[mephi-hpc] Fwd: стандартные 32-битные библиотеки на кластерах

[Alexandra Freidzon]

Добрый день,

Пересылаю ответы автора программы FireFly А. Грановского.


---------- Пересылаемое сообщение ----------
От кого: Alex Granovsky <alex.granovsky at gmail.com>
Дата: 16 октября 2016 г., 20:15
Тема: Re: [mephi-hpc] стандартные 32-битные библиотеки на кластерах
Кому: Alexandra Freidzon <freidzon.sanya at gmail.com>, bircoph at ut.mephi.ru


Здравствуйте, Александра и Андрей.

Александра Яковлевна попросила меня ответить более детально на Ваши вопросы.

Я - Александр Грановский, автор программы Firefly (до 2008 года она
называлась PC GAMESS).
Занимаюсь ее разработкой вот уже более двадцати лет.

1. Про libmemhooks.so

Я сразу оговорюсь, что к попытке инсталляции в том каталоге не имю
никакого отношения.
Но могу сказать, что это компонент Scali MPI, достаточно старой реализации MPI.
Поскольку мы поддерживаем много вариантов MPI, то, скорее всего,
кто-то, кто ранее
использовал Firefly на кластере со Scali MPI, попытался "установить"
его на Вашем кластере
методом простого копирования файлов.

2. Про 64-битность - в настоящее время это невозможно. Планируется
где-то года через два.
Вопрос там не только в перекомпиляции. Кроме того, во многих случаях
32-х разрядный код
быстрее 64-х разрядного, так что однозначно судить, что будет быстрее,
я  бы не взялся.
Так что надо подстраиваться под то, что есть.

А есть довольно много вариантов уже готовых сборок:

firefly820_linux_hpmpi.zip
firefly820_linux_infinipath.zip
firefly820_linux_intel.zip
firefly820_linux_lammpi.zip
firefly820_linux_mpich1-dyn.zip
firefly820_linux_mpich1-rsh.zip
firefly820_linux_mpich1-ssh.zip
firefly820_linux_mpich2.zip
firefly820_linux_mpich3.zip
firefly820_linux_mpichgm.zip
firefly820_linux_mpichmx.zip
firefly820_linux_mvapich.zip
firefly820_linux_mvapich2.zip
firefly820_linux_openmpi_1.10.zip
firefly820_linux_openmpi_1.4.zip
firefly820_linux_openmpi_1.6.zip
firefly820_linux_openmpi_1.8.zip
firefly820_linux_openmpi_2.0.zip
firefly820_linux_parastation.zip
firefly820_linux_platformmpi.zip
firefly820_linux_scali.zip

Обычно мы предпочитаем использовать Intel MPI 4.1, но можно и mpich2/mpich3,
mvapich/mvapich2 или другие варианты. Кстати, рантайм Intel MPI теперь
доступен и свободно:

https://registrationcenter.intel.com/en/forms/?ProductID=1744

3. Что касается библиотек. Александра Яковлевна имела в виду
самые-самые стандартные,
то есть 32-х бтные libm, libc, libpthread, libdl, а также 32-х битный
загрузчик. Просто не на всех
64-х разрядных линуксах они есть по умолчанию.

Если же на Вашем кластере есть Infiniband, то тогда потребуются еще и
32-битные библиотеки для ibverbs.

Кроме того, Если Вы любезно соберете для нас 32-х битный MPI по Вашему
выбору, то это будет
просто замечательно, но в крайнем случае мы могли бы собрать его сами
и держать у себя в каталоге.

Спасибо за помощь.

С уважением,
Александр Грановский





>
> Добрый день,
>
> On Thu, 13 Oct 2016 00:12:40 +0300 Alexandra Freidzon wrote:
> > Добрый день,
> >
> > Можно ли поставить на все кластеры стандартные 32-битные библиотеки?
> > мы используем пакет FireFly, а он без них не может работать.
>
> Для частитбиблиотек это возможно, но мы советуем пересобрать ПО
> на кластере: использование 32-битных приложений на 64-битной
> архитектуре ощутимо ухудшит быстродействие.
>
> Кроме того, понятие "стандартных библиотек" сильно отличается от
> одного дистрибутива к другому (и даже между версиями одного и того
> же).
>
> Какие именно библиотеки Вам необходимы? Если судить по
> директории /home/kintech/codes/firefly, то не хватает mpich и
> некой libmemhooks.so. mpich мы можем обновить до версии 3.2 и
> собрать как 32-битный, так и 64-битный вариант. Однако, что есть
> libmemhooks.so и где его брать — совершенно непонятно.
> В дистрибутивах его нет, гугл тоже молчит. Возможно, вы забыли
> скопировать внутреннюю библиотеку?
>
> Best regards,
> Andrew Savchenko
>
> _______________________________________________
> hpc mailing list
> hpc at lists.mephi.ru
> https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc