[mephi-hpc] (no subject)

[anikeev]

On Sat, 2018-12-15 at 13:08 +0300, Kochetkov Iurii wrote:
> Здравствуйте,

Добрый день!

> Для работы кода, необходимого для моей научной работы, нужна
> библиотека HDF5 (https://www.hdfgroup.org/). Не могли бы вы ее
> установить?
> Также после этого хотел бы узнать путь к библиотекам mpi и hdf5, так
> как они должны быть прописаны в Makefile приложения:
>  
>  # Set the HDF5/MPI library paths -- these need to be updated for
> your system
> MPI_PATH   = /usr/local/mpich2/
> HDF5_PATH  = /usr/local/hdf5

Библиотека hdf5 имеется на кластерах Басов и Черенков. Узнать наличие
установленных системно библиотек и путь до них можно с помощью
пакетного менеджера. На кластерах Unucluster и Басов установлена ОС
Gentoo (e-utils: emerge, eix, equery):

anikeev at master.basov ~ $ eix hdf5
[I] sci-libs/hdf5
     Available versions:  1.8.18(0/1.8.18) (~)1.10.1(0/1.10.1){tbz2}
{cxx debug examples fortran fortran2003 +hl mpi static-libs szip
threads zlib}
     Installed versions:  1.10.1{tbz2}(02:14:12 PM 07/11/2018)(fortran
hl mpi zlib -cxx -debug -examples -static-libs -szip -threads)
     Homepage:            http://www.hdfgroup.org/HDF5/
     Description:         General purpose library and file format for
storing scientific data
...

anikeev at master.basov ~ $ equery files hdf5
 * Searching for hdf5 ...
 * Contents of sci-libs/hdf5-1.10.1:
/usr
/usr/bin
/usr/bin/gif2h5
/usr/bin/h52gif
...

На кластере "Черенков" установлена ОС Debian (apt, dpkg):

anikeev at master.cherenkov ~ $ dpkg -l | grep hdf5
ii  hdf5-helpers                           1.8.13+docs-
15                       amd64        Hierarchical Data Format 5 (HDF5)
- Helper tools
ii  hdf5-tools                             1.8.13+docs-
15                       amd64        Hierarchical Data Format 5 (HDF5)
- Runtime tools
ii  libhdf5-10:amd64                       1.8.16+docs-
8                        amd64        Hierarchical Data Format 5 (HDF5)
- runtime files - serial version
ii  libhdf5-8:amd64                        1.8.13+docs-
15                       amd64        Hierarchical Data Format 5 (HDF5)
- runtime files - serial version
ii  libhdf5-cpp-8:amd64                    1.8.13+docs-
15                       amd64        Hierarchical Data Format 5 (HDF5)
- C++ libraries
...

anikeev at master.cherenkov ~ $ dpkg-query -L libhdf5-10:amd64
/.
/usr
/usr/lib
/usr/lib/x86_64-linux-gnu
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhdf5_serialhl_fortran.so.10.0.2
...

> Sincerely,
> Iurii K.
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
-- 
С уважением,
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,
Аникеев Артём.
Тел.: 8
(495) 788-56-99, доб. 8998