[mephi-hpc] HA: HA: Quantum espresso parallel

[Васильев Олег Станиславович]

Понял, спасибо. Сегодня с доступом все в порядке, поэтому могу описать ситуацию более конкретно. Почистил пока папку, потом пересоберу на басове, но со сборкой тоже есть вопросы, так что пока чтобы хоть немного разобраться, провел еще несколько тестов. 
скрипт выглядит так:
#!/bin/sh
#
#PBS -l nodes=4:ppn=8,walltime=48:00:00

. ~/espresso-5.4.0/test

mpirun -np 4 pw.x <test.in >test.out

в test.in пишу разные задачи, и с каждой из задач такая картина. Когда запрашиваю nodes=4:ppn=8, а в параметрах mpirun не пишу np (как в инструкции), аут выдает, что вычисление идет на 1 процессоре. Если указывать -np, вычисление идет на соответствующем количестве процессоров. При nodes=4, np 4 проходит нормально, при большем количестве возникает segmentation fault, при этом аут не выдает ошибки, просто прекращается запись. прикрепляю собранные логи. папки, в которой лежат тесты и скрипт: osvasilyev at master.unicluster ~/espresso-5.4.0/test, osvasilyev at master.unicluster ~/espresso-5.4.0/13

С Уважением,
Олег С. Васильев
каф. №78 НИЯУ МИФИ
________________________________________
От: hpc [hpc-bounces at lists.mephi.ru] от имени anikeev [anikeev at ut.mephi.ru]
Отправлено: 1 сентября 2016 г. 11:53
Кому: NRNU MEPhI HPC discussion list
Тема: Re: [mephi-hpc] HA:  Quantum espresso parallel

On Wed, 2016-08-31 at 18:07 +0300, anikeev wrote:
Добрый день!

Вы исчерпали дисковую квоту /home (/dev/sda2) на master.unicluster:

osvasilyev at master.unicluster ~ $ quota -u
Disk quotas for user osvasilyev (uid 1113):
     Filesystem  blocks   quota   limit   grace   files   quota   limit
   grace
      /dev/sda2 2139512* 2000000
192.168.137.101:/home
                  57268  2000000

Нужно перенести часть данных на хранилища /mnt/pool/{1..4}/osvasilyev
или забрать с кластера. Пока диск де будет очищен, сохранять новые
данные будет невозможно (grace период в неделю так же исчерпан), что
затрудняет дальнейшую диагностику.

Перенесите, пожалуйста, свои данные. Либо, разрешите мне перенести на
хранилище Вашу директорию:

osvasilyev at master.unicluster ~ $ mv espresso-5.4.0/
/mnt/pool/1/osvasilyev/

> On Wed, 2016-08-31 at 17:55 +0300, Васильев Олег Станиславович wrote:
>
> Не вижу Ваших попыток подключения. Узнайте, пожалуйста, свой внешний
> IP
> адресс. Можно, например, узнать здесь:
>
> https://2ip.ru/
>
> Можно прислать лог подключения, выводимый командой
>
> ssh -vvv osvasilyev at hpc.mephi.ru
>
> >
> > сегодня не получается войти на кластер, ни по ssh из командной
> > строки, ни по fish используя менеджeр krusader. скрипт как помню
> > здесь home/espresso-5.4.0/test.sh
> >
> > С Уважением,
> > Олег С. Васильев
> > каф. №78 НИЯУ МИФИ
> > ________________________________________
> > От: hpc [hpc-bounces at lists.mephi.ru] от имени anikeev [anikeev at ut.m
> > ep
> > hi.ru]
> > Отправлено: 31 августа 2016 г. 17:33
> > Кому: hpc at lists.ut.mephi.ru
> > Тема: Re: [mephi-hpc] Quantum espresso parallel
> >
> > Добрый вечер!
> >
> > Сообщите, пожалуйста, номер Вашей задачи и путь до скрипта запуска,
> > чтобы я мог её воспроизвести. Не могу найти в логах.
> >
> > On Wed, 2016-08-31 at 16:32 +0300, Васильев Олег Станиславович
> > wrote:
> > >
> > >
> > > osvasilyev
> > --
> > С уважением,
> > аспирант кафедры 4 МИФИ,
> > инженер отдела Unix-технологий,
> > Аник
> > еев Артём.
> > Тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
> > _______________________________________________
> > hpc mailing list
> > hpc at lists.mephi.ru
> > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
> > _______________________________________________
> > hpc mailing list
> > hpc at lists.mephi.ru
> > https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
--
С уважением,
аспирант кафедры 4 МИФИ,
инженер отдела Unix-технологий,
Аник
еев Артём.
Тел.: 8 (495) 788-56-99, доб. 8998
_______________________________________________
hpc mailing list
hpc at lists.mephi.ru
https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc
-------------- next part --------------
An embedded and charset-unspecified text was scrubbed...
Name: log_par.txt
URL: <http://lists.mephi.ru/pipermail/hpc/attachments/20160901/95d9589a/attachment.txt>