<div dir="ltr">Вы пробовали сейчас перезапустить? <div>Если да, то сейчас я пытался перебрать root с другими флагами, поэтому он не нашёл файлы.<div>Сейчас приготовлю сборку к той версии, где ошибка воспроизводится.</div><div><br></div><div>С уважением, Владислав Метель.</div><div><br></div><div><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">пн, 1 апр. 2019 г. в 19:18, anikeev <<a href="mailto:anikeev@ut.mephi.ru">anikeev@ut.mephi.ru</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">On Mon, 2019-04-01 at 17:03 +0300, Владислав Метель wrote:<br>
> Здравствуйте, добавил во внутренний скрипт запуска такую строку,<br>
> ошибка не меняется.<br>
> Файл запуска:<br>
> LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/8.2.0/<br>
> /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Taupi<br>
> n_Solver/Takagi_Taupin_Solver InputFile<br>
> <br>
> Задача запускается через:<br>
> qsub -q ${JOB_TYPE} ${PROJECT_DIR}/Internal.sh<br>
<br>
Здесь какая-то ошибка с путями:<br>
<br>
Distribution_Calculator Input_and_Output Internal.sh.o11<br>
8300 Results Takagi_Taupin_Solver gtest.framework<br>
metelv@master.unicluster /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction $ cat<br>
Internal.sh.e118300 <br>
/var/spool/torque/mom_priv/jobs/118300.master.unicluster.campus.mephi.r<br>
u.SC: line 2:<br>
/mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Taupin_<br>
Solver/Takagi_Taupin_Solver: No such file or directory<br>
<br>
> Всё ещё не находит библиотеки.<br>
> <br>
> С уважением, Владислав Метель.<br>
> <br>
> пн, 1 апр. 2019 г. в 15:48, anikeev <<a href="mailto:anikeev@ut.mephi.ru" target="_blank">anikeev@ut.mephi.ru</a>>:<br>
> > On Sun, 2019-03-31 at 10:33 +0300, Владислав Метель wrote:<br>
> > <br>
> > Добрый день!<br>
> > <br>
> > > Здравствуйте, большой спасибо, скомпилировал без pythia успешно,<br>
> > > теперь make и build завершается без ошибок, однако в процессе<br>
> > > выполнения появляется ошибка:<br>
> > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Tau<br>
> > pi<br>
> > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-<br>
> > > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found<br>
> > (required<br>
> > > by<br>
> > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Tau<br>
> > pi<br>
> > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver)<br>
> > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Tau<br>
> > pi<br>
> > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-<br>
> > > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found<br>
> > > (required by<br>
> > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Tau<br>
> > pi<br>
> > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver)<br>
> > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Tau<br>
> > pi<br>
> > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-<br>
> > > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found<br>
> > > (required by<br>
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/lib/libCore.so)<br>
> > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Tau<br>
> > pi<br>
> > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-<br>
> > > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found<br>
> > (required<br>
> > > by<br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/lib/libCore.so)<br>
> > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/Products/by_CMake/Takagi_Tau<br>
> > pi<br>
> > > n_Solver/Takagi_Taupin_Solver: /usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-<br>
> > > gnu/4.8.2/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found<br>
> > > (required by<br>
> > > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/lib/libCore.so)<br>
> > > <br>
> > > Вероятно я где-то не передаю путь к корректному gnu, хотя при<br>
> > сборки<br>
> > > cmake я указал -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-8.2.0<br>
> > -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-<br>
> > > 8.2.0 , возможно Вы знаете какой параметр требуется дополнительно<br>
> > > задать?<br>
> > <br>
