[mephi-hpc] Вывод задачи

[anikeev]

On Wed, 2018-11-21 at 14:11 +0300, sms013 at campus.mephi.ru wrote:
> Добрый день.

Здравствуйте!

> Можете подробнее объяснить этот пункт? Я пытаюсь запустить скрипт, 
> содержащий команду:
> #!/bin/bash
> /usr/bin/gmx mdrun -deffnm nvt -v
> Как мне перенаправить вывод в файл eqout?
> Попытка запустить скрипт с перенаправлением:
> #!/bin/bash
> /usr/bin/gmx mdrun -deffnm nvt -v >> ~/eqout
> не даёт желаемого результата, в файл записывается вывод команды gmx,
> а 
> не команды, которую запускаю.

Раздел по работе с вводом и выводом есть в учебнике по BASH,
рекомендованном в руководстве пользователя:

https://www.opennet.ru/docs/RUS/bash_scripting_guide/c11620.html

Если требуемая Вам информация отсутствует в stdout, то это вопрос по
настройке Вашего приложения. В руководстве пользователя Gromacs есть
раздел по работе с выводом запрашиваемой Вами команды:

http://manual.gromacs.org/programs/gmx-mdrun.html

> > Если Вам нужно просто следить за выводом приложения, я бы
> > рекомендовал в стартовом скрипте задачи перенаправить вывод stdout
> > приложения в файл, а затем следить за содержимым этого файла с
> > головного узла:
> > 
> > cat start.sh:
> > #/bin/sh
> > 
> > #PBS -l ...
> > 
> > /path/to/software >> /path/to/out/file
> > 
> > qsub start.sh
> > tail -f /path/to/out/file
> > 
> > 
> > **********************************
> 
> пользователь: mshestopalova
> С уважением,
> Шестопалова Милена
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998