуйте, большой спасибо, скомпилировал без pythia успешно,
> > теперь make и build завершается без ошибок, однако в процессе
> > выполнения появляется ошибка:
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Taupi
> > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-
> > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required
> > by
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Taupi
> > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver)
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Taupi
> > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-
> > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found
> > (required by
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Taupi
> > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver)
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Taupi
> > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-
> > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found
> > (required by
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/lib/libCore.so)
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Taupi
> > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-
> > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required
> > by /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/lib/libCore.so)
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Taupi
> > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-
> > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found
> > (required by
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/lib/libCore.so)
> >
> > Вероятно я где-то не передаю путь к корректному gnu, хотя при сборки
> > cmake я указал -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-8.2.0 -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-
> > 8.2.0 , возможно Вы знаете какой параметр требуется дополнительно
> > задать?
>
> Попробуйте при запуске принудительно указать путь до стандартной
> библиотеки версии 8.2.0 вместо 4.8.2, используемой по умолчанию:
>
> LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/8.2.0/ root.exe
>
> > С уважением, Владислав Метель.
> >
> > пт, 29 мар. 2019 г. в 11:43, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru>:
> > > On Thu, 2019-03-28 at 18:10 +0300, anikeev wrote:
> > > > On Thu, 2019-03-28 at 07:53 +0300, Владислав Метель wrote:
> > > > Приветствую!
> > >
> > > Добрый день!
> > >
> > > Обе версии собрались.
> > >
> > > > Собираю последний релиз ROOT с поддержкой Pythia 6.4.28 здесь:
> > > >
> > > > /mnt/pool/1/anikeev/root_release/build_no_pythia/
> > >
> > > Это релиз 6.16 собранный так:
> > >
> > > cmake ../root-6.16.00/ -Dx11=OFF -Dxft=OFF -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-
> > > 8.2.0
> > > -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-8.2.0 -Dpythia8=OFF
> > >
> > > > и с поддержкой Pythia 8.2.40 здесь:
> > > >
> > > > /mnt/pool/1/anikeev/root_release/build/
> > >
> > > Это релиз с Pythia 8.2.40, собранной так:
> > >
> > > ./configure --enable-shared --cxx=g++-8.2.0
> > >
> > > Сам ROOT собран так:
> > >
> > > cmake ../root-6.16.00/ -Dx11=OFF -Dxft=OFF -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-
> > > 8.2.0
> > > -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-8.2.0
> > > -DPYTHIA8_INCLUDE_DIR:PATH=/mnt/pool/1/anikeev/root_release/pythia8
> > > 240/
> > > include/
> > > -DPYTHIA8_LIBRARY:FILEPATH=/mnt/pool/1/anikeev/root_release/pythia8
> > > 240/
> > > lib/libpythia8.so -DPYTHIA8_hepmcinterface_LIBRARY-
> > > ADVANCED:INTERNAL=0
> > > -DPYTHIA8_lhapdfdummy_LIBRARY-ADVANCED:INTERNAL=0
> > >
> > > Вы можете скопировать и пользоваться или пересобрать
> > > самостоятельно.
> > > Версия c GitHub не собирается даже на референтной системе сборки
> > > (посмотрите результаы тестов CI).
> > >
> > > > Сегодня не успеет собраться.
> > > >
> > > > > Здравствуйте, обновил билд-скрипт в соответствии вашему ответу,
> > > > > теперь не собирается в другом месте:
> > > > > [ 97%] Linking CXX shared library ../../lib/libEGPythia8.so
> > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In function
> > > > > `TPythia8::TPythia8()':
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/root/montecarlo/pythia8/src/
> > > > > TP
> > > > > ythia8.cxx:102: undefined reference to
> > > > > `Pythia8::Pythia::Pythia(std::__cxx11::basic_string<char,
> > > > > std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, bool)'
> > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In function
> > > > > `TPythia8::TPythia8(char const*)':
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/root/montecarlo/pythia8/src/
> > > > > TP
> > > > > ythia8.cxx:119: undefined reference to
> > > > > `Pythia8::Pythia::Pythia(std::__cxx11::basic_string<char,
> > > > > std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, bool)'
> > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In function
> > > > > `TPythia8::ReadString(char const*) const':
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/root/montecarlo/pythia8/src/
> > > > > TP
> > > > > ythia8.cxx:301: undefined reference to
> > > > > `Pythia8::Pythia::readString(std::__cxx11::basic_string<char,
> > > > > std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, bool)'
> > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In function
> > > > > `TPythia8::ReadConfigFile(char const*) const':
> > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/root/montecarlo/pythia8/src/
> > > > > TP
> > > > > ythia8.cxx:309: undefined reference to
> > > > > `Pythia8::Pythia::readFile(std::__cxx11::basic_string<char,
> > > > > std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, bool, int)'
> > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In function
> > > > > `Pythia8::Settings::listAll(std::ostream&)':
> > > > >
> > > > > Обновленный билд-скрипт:
> > > > > mkdir ROOT_build
> > > > > cd ROOT_build/
> > > > > cmake ${PROJECT_DIR}/root -Dx11=OFF -Dxft=OFF
> > > > > -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-
> > > > > 8.2.0 -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-8.2.0
> > > > > cmake --build . -- -j1;;
> > > > >
> > > > > С уважением, Владислав Метель.
