[mephi-hpc] numpy и matplotlib на кластерах unicluster и basov

[Konstantin Krylov]

Здравствуйте!

Нам для построения графиков и анимаций по результатам расчётов требуется
numpy и matplotlib. На ферме basov matplotlib отсутствует, а на
unicluster'е с ним возникли проблемы. Ни с одной из 4-х установленных
версий python не удаётся построить анимацию. Для последней версии python3.4
numpy и matplotlib вовсе не установлены, а с другими возникают следующие
проблемы:

 -- при использовании python2.7 возникает ошибка

Traceback (most recent call last):
  File "test_anim.py", line 19, in <module>
    anim.save('test.mp4')
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/matplotlib/animation.py", line
718, in save
    writer.grab_frame(**savefig_kwargs)
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/matplotlib/animation.py", line
204, in grab_frame
    dpi=self.dpi, **savefig_kwargs)
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/matplotlib/figure.py", line
1421, in savefig
    self.canvas.print_figure(*args, **kwargs)
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/matplotlib/backend_bases.py",
line 2220, in print_figure
    **kwargs)
  File
"/usr/lib64/python2.7/site-packages/matplotlib/backends/backend_agg.py",
line 497, in print_raw
    renderer._renderer.write_rgba(filename_or_obj)
RuntimeError: Error writing to file

 -- при использовании python3.2 исполнение заканчивается без ошибок и
каких-либо сообщений, но файл анимации отсутствует

-- при использовании python3.3 возникает другая ошибка

Traceback (most recent call last):
  File "test_anim.py", line 19, in <module>
    anim.save('test.mp4')
  File "/usr/lib64/python3.3/site-packages/matplotlib/animation.py", line
719, in save
    writer.grab_frame(**savefig_kwargs)
  File "/usr/lib64/python3.3/site-packages/matplotlib/animation.py", line
205, in grab_frame
    dpi=self.dpi, **savefig_kwargs)
  File "/usr/lib64/python3.3/site-packages/matplotlib/figure.py", line
1422, in savefig
    self.canvas.print_figure(*args, **kwargs)
  File "/usr/lib64/python3.3/site-packages/matplotlib/backend_bases.py",
line 2225, in print_figure
    self.figure.dpi = origDPI
  File "/usr/lib64/python3.3/site-packages/matplotlib/figure.py", line 385,
in _set_dpi
    self.dpi_scale_trans.clear().scale(dpi, dpi)
  File "/usr/lib64/python3.3/site-packages/matplotlib/transforms.py", line
1786, in clear
    self._mtx = np.identity(3)
  File "/usr/lib64/python3.3/site-packages/numpy/core/numeric.py", line
1913, in identity
    from numpy import eye
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 1612, in _handle_fromlist
UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xff in position 0:
invalid start byte

На кластере cherenkov всё работает без ошибок, но там есть некоторые
проблемы с самими расчётами, а считать и обрабатывать данные лучше на одном
и том же кластере. Хотелось бы, чтобы вы побороли эти ошибки и,
по-возможности, обновили версии установленных numpy и matplotlib на
unicluster, а также поставили matplotlib на basov. Для какой версии питона
это будет работать, не принципиально.

Прикрепляю файл с простой программой, воспроизводящей перечисленные
проблемы.

С уважением,
Константин Крылов,
каф. 32 НИЯУ МИФИ
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20170406/3baa28a1/attachment.html>
-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: test_anim.py
Type: application/octet-stream
Size: 421 bytes
Desc: not available
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20170406/3baa28a1/attachment.obj>