> > Попробуйте при запуске принудительно указать путь до стандартной<br>
> > библиотеки версии 8.2.0 вместо 4.8.2, используемой по умолчанию:<br>
> > <br>
> > LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/8.2.0/ root.exe<br>
> > <br>
> > > С уважением, Владислав Метель.<br>
> > > <br>
> > > пт, 29 мар. 2019 г. в 11:43, anikeev <<a href="mailto:anikeev@ut.mephi.ru" target="_blank">anikeev@ut.mephi.ru</a>>:<br>
> > > > On Thu, 2019-03-28 at 18:10 +0300, anikeev wrote:<br>
> > > > > On Thu, 2019-03-28 at 07:53 +0300, Владислав Метель wrote:<br>
> > > > > Приветствую!<br>
> > > > <br>
> > > > Добрый день!<br>
> > > > <br>
> > > > Обе версии собрались.<br>
> > > > <br>
> > > > > Собираю последний релиз ROOT с поддержкой Pythia 6.4.28<br>
> > здесь:<br>
> > > > > <br>
> > > > > /mnt/pool/1/anikeev/root_release/build_no_pythia/<br>
> > > > <br>
> > > > Это релиз 6.16 собранный так:<br>
> > > > <br>
> > > > cmake ../root-6.16.00/ -Dx11=OFF -Dxft=OFF<br>
> > -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-<br>
> > > > 8.2.0 <br>
> > > > -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-8.2.0 -Dpythia8=OFF<br>
> > > > <br>
> > > > > и с поддержкой Pythia 8.2.40 здесь:<br>
> > > > > <br>
> > > > > /mnt/pool/1/anikeev/root_release/build/<br>
> > > > <br>
> > > > Это релиз с Pythia 8.2.40, собранной так:<br>
> > > > <br>
> > > > ./configure --enable-shared --cxx=g++-8.2.0<br>
> > > > <br>
> > > > Сам ROOT собран так:<br>
> > > > <br>
> > > > cmake ../root-6.16.00/ -Dx11=OFF -Dxft=OFF<br>
> > -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-<br>
> > > > 8.2.0 <br>
> > > > -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-8.2.0<br>
> > > ><br>
> > -DPYTHIA8_INCLUDE_DIR:PATH=/mnt/pool/1/anikeev/root_release/pythia8<br>
> > > > 240/<br>
> > > > include/<br>
> > > ><br>
> > -DPYTHIA8_LIBRARY:FILEPATH=/mnt/pool/1/anikeev/root_release/pythia8<br>
> > > > 240/<br>
> > > > lib/libpythia8.so -DPYTHIA8_hepmcinterface_LIBRARY-<br>
> > > > ADVANCED:INTERNAL=0<br>
> > > > -DPYTHIA8_lhapdfdummy_LIBRARY-ADVANCED:INTERNAL=0<br>
> > > > <br>
> > > > Вы можете скопировать и пользоваться или пересобрать<br>
> > > > самостоятельно.<br>
> > > > Версия c GitHub не собирается даже на референтной системе<br>
> > сборки<br>
> > > > (посмотрите результаы тестов CI).<br>
> > > > <br>
> > > > > Сегодня не успеет собраться.<br>
> > > > > <br>
> > > > > > Здравствуйте, обновил билд-скрипт в соответствии вашему<br>
> > ответу,<br>
> > > > > > теперь не собирается в другом месте:<br>
> > > > > > [ 97%] Linking CXX shared library ../../lib/libEGPythia8.so<br>
> > > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In function<br>
> > > > > > `TPythia8::TPythia8()':<br>
> > > > > ><br>
> > > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/root/montecarlo/pythia8/src/<br>
> > > > > > TP<br>
> > > > > > ythia8.cxx:102: undefined reference to<br>
> > > > > > `Pythia8::Pythia::Pythia(std::__cxx11::basic_string<char,<br>
> > > > > > std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, bool)'<br>
> > > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In function<br>
> > > > > > `TPythia8::TPythia8(char const*)':<br>
> > > > > ><br>
> > > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/root/montecarlo/pythia8/src/<br>
> > > > > > TP<br>
> > > > > > ythia8.cxx:119: undefined reference to<br>
> > > > > > `Pythia8::Pythia::Pythia(std::__cxx11::basic_string<char,<br>
> > > > > > std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, bool)'<br>
> > > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In function<br>
> > > > > > `TPythia8::ReadString(char const*) const':<br>
> > > > > ><br>
> > > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/root/montecarlo/pythia8/src/<br>
> > > > > > TP<br>
> > > > > > ythia8.cxx:301: undefined reference to<br>
> > > > > ><br>
> > `Pythia8::Pythia::readString(std::__cxx11::basic_string<char,<br>
> > > > > > std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, bool)'<br>
> > > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In function<br>
> > > > > > `TPythia8::ReadConfigFile(char const*) const':<br>
