[mephi-hpc] Использование кластера cherenkov

[anikeev]

On Wed, 2018-11-14 at 14:15 +0300, sms013 at campus.mephi.ru wrote:
> Добрый день.

Здравствуйте!

> Пытаюсь запустить задачу, но задача запускается только с
> использованием 
> 8 ядер. Как запустить задачу, используя больше ресурсов? При попытке 
> использовать описанный в мануале метод  qsub -q short -l 
> nodes=2:ppn16,walltime=06:00:00 gmx.sh выходит ошибка qsub: Job
> exceeds 
> queue resource limits MSG=cannot locate feasible nodes (nodes file
> is 
> empty or all systems are busy. Сколько максимально можно
> использовать 
> ядер? И как это сделать?

Вычислительные узлы кластера unicluster имеют по 8 процессорных ядер.
Параметр ppn означает "processors per node" и используется для указания
количества процессорных ядер на один вычислительный узел. Вы получили
сообщени об ошибке, поскольку на кластере unicluster нет узлов с 16
ядрами.

Если Вы хотите использовать 2 узла по 8 ядер Вам нужно запускать задачу
с аргументом "-l nodes=2:ppn8". Если Вы хотите использовать 4 узла по 8 ядер, вам необходимо использовать аргумент "-l nodes=4:ppn8".

Узлы на кластерах basov и cherenkov имеют по 16 ядер с технологией
hyper-threading, то есть поддерживают до 32 вычислительных потоков.
Чтобы использовать 4 узла по 32 потока можно использовать аргумент "-
l nodes=4:ppn32".

Лимиты на количество доступных ядер зависят от кластера и очереди
задач. Подробную информацию можно узнать в выводе команды "qmgr -c 'p
s'"

> Так же вопрос: как посмотреть процесс выполнения запущенной задачи?

Команда showq отражает текущее состояние очереди задач.
Команда qstat отражает состояние Ваших актуальных задач.

> Пользователь: mshestopalova
> С уважением,
> Шестопалова Милена
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998