[mephi-hpc] Вывод задачи

[anikeev]

On Fri, 2018-11-16 at 13:22 +0300, sms013 at campus.mephi.ru wrote:
> Здравствуйте.

Добрый день!

> Мне удалось запустить задачу с нужным количеством ядер, она начинает 
> считаться и мне необходимо следить за выводом (output) моей задачи в 
> реальном времени. Как это сделать? Команда qstat пишет о том, что
> задача 
> запущена, но вывод не показывает.

Для работы с программой в реальном времени нужно использовать
интерактивные задачи:

qsub -I ...

Однако, интерактивный режим имеет много ограничений:

1) возникает проблема задержки на ожидание в очереди при недостатке
свободных ресурсов (время ожидания для больших задач может составлять
недели);

2) появляются значительные времена простоя оборудования во время
ожидания реакции пользователя;

3) возникает необходимость решать проблему устойчивости терминала к
разрывам сетевых соединений (например, при помощи утилиты screen).

В целом, интерактивный режим не характерен для HPC-кластеров и
используется обычно для компиляции приложений или других небольших
задач. Если Вам нужно просто следить за выводом приложения, я бы
рекомендовал в стартовом скрипте задачи перенаправить вывод stdout
приложения в файл, а затем следить за содержимым этого файла с
головного узла:

cat start.sh:
#/bin/sh

#PBS -l ...

/path/to/software >> /path/to/out/file

qsub start.sh
tail -f /path/to/out/file


> пользователь: mshestopalova
> С уважением,
> Шестопалова Милена
> 
> 
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998