> > > > > ><br>
> > > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/root/montecarlo/pythia8/src/<br>
> > > > > > TP<br>
> > > > > > ythia8.cxx:309: undefined reference to<br>
> > > > > > `Pythia8::Pythia::readFile(std::__cxx11::basic_string<char,<br>
> > > > > > std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, bool, int)'<br>
> > > > > > CMakeFiles/EGPythia8.dir/src/TPythia8.cxx.o: In function<br>
> > > > > > `Pythia8::Settings::listAll(std::ostream&)':<br>
> > > > > > <br>
> > > > > > Обновленный билд-скрипт:<br>
> > > > > > mkdir ROOT_build<br>
> > > > > > cd ROOT_build/<br>
> > > > > > cmake ${PROJECT_DIR}/root -Dx11=OFF -Dxft=OFF<br>
> > > > > > -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-<br>
> > > > > > 8.2.0 -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-8.2.0<br>
> > > > > > cmake --build . -- -j1;;<br>
> > > > > > <br>
> > > > > > С уважением, Владислав Метель.<br>
> > > > > > <br>
> > > > > > ср, 27 мар. 2019 г. в 11:31, anikeev <<a href="mailto:anikeev@ut.mephi.ru" target="_blank">anikeev@ut.mephi.ru</a>>:<br>
> > > > > > > On Tue, 2019-03-26 at 17:56 +0300, Владислав Метель<br>
> > wrote:<br>
> > > > > > > > К сожалению, при сборке на черенков выдается ошибка не<br>
> > > > > > > <br>
> > > > > > > соответсвия<br>
> > > > > > > > верcии cmake (нужна была 3.4, а установленна 3.0)<br>
> > > > > > > > <br>
> > > > > > > > Буду очень благодарен, если обновите компиляторы,<br>
> > большое<br>
> > > > > > > <br>
> > > > > > > спасибо!<br>
> > > > > > > <br>
> > > > > > > Поставил gcc-8.2.0/g++-8.2.0 на unicluster и gcc-<br>
> > 8.3.0/g++-<br>
> > > > 8.3.0<br>
> > > > > > > на<br>
> > > > > > > basov. Обратите внимание, что они установлены не по<br>
> > умолчанию<br>
> > > > -<br>
> > > > > > > их<br>
> > > > > > > нужно однозначно указать для cmake.<br>
> > > > > > > <br>
> > > > > > > Большое обновление для всех кластеров планируется после<br>
> > > > выхода<br>
> > > > > > > Debian<br>
> > > > > > > 10 (ожидается летом).<br>
> > > > > > > <br>
> > > > > > > > С уважением, Владислав Метель.<br>
> > > > > > > > <br>
> > > > > > > > вт, 26 мар. 2019 г. в 17:26, anikeev <anikeev@ut.mephi.<br>
> > ru>:<br>
> > > > > > > > > On Tue, 2019-03-26 at 15:59 +0300, Владислав Метель<br>
> > > > wrote:<br>
> > > > > > > > > > Собираю с помощью cmake на unicluster , все опции<br>
> > при<br>
> > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > конфигурации<br>
> > > > > > > > > > оставляю дефолтными кроме dx11 и dxft<br>
> > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > Собираю вот такой последовательность команд:<br>
> > > > > > > > > > mkdir ROOT_build<br>
> > > > > > > > > > cd ROOT_build/<br>
> > > > > > > > > > cmake ${PROJECT_DIR}/root -Dx11=OFF -Dxft=OFF<br>
> > > > > > > > > > cmake --build . -- -j1;;<br>
> > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > Вам нужна более новая версия компилятора. На<br>
> > cherenkov<br>
> > > > > > > <br>
> > > > > > > компиляторы<br>
> > > > > > > > > подходят. На unicluster и basov я сейчас ставлю новые<br>
> > > > > > > <br>
> > > > > > > компиляторы.<br>
> > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > С уважением, Владислав Метель.<br>
> > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > вт, 26 мар. 2019 г. в 15:15, anikeev <<a href="mailto:anikeev@ut.me" target="_blank">anikeev@ut.me</a><br>
> > phi.<br>
> > > > ru>:<br>
> > > > > > > > > > > On Tue, 2019-03-26 at 15:09 +0300, Владислав<br>
> > Метель<br>
> > > > > > > > > > > wrote:<br>
> > > > > > > > > > > > Коллеги, добрый день.<br>
> > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > > Здравствуйте!<br>
> > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > > > При сборке ROOT из исходников с гитхаба сборка<br>
> > > > фэйлит<br>
> > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > > на Building<br>
> > > > > > > > > > > > CXX object<br>
> > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > ><br>
> > > > math/vecops/CMakeFiles/ROOTVecOps.dir/G__ROOTVecOps.cxx.o<br>
> > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > > Подскажите, на каком кластере происходит сборка?<br>
> > > > Какой<br>
> > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > используется<br>
> > > > > > > > > > > компилятор? Какие используются опции configure?<br>
> > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > > > Может быть кто-то сталкивался с подобной<br>
> > проблемой<br>
> > > > и<br>
> > > > > > > <br>
> > > > > > > знает<br>
> > > > > > > > > как её<br>
> > > > > > > > > > > > решить?<br>
> > > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > > > Часть текста ошибки:<br>
> > > > > > > > > > > > In file included from<br>
> > > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > <br>
> > > > > > ><br>
> > > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/math/vecops/G__<br>
> > > > > > > RO<br>
> > > > > > > > > > > OT<br>
> > > > > > > > > > > > VecOps.cxx:41:0:<br>
> > > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > <br>
> > > > > > ><br>
> > > ><br>
> > /mnt/pool/1/metelv/Dynamic_Diffraction/ROOT_build/include/ROOT/RV<br>
> > > > > > > ec<br>
> > > > > > > > > > > .h<br>
> > > > > > > > > > > > xx:1029:311: error: ambiguous template<br>
> > > > specialization<br>
> > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > ‘fdim<>’<br>
> > > > > > > > > > > for<br>
> > > > > > > > > > > > ‘ROOT::VecOps::RVec<double><br>
> > > > ROOT::VecOps::fdim(const<br>
> > > > > > > > > > > > ROOT::VecOps::RVec<double>&, const<br>
> > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > ROOT::VecOps::RVec<double>&)’<br>
> > > > > > > > > > > > TVEC_EXTERN_STD_FUNCTIONS(double)<br>
> > > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > > > С уважением, Владислав Метель. <br>
> > > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > > > _______________________________________________<br>
> > > > > > > > > > > > hpc mailing list<br>
> > > > > > > > > > > > <a href="mailto:hpc@lists.mephi.ru" target="_blank">hpc@lists.mephi.ru</a><br>
> > > > > > > > > > > > <a href="https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc</a><br>
> > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > > > _______________________________________________<br>
> > > > > > > > > > > hpc mailing list<br>
> > > > > > > > > > > <a href="mailto:hpc@lists.mephi.ru" target="_blank">hpc@lists.mephi.ru</a><br>
> > > > > > > > > > > <a href="https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc</a><br>
> > > > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > <br>
> > > > > > > > > _______________________________________________<br>
> > > > > > > > > hpc mailing list<br>
> > > > > > > > > <a href="mailto:hpc@lists.mephi.ru" target="_blank">hpc@lists.mephi.ru</a><br>
> > > > > > > > > <a href="https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc</a><br>
> > > > > > > > > <br>
> > > > > > > <br>
> > > > > > > _______________________________________________<br>
> > > > > > > hpc mailing list<br>
> > > > > > > <a href="mailto:hpc@lists.mephi.ru" target="_blank">hpc@lists.mephi.ru</a><br>
> > > > > > > <a href="https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc</a><br>
> > > > > > > <br>
> > > > _______________________________________________<br>
> > > > hpc mailing list<br>
> > > > <a href="mailto:hpc@lists.mephi.ru" target="_blank">hpc@lists.mephi.ru</a><br>
> > > > <a href="https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc</a><br>
> > > > <br>
> > _______________________________________________<br>
> > hpc mailing list<br>
> > <a href="mailto:hpc@lists.mephi.ru" target="_blank">hpc@lists.mephi.ru</a><br>
> > <a href="https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc</a><br>
> > <br>
-- <br>
С уважением,<br>
инженер отдела Unix-технологий МИФИ,<br>
Аникеев Артём.<br>
Тел.: 8<br>
(495) 788-56-99, доб. 8998<br>
_______________________________________________<br>
hpc mailing list<br>
<a href="mailto:hpc@lists.mephi.ru" target="_blank">hpc@lists.mephi.ru</a><br>
<a href="https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mephi.ru/listinfo/hpc</a><br>
</blockquote></div>