> > > > >
> > > > > ср, 27 мар. 2019 г. в 11:31, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru>:
> > > > > > On Tue, 2019-03-26 at 17:56 +0300, Владислав Метель wrote:
> > > > > > > К сожалению, при сборке на черенков выдается ошибка не
> > > > > >
> > > > > > соответсвия
> > > > > > > верcии cmake (нужна была 3.4,  а установленна 3.0)
> > > > > > >
> > > > > > > Буду очень благодарен, если обновите компиляторы, большое
> > > > > >
> > > > > > спасибо!
> > > > > >
> > > > > > Поставил gcc-8.2.0/g++-8.2.0 на unicluster и gcc-8.3.0/g++-
> > > 8.3.0
> > > > > > на
> > > > > > basov. Обратите внимание, что они установлены не по умолчанию
> > > -
> > > > > > их
> > > > > > нужно однозначно указать для cmake.
> > > > > >
> > > > > > Большое обновление для всех кластеров планируется после
> > > выхода
> > > > > > Debian
> > > > > > 10 (ожидается летом).
> > > > > >
> > > > > > > С уважением, Владислав Метель.
> > > > > > >
> > > > > > > вт, 26 мар. 2019 г. в 17:26, anikeev <anikeev at ut.mephi.ru>:
> > > > > > > > On Tue, 2019-03-26 at 15:59 +0300, Владислав Метель
> > > wrote:
> > > > > > > > > Собираю с помощью cmake на unicluster , все опции при
> > > > > > > >
> > > > > > > > конфигурации
> > > > > > > > > оставляю дефолтными кроме dx11 и dxft
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > Собираю вот такой последовательность команд:
> > > > > > > > > mkdir ROOT_build
> > > > > > > > > cd ROOT_build/
> > > > > > > > > cmake ${PROJECT_DIR}/root -Dx11=OFF -Dxft=OFF
> > > > > > > > > cmake --build . -- -j1;;
> > > > > > > >
> > > > > > > >
> > > > > > > > Вам нужна более новая версия компилятора. На cherenkov
> > > > > >
> > > > > > компиляторы
> > > > > > > > подходят. На unicluster и basov я сейчас ставлю новые
> > > > > >
> > > > > > компиляторы.
> > > > > > > >
> > > > > > > > > С уважением, Владислав Метель.
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > вт, 26 мар. 2019 г. в 15:15, anikeev <anikeev at ut.mephi.
> > > ru>:
> > > > > > > > > > On Tue, 2019-03-26 at 15:09 +0300, Владислав Метель
> > > > > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > Коллеги, добрый день.
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > Здравствуйте!
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >  При сборке ROOT из исходников с гитхаба сборка
> > > фэйлит
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > на Building
> > > > > > > > > > > CXX object
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > math/vecops/CMakeFiles/ROOTVecOps.dir/G__ROOTVecOps.cxx.o
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > Подскажите, на каком кластере происходит сборка?
> > > Какой
> > > > > > > >
> > > > > > > > используется
> > > > > > > > > > компилятор? Какие используются опции configure?
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > Может быть кто-то сталкивался с подобной проблемой
> > > и
> > > > > >
> > > > > > знает
> > > > > > > > как её
> > > > > > > > > > > решить?
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > Часть текста ошибки:
> > > > > > > > > > > In file included from
> > > > > > > > > > >
> > > > > >
> > > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/math/vecops/G__
> > > > > > RO
> > > > > > > > > > OT
> > > > > > > > > > > VecOps.cxx:41:0:
> > > > > > > > > > >
> > > > > >
> > > > > >
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/include/ROOT/RV
> > > > > > ec
> > > > > > > > > > .h
> > > > > > > > > > > xx:1029:311: error: ambiguous template
> > > specialization
> > > > > > > >
> > > > > > > > ‘fdim<>’
> > > > > > > > > > for
> > > > > > > > > > > ‘ROOT::VecOps::RVec<double>
> > > ROOT::VecOps::fdim(const
> > > > > > > > > > > ROOT::VecOps::RVec<double>&, const
> > > > > > > >
> > > > > > > > ROOT::VecOps::RVec<double>&)’
> > > > > > > > > > >  TVEC_EXTERN_STD_FUNCTIONS(double)
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > С уважением, Владислав Метель.
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > _______________________________________________
> > > > > > > > > > > hpc mailing list
> > > > > > > > > > > hpc at lists.mephi.ru
> > > > > > > > > > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > _______________________________________________
> > > > > > > > > > hpc mailing list
> > > > > > > > > > hpc at lists.mephi.ru
> > > > > > > > > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > > > > > > > > >
> > > > > > > >
> > > > > > > > _______________________________________________
> > > > > > > > hpc mailing list
> > > > > > > > hpc at lists.mephi.ru
> > > > > > > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > > > > > > >
> > > > > >
> > > > > > _______________________________________________
> > > > > > hpc mailing list
> > > > > > hpc at lists.mephi.ru
> > > > > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > > > > >
> > > _______________________________________________
> > > hpc mailing list
> > > hpc at lists.mephi.ru
> > > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > >
> --
> С уважением,
> инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
> Аникеев Артём.
> Тел.: 8
> (495) 788-56-99, доб. 8998
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20190401/35170412/attachment-0001.html>

More information about the hpc mailing list