<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Добрый вечер!
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">HPC SDK успешно установился, также вроде бы успешно собрался Quantum Espresso (gpu-версия требует исключительно PGI).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Однако, при запуске (средствами mpi, входящими в состав HPC SDK) возникает ошибка (ниже). Очевидно есть какой-то нюанс или специальные ключи запуска в этом случае? Остальное ПО (к примеру, LAMMPS, собранный штатными gcc и mpi Tensor запускается
и работает нормально).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Спасибо!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">WARNING: There are more than one active ports on host 't1n1', but the</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">default subnet GID prefix was detected on more than one of these</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">ports. If these ports are connected to different physical IB</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">networks, this configuration will fail in Open MPI. This version of</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">Open MPI requires that every physically separate IB subnet that is</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">used between connected MPI processes must have different subnet ID</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">values.</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0); min-height: 13px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">Please see this FAQ entry for more details:</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0); min-height: 13px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class=""> <a href="http://www.open-mpi.org/faq/?category=openfabrics#ofa-default-subnet-gid" class="">
http://www.open-mpi.org/faq/?category=openfabrics#ofa-default-subnet-gid</a></span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0); min-height: 13px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">NOTE: You can turn off this warning by setting the MCA parameter</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class=""> btl_openib_warn_default_gid_prefix to 0.</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">--------------------------------------------------------------------------</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">--------------------------------------------------------------------------</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">A process has executed an operation involving a call to the</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">"fork()" system call to create a child process. Open MPI is currently</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">operating in a condition that could result in memory corruption or</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">other system errors; your job may hang, crash, or produce silent</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">data corruption. The use of fork() (or system() or other calls that</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">create child processes) is strongly discouraged.</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0); min-height: 13px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">The process that invoked fork was:</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0); min-height: 13px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class=""> Local host: [[29162,1],4] (PID 11211)</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0); min-height: 13px;" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class=""></span><br class="">
</div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">If you are *absolutely sure* that your application will successfully</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">and correctly survive a call to fork(), you may disable this warning</span></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);" class="">
<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">by setting the mpi_warn_on_fork MCA parameter to 0.</span></div>
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">25 янв. 2021 г., в 16:25, Жариков Евгений Сергеевич <<a href="mailto:ESZharikov@mephi.ru" class="">ESZharikov@mephi.ru</a>> написал(а):</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">Большое спасибо за информацию!<br class="">
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">25 янв. 2021 г., в 16:23, anikeev <<a href="mailto:anikeev@ut.mephi.ru" class="">anikeev@ut.mephi.ru</a>> написал(а):<br class="">
<br class="">
On Mon, 2021-01-25 at 12:31 +0000, Жариков Евгений Сергеевич wrote:<br class="">
<blockquote type="cite" class="">Добрый день!<br class="">
</blockquote>
<br class="">
Здравствуйте!<br class="">
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">Есть ли какая-нибудь возможность установить в будущем на кластер<br class="">
Tensor компилятор PGI?<br class="">
</blockquote>
<br class="">
<blockquote type="cite" class=""><a href="https://developer.nvidia.com/openacc-toolkit" class="">https://developer.nvidia.com/openacc-toolkit</a><br class="">
</blockquote>
<br class="">
Полноценная версия PGI платная. Если какое-то подразделение готово<br class="">
спонсировать закупку ПО, это можно сделать. Есть бесплатная версия<br class="">
Community Edition с ограниченной поддержкой.<br class="">
<br class="">
На Tensor установлена версия Nvidia SDK, поддерживаемая дистрибутивом<br class="">
ОС. PGI NVFortran Community Edition вошел в состав Nvidia HPC SDK<br class="">
сравнительно недавно, и его пока нет в дистрибутиве. Обновление<br class="">
дистрибутива планируется при релизе Debian 11, т.е. примерно в июне-<br class="">
июле 2021.<br class="">
<br class="">
Для установки HPC SDK не нужны права администратора, Вы можете это<br class="">
сделать сами. Насколько я помню, ПО фирмы PGI обычно довольно<br class="">
проблемное. Если Вам потребуется контейнерное окружение, отличное от<br class="">
Debian, Вы можете использовать proot:<br class="">
<br class="">
<a href="https://proot-me.github.io/" class="">https://proot-me.github.io/</a><br class="">
<br class="">
Попробуйте пока поставить для своего пользователя сами. Если возникнут<br class="">
проблемы - обращайтесь.<br class="">
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">Спасибо!<br class="">
<br class="">
<br class="">
С уважением,<br class="">
Евгений Жариков<br class="">
_______________________________________________<br class="">
hpc mailing list<br class="">
hpc@lists.mephi.ru<br class="">
https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc<br class="">
</blockquote>
-- <br class="">
С уважением,<br class="">
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,<br class="">
Аникеев Артём.<br class="">
Тел.: 8<br class="">
(495) 788-56-99, доб. 8998<br class="">
_______________________________________________<br class="">
hpc mailing list<br class="">
hpc@lists.mephi.ru<br class="">
https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc<br class="">
</blockquote>
<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>